嘉靖最后還是沒有將此事下部議，而是令內閣輔臣和部臣繼續舉薦善于治水的臣子，同時將內閣三位輔臣都留下來。
嘉靖有些擔憂的說道：“諸位，現在河決，以致漕運梗阻，大批漕糧在淮安府不能發運，而遼東又嗷嗷待哺，如之奈何？”
眼下這樣的情形確實是有些麻煩了，因為現在已經入秋，一旦入冬，運河就要封凍，不能行船，即便是修整好河道，也要等到明年再說了。
嚴嵩說道：“陛下，而今之計，唯有一面遣能臣從速治河，盡快恢復漕運，一面繼續從東南自海運發運漕糧至天津和遼東。”
雖然嘉靖對于海運一直有些不一樣的看法，但是嘉靖很清楚，現在只能依靠海運了，所以嘉靖思考了一陣說道：“那就傳旨南直隸，令南直隸總兵戚繼光組織海船，準備運送漕糧。”
幸好現在時間還足夠，否則一旦入冬，海運也無法施行了。嘉靖吩咐內閣要嚴令南直隸加快運送漕糧，同時責令河道、漕運以及相關的州縣迅速恢復漕運，搶運漕糧。
嘉靖等到輔臣們都走后，再次拿出朱載坖的奏疏看了一下，現在嘉靖對于朱載坖所說的恢復海運確實有些心動了，運河的屢次梗阻，讓嘉靖極為煩心，不僅要投入大量的金錢，現在還涉及到祖陵的安危，實在是讓嘉靖有些頭大。
雖然運河一直是朝廷的命脈，運河沿線地勢高低不一，從而決定了河運無法完全自南向北順勢而行。除此之外，南北流向的大運河又受長江、黃河、淮河等東西流向水系的阻截，這些自然因素給河運帶來了重重困難。尤其是黃河，其善淤、善徙、善決的特點成為南北河運途中最大的障礙。
嘉靖以前，不少治河名臣的目的都是治河保運，而眼下還有護陵的重任，黃河與運河的矛盾進一步激化，黃河開始頻繁侵入運道致使運道淤塞，雖然大臣們提出了各種建議，但是還是沒辦法從根本上解決這個問題。
嘉靖再次看了朱載坖的奏疏后，在上面批道：運河不可久阻，海運不可獨恃。所欲言者，密疏奏來。寫好之后，嘉靖讓黃錦就這份奏疏交給朱載坖，讓朱載坖回奏。
朱載坖收到嘉靖的御批之后，心下了然，嘉靖現在已經有所動搖了，但是嘉靖肯定還是傾向于河漕的，畢竟看起來河漕可比海運風險低多了，但是嘉靖在御批中已經流露出來可以接受海運了，但是嘉靖還是希望以河漕為主，海運為輔。畢竟在嘉靖的心目中，海運不僅風險大，而且耗費不菲。
但是實際情況并非如此，就眼下而言，天下船數，為一萬一千七百七十五艘，合用官軍十二萬五百余人員，為了保持規定數額的11775艘船只數量不變，每年需相應補造。
朱載坖調取了工部和戶部相應的數據，朝廷每年要修造漕船1700艘，耗銀一十六萬五百兩，要是折成糧食，現在可以買六十五萬石糧食，除了修造漕船的費用之外，漕軍的支出也是一個大頭，在運漕軍約12萬余名，于每年三月十五日至九月十五日進行漕運，若按每人月支糧一石來算，每年六個月在運時間所支月糧總計72萬余石。
漕軍不光有月糧，在運糧期間還有行糧，揚州以南衛所，運糧官軍，每員名支行糧三石，淮安以北衛所，每員名支二石，算上月糧，每年在漕軍行糧、月糧上投資達102萬余石，金花折銀25．5萬余兩。
也就是說，大明朝廷每年在船和人上的固定投資就是白銀近四十萬兩，如果嘉靖四十六萬多兩的運河沿岸差役工食銀，已經接近九十萬兩，這還不包括修治漕渠的費用，朝廷每年的京運銀不過一百三十萬兩，支應九邊各鎮。
而換成海船，以官軍常用的五百料官船為例，船身計官尺長12丈2尺5寸，深1丈1尺5寸，闊3丈，還包括除各軍隨身盔甲槍刀弓箭外，軍火器共1582件，火藥60斤，一共才一千兩銀子一艘，而運糧所用的沙船，顯然是要不了這么貴的。
現在朝廷運輸漕糧，主要是使用的沙船，沙船屬平底船，方頭方尾，甲板寬，干舷低，故穩性好，比較安全。雖排水量不如尖底船，速度亦稍差。而且沙船造價便宜，不及同等大小的戰船一半，而且自古以來，沙船也就承擔著運輸的重任。
朱載坖和講官們考察史料，在宋史古籍中有防沙平底船記載，可能主要用于軍隊運輸。元代漕糧用海運，從上海崇明直達天津，即主要采用此種平底海船，沙船和運河的漕船比起來，運載能力不吝天壤之別。
朝廷在運河所用的漕船，大者不過五百石，而沙船的規格，大體有載3000石、1500石、1000石，以及八九百石、五六百石等級。以最大的載重三千石的沙船為例，造價不過千兩，就算是造五百艘，不過五十萬兩，春秋兩次發運，可運載漕糧三百萬石，而朝廷每年的漕糧總額不過四百萬石。
而且從上海縣自天津的航路十分熟悉了，就算是現在遼東的安東（現丹東），也有這種沙船的身影，大明的商人們不顧朝廷的禁令，從東南向遼東販運物資，再將遼東的土產如人參、皮毛、東珠等物販運回遼東，他們航行于安東和上海之間，順風時，路上要花費6~7天時間。有時因天氣不佳，途中停靠大連、芝罘、威海衛。
所以反對派們一直擔心的航行時的安全問題，其實遠遠沒有他們想象的那么可怕，大明的商人們早就把各處的航路打探的清清楚楚的。
所以朱載坖的建議就是減少部分漕船的打造和運軍，將節省出來的費用用于打造海船，支持水師的建設，朱載坖始終認為，要真的解決倭寇的問題，最終還是要御敵于國門之外才是，水師必須大建，不僅要在東南，在京畿和遼東也要建設起一支強大的水師來。</p>