而對于眼下的治河問題，朱載坖也提出了自己的一些看法，朱載坖認為治河要注重實地考察、尊重河流天性、因地制宜、統行規劃，持之以恒。
現在朝廷的袞袞諸公，都在用奏折互噴罷了，他們真正對治河又有幾分了解？治河可不是一天兩天就能夠解決的問題，大明官場現在的氣氛就是急功近利，黨同伐異。即便是治河之臣有心認真治河，但是往往只要出一點差錯，就被言官彈劾去職，言官們根本不管治河的嚴峻現實和難度，往往都是風聞言事。
部分人視河工位肥缺，想要上去大撈特撈，導致河工大臣經常難產，朱載坖在奏疏中稱：總河之缺，屢推至十人矣，尚未蒙點，中外惶惶。此一官者，非一人所易為，亦非人所樂為，推而不點，諸臣之幸，非國家之福。
河工繁復，短期難見成效，主事官員頻繁更換，極大地影響治河效率，也容易產生互相推諉的現象。也使得朝廷無法真正的判斷治河之策是否有效。
而且現在官場的風氣就是因循茍且，互相包庇，朱載坖仔細查看了之前治河諸臣的去處，哪怕是出現了決口這樣的大簍子，也不過是暫時免職，到時候繼續起復，高官得做，駿馬得騎，這樣怎么能激發這些治河大臣的治河動力。
朱載坖在奏疏中也談及這個問題了，他奏稱：假令一堤之筑也。倏而報堅，倏而報潰；一渠之浚也，倏而報通，倏而報壅。前者蔽罪于后工之不繼，而后者推罪于前工之本虛。欲罪前也，說盡推諉情狀，已非見任之官，幸免追論；欲罪后也，又以新任之故得從亮原。尺寸之功必酬，尋丈之罪不究。有賞無罰。河工難矣！
而對于現在的治河，朱載坖也很清楚，自己手上是沒有什么人可以去競爭這個位置的，但是朱載坖還是準備推薦一個人給嘉靖，雖然不管是總督漕運和總督河道這樣的肥缺不能爭取，但是朱載坖瞄準的是另外一個好位置，就是巡河御史。
巡河御史也是巡按御史的一種，屬于都察院的外差，巡河御史的職責原是以監察運河日常事務、保障運河正常運轉為主，雖然品級不高，但是權力極重，朝廷對于巡河御史的要求就是：凡河道淤淺，閘壩損壞，躬自提督修浚，務俾舟楫順利，輸運無阻，公私兩便。
運河關系漕運，現在京師有民謠稱：漕糧三月不至則君憂，六月不至則都人啼，一歲不至則國不可言者。可見漕運對于大明的重要性。
而為了保障漕運暢通，大明設置了很多官員來保障河道和漕運，從總督大員來說，最高的無疑是總理河道和總督漕運，其下是漕運總兵，還有管河郎中和主事，在河道和漕運的緊要之處，還會設立管河同知和通判。但是朱載坖這次推薦的是潘季馴。
潘季馴是嘉靖二十九年進士，同年底授九江推官，嘉靖三十三年，因為官有能名，升為江西道監察御史。不久后，因父親潘夔去世，而歸鄉守制。至嘉靖三十六年正月服喪期滿，起復為河南道監察御史。
從監察御史調任巡河御史，只是都察院內部的職務調整，而且對于潘季馴這樣一個官場新丁來說，巡河御史無疑是非常適合的崗位，雖然朱載坖很相信潘季馴的能力，但是大明官場一向講求資歷，以潘季馴現在的資歷，就是出任管河郎中都還尚顯不足，巡河御史顯然是最合適的崗位。
首先巡河御史可以在整個河道和運河進行巡視，使潘季馴能夠全面的了解河道和運河的情況。其次就是巡河御史和總理河道或者總督河漕的關系是很親近的，因為兩位總督也都帶都御史銜，某種意義上說，巡河御史是兩位總督的直接下級。
至于現在朝廷議論比較多的到底是總督河漕一人還是總督漕運、總督河道兩人，朱載坖也有一些自己的看法，其實之前黃河水災沒有那么嚴重的時候，總督或者總理河道僅僅是臨時差遣，限以三年，務底成績，事畢則還。直到正德年間，因河患頻繁影響漕運，總理河道一職才逐漸變為定職。但總河一職固定后，與總漕在管轄范圍和權限上出現了交叉，為河漕交惡埋下禍端。
此事的關鍵節點就在嘉靖二十年，黃河、運河交匯的徐州洪、呂梁洪淺阻，影響漕運以致京師糧運不通，而總督漕運官卻將責任全部推給總理河道官，致使總河以下全都受到處罰，以此為導火索，總河與總漕徹底決裂，勢如水火。
后來嘉靖圣裁之后，令總督漕運兼管河道，也就是總督河漕，這也很多官員不同意分設的原因，他們擔心一旦分設河道和漕運，就會重蹈嘉靖二十年的覆轍。
最近不少官員的奏疏都這么人為的，他們認為：總河總漕分而為二，竟以漕為米不知為河矣，而且彼此水火，漕法始亂。
朱載坖到不這么認為，總督河漕事務實在是過于繁雜，朱載坖覺得恐怕沒有什么官吏能夠做到同時兼顧漕運和河道，運河自淮安抵通州，黃河流經河南、山東、直隸諸省，總督河漕根本不可能有這個精力同時處理河道和漕運，往往只能偏重其一，而在大明現在的情況下，肯定是偏向于漕運，這就導致河道天然的不受重視。
所以朱載坖認為，只有專設總督河道，才能夠專心治河，黃河安寧，運河才能通暢。
朱載坖的密疏到了嘉靖的案頭之后，嘉靖仔細看過后對黃錦說道：“既然裕王推薦這個潘季馴，那就讓他當這個巡河御史，火速赴河南查看河道，務必盡快恢復漕運。”
嘉靖也很清楚，眼下關于總督河道和漕運這兩個要職，一時半會恐怕朝廷還不能馬上決斷下來，朱載坖既然推薦了這個潘季馴，何妨一試呢？畢竟朱載坖之前推薦的戚繼光等人確實得力。
然后嘉靖接著吩咐黃錦道：去告訴裕王，丘富一案，為何還未審明查實？呂弼等要犯何日能夠成擒？能不能實心用事？</p>