第二天徐階就將左都御史周延、右都御史葛守禮請到內閣來，就此事內閣與都察院準備商量一次怎么處置。
周延、葛守禮都是長期在南京為官的的，對于東南的事情是很清楚的，尤其是葛守禮，他當即指出王本固、李瑚的參劾奏疏失實，而且所彈劾朝廷已經處理過了，趙文華已經被貶到南京去了，王本固還拿著此事來彈劾胡宗憲，有些說不過去。
而且所彈劾戚繼光的所謂通番根本沒有任何證據，全系捕風捉影。
周延雖然也了解情況，但是他自己作為徐黨，又是都察院的頭，當然要維護這些御史們，他指出胡宗憲在東南確實是驕橫不法，奢靡享樂等行為，而且胡宗憲的有貪墨行為這是毋庸諱言的，巡按御史的彈劾也有部分屬實，況且今年倭寇猖獗，朝廷也應該處理東南的大員，以示懲戒。
李春芳當即問道：“以周總憲之意，當如何懲處？”
周延說道：“李閣老，下官以為應當奪胡宗憲及以下官吏職，令其戴罪立功。”
李春芳當即表示不同意，官軍今年在東南斬獲頗多，僅僅因為御史彈劾就將他們降級，這是說不過去的，這樣一來，誰還為朝廷出力。
而正在內閣和都察院商量怎么處理此事的時候，御史們終于整出了大活。兵科給事中羅嘉賓上疏彈劾胡宗憲，認為他未盡臣職，應予罷黜，胡宗憲隨即上疏引疾乞解任，爺不伺候了。
胡宗憲一撂挑子，這下嘉靖不得不出面處理此事了，嘉靖召見內閣三位閣老和兵部尚書楊博，嘉靖直接問道：“胡宗憲引疾乞解任，內閣怎么說？”
徐階趕緊說道：“陛下，現今東南正是用兵之時，胡宗憲此時不能離任。”
嘉靖有些不悅的說道：“既然知道胡宗憲不能離任，為何御史屢參，內閣無動于衷？以致方面之臣不能履職？”
徐階趕緊請罪，嘉靖直接說道：“參劾胡宗憲的諸御史，內閣會同吏部從重議處，令胡宗憲立刻回衙理事，不可懈怠于軍務。”
在嘉靖的干預下，此事才算了結，不過徐階還是活了稀泥，只是將王本固幾人罰俸了事，除了東南的事情，嘉靖關心的還有九邊的事情，俺答消停了兩年，最近又開始不安分起來了，而且鄢懋卿從東南解來了第一批鹽稅和余鹽銀一共七十四萬兩，現在朝廷馬上要防秋了，嘉靖于是召集內閣和兵部商量此事。