面對嘉靖的嚴令，海瑞本來再次上疏，請求朝廷將他罷免，但是朱載坖去信海瑞，要求他他以百姓為重，地方的百姓剛剛遭受兵災，亟待賑濟，還在這里為了一些細枝末節的事情爭論，朱載坖認為沒有任何意義。
在朱載坖的勸說下，海瑞才勉強上任，但是海剛峰就是海剛峰，上來就給徐閣老上了強度，海瑞上任之后，經過一番考察之后，隨即上疏內閣，要求以兵災免去薊州、遵化、遷安等縣的稅糧，同時為了安置災民，朝廷還要撥糧十萬石，銀五萬兩，還有種子、農具、耕牛等物。
徐閣老想都沒想，除了擬票準允免去受俺答襲擾的州縣賦稅之外，其他的事一概沒有，找徐閣老要錢，徐閣老還不知道從哪里找錢了。但是徐階很明顯低估了海瑞的搞事情能力，徐階一決定不給錢，海瑞當即上疏，表示干不了這個順天巡撫，您另請高明吧。
徐階對于海瑞這般搞也是很無奈，只得以此為由，奏請嘉靖開內帑賑濟百姓，在嘉靖的親自干預下，嘉靖從內承運庫發銀五萬兩，太倉撥銀十萬石，用于賑濟災民，至于農具耕牛等物，萬壽帝君也變不出來，海瑞自己去解決。
同時嘉靖還責成新任戶部尚書馬坤條陳理財之法，現在朝廷是到處缺錢，馬坤作為戶部尚書，被嘉靖委以重任，要求解決財政危機，馬坤解決財政問題。
但是馬坤本就是以庸才，面對這些問題很難給出什么有建設性的辦法，反而是各處索要糧餉的奏疏紛至沓來，搞得馬坤焦頭爛額，昏招迭出。
首先是巡撫大同都御史張松奏大同災傷，宗室祿米缺乏，請求朝廷撥給。徐階將此疏發戶部之后，馬坤給出的解決方案竟然是暫借該鎮今年主兵銀四萬兩發給。
這下連徐閣老都不能忍了，合著你馬坤就會欺負丘八爺是吧？在南京也是奏減軍糧，這會大同的宗祿缺乏，你也從軍餉里面克扣，除了這個你馬坤就沒有其他辦法了是吧？
這次不用嘉靖或者朱載坖動手，徐階就直接將馬坤的回奏給打回去了，并且加以申斥。大同是什么地方？九邊重鎮，一旦因為軍餉問題導致士卒鬧餉、嘩變甚至叛亂，你馬坤有幾顆腦袋夠砍的？到時候連徐閣老都得吃瓜落，而且大同兵變可是有傳統的。
嘉靖三年、嘉靖十二年兩次兵變，甚至勾結小王子入寇，這些慘痛的教訓徐階是很清楚的，在徐階看來，宗祿缺乏，撥給一些就行了，為此挪用軍餉，那就是蠢的發指了，面對徐階的申斥，馬坤也只得再想辦法籌措銀子。
嘉靖三十八年就在一陣雞飛狗跳當中過去了，嘉靖三十九年一開年，無論是嘉靖還是徐階，都覺得今年不會是一個好年景，首先是一開年遼東的災荒就扔在持續，嘉靖不得不下詔以災傷免遼東廣寧定遼左等二十五衛所屯糧有差，同時北直隸整個冬天都沒有下雪，也使得朝臣們憂心忡忡。
雖然嘉靖多次齋醮乞雪之后，終于下了一場大雪，但是在朝臣們看來，北直隸今年災荒的可能性還是很大。所以對于財政問題，不僅是徐階很擔憂，嘉靖也非常擔憂，親自過問此事，馬坤也為此事條陳上疏。
除了整頓鹽務等老生常談的話題之外，馬坤還提出了一點建議，就是吏部選除府州縣管糧官員各送本部給催糧劄付，責令設法催征，如完成不及七分以上者照例住俸。
也就是對州縣官吏和朝廷派出去的催糧官吏，如果不能催征到七成以上，就要停止發放俸祿。這條看似有殺傷力，實則毫無作用，連徐階也是很無奈。
現在大明的官員，有幾個是真的靠著俸祿吃飯的，發不發俸祿，對于他們來說根本無所謂。這下朱載坖都看不下去了，上疏認為馬坤的這個處罰太輕，收不到稅糧，就停發工資這么簡單，那還不爽死他們了，他們隨便從這個士紳們手中收取的賄賂，都是數倍于自己俸祿，朝廷這俸祿，不要也罷。
所以朱載坖毫不猶豫的剽竊了張太岳的考成法，上疏給嘉靖，要求在催督稅糧這個問題上，在每個衙門都放三本簿籍，其中一本登記本衙門的事務，作為底冊，將一些沒有必要考察的公事進行剔除，然后再造兩本一模一樣的簿籍，一本放在六科，進行實行一件公務就注銷一件，沒能按時完成的就交給六科種所對應的科進行處理；另一本在內閣，以備內閣隨時檢查。實行隨事考成的制度，一件事一考成，一個月一考成。
同時嚴格獎懲，對于無法完成催征的官員，要給予降級、革職甚至于削籍的嚴厲處罰，而不是僅僅住俸這么簡單。當然朱載坖也知道，僅僅是這樣，這些官員們為了考成會把本來應該由士紳地主們負擔的稅糧轉嫁到普通百姓的身上，朱載坖還特地建議，凡是因為催征轉嫁稅糧激起民變的，一律嚴懲，下詔獄嚴審。
當然這種事情只能通過密疏上陳給嘉靖，沒想到嘉靖收到朱載坖的密疏之后毫無反應，僅僅是下旨將馬坤所要求的住俸改為降級，朱載坖本想接著上疏的，嘉靖派黃錦給了朱載坖四個字的口諭，過猶不及！既然嘉靖已經明確給了朱載坖答復，朱載坖也就不好多說了。
而此時，嘉靖正在無逸殿內思考著問題，今年一開年，嘉靖就已經覺得今年不是一個好年景了，陸炳自嘉靖三十八年以來身體就不大好，到了今年病情更是急劇惡化，錦衣衛的很多事情都是朱希孝在管了，而且據湖廣傳來的消息，回鄉的陶仲文恐怕也不行了。
這讓嘉靖的情緒更加低落了，他所信重的臣子們一個接一個的離去，使得嘉靖有一種自己的時代落幕了的感覺，嚴嵩去位，陸炳和陶仲文病重，嘉靖不得不為自己身后之事開始謀劃了。</p>