朱載坖現在最擔心的就是河工了，自從嘉靖以來，黃河屢次決口，不僅使得運河中斷，而且黃河的泛濫還會給鳳陽、河南、山東等省份帶去極大的傷害，黃河的水災也是造成北方流民的重要原因之一。
朱載坖對于河工自然是極為重視，不敢怠慢的，盡管任命潘季馴總督河漕，但是朱載坖仍然非常關心治河的事情，一旦河工失敗，對于大明來說將會是極大的災難。
所以朱載坖這次到東南來，也有實地考察詢問潘季馴的意思在里面，潘季馴之前在奏疏中稱：“淮、黃既合，自有控海之勢。使黃、淮力全，涓滴悉趨于海，則力強且專，下流之積沙自去，海不浚而辟，河不挑而深。”
其實就是讓黃淮合流，這個辦法到底怎么樣，朱載坖心里是沒底的，因為自金明昌五年，黃河決陽武，在梁山濼分為南北二支，后來劉大夏治河時，筑黃陵岡堤，北流遂絕。
現在潘季馴提出來的方案是，筑茶城長堤，黃河全河之水乃自西趨東，經開封、歸德、徐州進入淮安府境，會淮水入海，這樣的話，潘季馴認為，黃河整體南移，加上運河東移，黃河、淮河、運河在淮安一帶相交匯，強大的水流能夠帶走黃河攜帶的泥沙，這就是潘季馴的束水沖沙之法。
朱載坖是認同潘季馴的這一理論的，要不然朱載坖也不會任命潘季馴為河漕總督了，但是到底效果如何，朱載坖還要仔細審視之后再說。
對于潘季馴的主張，并不是沒有反對意見，其中反對最激烈的就是工部尚書朱衡，在之前的治河中，他和潘季馴意見相左，不能共事，朱載坖將朱衡調離之后，朱衡更是在朝堂上激烈的反對潘季馴的治河方略。
朱衡反對潘季馴的治河方略中最重要的一條就是，由于淮河中游地區地勢極為平坦，河流落差極小，筑堰蓄水所淹的面積極其巨大，泗州等地隨時都面臨滅頂之災。因為潘季馴為了實現束水沖沙的辦法，為了加強清水對黃河泥沙的沖力，潘季馴計劃大筑高家堰，截斷淮河，逼迫全部淮水以趨清口，將大澗、小澗等原來出水口全部閉塞，實現所謂的蓄清刷黃和引淮濟運。
潘季馴認為，一旦高家堰工程結束，使得淮水全部從清口涌入黃河，沖刷泥沙入海，清口則越來越深，不但高郵、寶應地區原來被淹沒的田地得以重新耕種，而且，上自虹縣、泗州、盱眙，下及山陽、興化、鹽城等處，皆成沃壤。
但是朱衡是堅決反對的，朱衡認為，一旦這樣做了，會使得淮河下游面臨嚴峻的水患，所以朱衡堅決不同意潘季馴的辦法。朱衡認為：新河受東、兗以南費、嶧、鄒、滕之水。以一堤捍群流，豈能不潰?宜分之以殺其勢。
而且大明的治河方略本來就有問題，戶部、工部會商此事時，就曾經定下過治河的大方略，就是：祖陵為國家根本，即運道民生，莫與較重。首先就是要保證鳳陽的祖陵風水，其實朱載坖很懷疑鳳陽的祖陵里埋的什么，畢竟以當年重八哥的狀態，他還能找到祖陵也是一件很神奇的事情。
朱衡不同意潘季馴的意見，朱衡就指出，潘季馴把運河出口移到新莊閘，仍命名為“天妃閘”。然而新天妃閘口距黃河、淮河交會處僅200丈，黃河水仍然向運河倒灌，運河河底日益墊高，年年挑浚不已。加上黃河、淮河水流匯合，瀠洄激蕩，運河出口極為危險，威脅漕船的安全。
同時朝廷為了保障漕運所實行的各種政策也不盡合理，運河每年的上半年是最為繁忙的，朝廷規定：山東、河南漕船限每年農歷三月初一日、江北漕船限四月初一日、江南漕船限五月初一日、江西、浙江、湖廣漕船限六月初一日到達通州。
各漕船交卸漕糧之后，十日就得啟程返航，對于朝廷來說，上半年是一定要保證運河通暢的，所以在漕運開始前和進行時，均要閉閘蓄水，保障運河的通暢，但是此舉對于淮河沿岸的百姓來說就是極為痛苦的事情了，因為淮河流域的降水也主要集中在六七月。
漕運進行時，淮水上游支干各河來量極大，無法宣泄，使得整個淮河中游成為滯洪區，只能任其淹沒泗州以西地區。若逢上游地區暴雨，短時間就能給河、湖各堤造成嚴重的威脅。整個淮河下游都會遭受嚴重的水害，而若是如潘季馴所言，將黃河入淮，水勢會更加不可收拾，淮河下游將會遭遇極大的水災，這是朱載坖所不愿意看到的。
朱衡為此多次上疏，指出可能發生的事情，因為大明的漕運不僅僅受水文的影響，往往還有各種的人為的影響，如沿河役吏的勒索、漕丁售賣所帶貨物、運河河道障礙等，會將漕運拖到秋季，這樣的話，淮河沿岸的百姓所遭受的水災就會更加嚴重。
所以朱衡認為潘季馴的這個方案難以實現，同時會造成淮河沿岸的百姓沉重的災難，所以朱衡不同意潘季馴的方案。
朱衡直接指出了不管是潘季馴還是之前的治河官員，在治河的時候從來不考慮淮河兩岸百姓的生計，漕船過淮后或附近的湖泊蓄水過多，官府會隨時泄放，湖泊與運河之間以及運河東側淮城周邊地區往往一片汪洋。在這些官員的心目中，千百萬百姓的身家性命均是末葉瑣事，只有漕運才他們心中的大局。
為了大局，犧牲一些細枝末節的事情，在他們看來是正常的事情，只要能夠保住鳳陽的祖陵和漕運的暢通，他們不惜使得整個淮河中下游成為澤國，放任百姓受害，這是朱載坖所不能接受的。
在這個問題上，地方官府和河道、漕運官員常常互相攻訐，地方官府的官員們認為河道漕運官員不體恤民情，而河漕官員認為地方官但知收割，不顧河工；即沿河居民，亦但保目前，茍且一時。雙方經常通過奏疏交鋒。最近轉碼嚴重，讓我們更有動力，更新更快，麻煩你動動小手退出閱讀模式。謝謝</p>