三位提督各自到任之后，根據兵部、吏部事先擬定好的名單，還有三位提督和總督的舉薦，大明九邊規模最大的軍官調動拉開了帷幕。
首先當然是總兵大將的調動，原遼東總兵黑春，調任延綏總兵，原任山西鎮總兵劉漢，調任遼東總兵。原任大同副將麻錦，升任薊鎮總兵，原任薊鎮副將時陳，升任大同鎮總兵。
原任宣府總兵趙苛，調任固原鎮總兵，原任固原鎮總兵雷龍，調任山西鎮總兵。原任寧夏鎮總兵牛秉忠，調任宣府鎮總兵。
原任山西副將杜桐，升任寧夏鎮總兵。
這樣一來，第一是完成了總兵級軍官的輪換，同時理順了指揮體系，原來提督還兼任一鎮總兵，經過這次調整，提督不再兼任總兵，形成了提督-總兵-協守副將（分守參將）-游擊-沿邊堡壘的指揮體系。
接下來就是總兵以下將領的調動了，副將、參將、游擊乃至于千戶、守備的調動則與總兵們不同了，主要是一句個提督、總兵們的舉薦，還有兵部、吏部的選拔。
其中比較重要的就是武進士們的安排了，本來武進士和進士們一樣，分為三等，一般來說，一等授副千戶，二等授百戶，三等授試百戶或者總旗。
但是朱載坖經過和戚繼光等人的商量之后認為，武進士畢竟沒有什么實戰經驗，授官太高并非好事，所以同意授官百戶，只是武進士們在升遷上可以優先，同時去九邊鍛煉的武進士，三年之后都可以升副千戶，算是對他們天子門生的優待。
這次朱載坖將之前的一科武進士全部向遼東、三邊安排，也就是為了鍛煉他們的能力，只有在實戰中才能知曉他們的能力如何。
大批的軍官們被調離自己世代鎮守的地方，對于他們來說肯定是全新的考驗，收到朝廷命令的軍官們紛紛打點行裝，趕赴指定的任所赴任。
調整了軍官之后，就是核實軍籍了，之前在嘉靖朝和隆慶元年，也進行過清軍，但是時間已久，現在九邊有多少人馬確實是不太清楚，現在必須要清軍，核實九邊的士卒、戰馬、軍器，登記造冊。
軍籍事關九邊安定，更重要的是和朝廷的開支直接掛鉤，對于大明來說，每年最大的開支就是九邊軍費，現在九邊軍費是不斷上漲，從宣德、正統時的四十余萬兩，激增到現在的超過二百萬兩。
去年更是因為遼東的戰事，增加到二百十四萬兩，雖然不及嘉靖時期最高的三百零五萬兩多，但是數字已經是非常之巨大了，每年近二百萬的軍費，砸到九邊去，到底效果如何，九邊實在人馬有多少，這是朱載坖十分關心的問題。
所以朱載坖和重臣商量，趁此機會對九邊展開一次大清軍，弄明白大明的九邊到底有多少士卒戰馬。