趙文華的助攻打的很及時，其實在朝廷重臣們眼中，孔尚賢這個衍圣公已經是沒有必要再當了，不重處孔尚賢，此事是很難善了的。
王錫爵也出來說道：“陛下，孔家世襲曲阜知縣，并非一直是前朝舊例，漢唐之時，曲阜縣令的選任依照回避制度，由異地人員充任，并非由孔家人擔任了，宋真宗大中祥符元年，改曲阜為仙源縣，并規定由孔子后裔充任仙源縣令，方有此制。”
趙志皋也出來說道：“陛下，孔氏多無糧之地，異姓納溢額之糧，衍圣公亦均受其利，如此則曲阜非朝廷之州縣，乃孔家之封國也！尊重適以養其驕橫，世職反厚其茶毒，非保全圣人苗裔之道也！”
趙志皋當了一把欽差，對于地方的一些事情有所了解，現在他是極為反感這些所謂豪門世家的。
朱載坖見申時行在一邊若有所思，于是問道：“申學士可有什么要說的？”
申時行這才說道：“陛下，臣以為陛下之策甚好。衍圣公宜隆之以爵，而不應授之以權，有爵之可榮，而無權之是累，是保全圣人苗裔之道也，況祭祀大典，乃朝廷之盛舉也，孔家何以代大明也？是朝廷之祭與孔家之祭，宜以區分也。”
申時行說完，朱載坖覺得很對，朝廷尊奉孔子，結果祭祀的卻是孔家，這顯然不太合適，家祭與國祭確實是要分開。
朱載坖當即拍板說道：“申學士說得是，趙宗伯要令禮部拿出一個方案來，由朝廷每歲派遣重臣予以祭祀，以彰朝廷尊奉孔圣之意也。”
朱載坖的想法很簡單，就是要剝奪孔家祭祀孔圣的權力，將孔家和孔圣做個切割，借此將孔家所享受的各種特權予以剝奪。
朱載坖當即說道：“孔尚賢一案，事關重大，朕不能等閑視之。遣南京刑部右侍郎洪朝選為欽差，會同撫按官員一道查察本案，至于孔圣之祭典，由禮部擬定，朝廷遣官祭祀，以符朝廷尊孔奉儒之意也！”
接下來就是處理衍圣公孔尚賢，對于這個蠢貨，朱載坖沒有任何客氣的，朱載坖直接說道：“孔尚賢放肆妄言，抗旨不尊，令錦衣親軍鎖拿，解送京師，由三法司會審。”
朝廷的各項命令隨即以上諭的形式發出，雖然對于朝廷處理孔家，不少官員和士子是有想法的，但是讓他們再去鬧事，顯然不可能的，他們很清楚，朱載坖不怕鬧事，收拾這幫士子也很有心得，再說了，之前朱載坖連朱家的親王們都收拾了，蜀王現在還在京師呢！
自家人都能收拾，收拾個孔家算什么，讀書人頭沒那么鐵，他們最知道留得青山在不怕沒柴燒的道理，所以除了一些言論之外，并沒有掀起什么風波。
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