對于這些藩屬的異心，不光朱載坖很清楚，大明的這些臣子們也都很清楚。朝鮮只是最近表現的比較明顯而已罷了。
不過朝鮮的異動也使得朱載坖提高了警惕，現在遼東局勢已經發生了改變，女真力量過于弱小，使得朝鮮有了可乘之機，朱載坖絕不會給朝鮮染指遼東的機會，所以朱載坖給汪道昆和戚繼光密旨，要他們關注朝鮮，一旦朝鮮要是真有異心，那大明就要迅速采取措施。
同時禮部、錦衣親軍也要加強對于這些所謂藩屬的情報收集，大明對于這些所謂藩屬的管理，可謂是極為寬松的，大明只需要周邊國家進貢與請求冊封，就不會對藩國有過多干涉。這給朝鮮留下了可發揮的空間，欺瞞和反抗大明的要求，對南北兩股政治勢力采取利益最大化的政策。
朱載坖認為，現在的情況下，大明必須要對這些這些藩屬加強管理了，但是現在管理這些藩屬的僅僅是一個禮部主客司，顯然是力有不逮的，大明對于這些藩屬的管理，幾乎除了朝貢之外，就是放養的狀態。
以負責此事的禮部主客司為例，主客司的職責僅僅是：查驗勘合和表文，確定貢使身份，驗明其是否按規定的貢期、貢道而來，并確定接待與賞賜標準；清點貢物，交付內府，確定附載貨物的價值；保管大明使臣出使他國時記載的風土人情；授予有功的諸蕃誥敕；考核譯字生與通事，嚴禁其與外國人員私通；管理會同館。
雖然名為主客司，但是實際上負責的是朝貢事務，對于藩屬，大明一向采取的是不干涉其內政的態度，只要藩屬能夠按時朝貢，對于大明來說就行了，若是不來朝貢，大明似乎也無所謂，至于藩屬國內部的事情，大明不想也不愿意去關注。
但是現在的形勢已經是由不得大明不關注了，隨著西夷的大舉入侵，大明原有的朝貢體系已經被徹底破壞掉了，大量的大明藩屬國被西夷所侵略，剩余的也不再進貢，即便是仍在進貢的藩屬國，對大明也是首鼠兩端，就如同朝鮮一樣。
朱載坖認為要重視對于這些藩屬的管理，既要懷柔遠人，也要膺懲不法，要設立一個專門的機構來管理這些藩屬，朱載坖將自己的看法告知了內閣之后，閣臣們對于朱載坖的這個想法有些不能接受，因為大明君臣對于這些藩屬的態度一向就是遠人不服，修文德以來之。
說白了，在大明君臣看來，大明是天朝上國，自然是以德服人的，大明要做的就是修明內政，給這些來大明朝貢的藩屬國王和使臣們展示大明的天朝氣度，來大明的小國統治者們都可以看到大明國內社會的井然有序、官僚制度的健全和相對高效、大明皇帝在國內民眾心中至高無上的地位、接近于無窮大的權力及其穩固的統治，自然使得這些使臣和君臣們心生景仰之情。
在大明之前對于這些藩屬的管理中，為什么堅持厚往薄來的政策，就是因為大明君臣認為，相比于對絲綢、寶船等物質的羨慕，穩定的社會秩序和穩固的統治對小國統治者們顯然更具有吸引力，只要大明能夠在這方面做好，使得這些藩屬們接受大明禮制的教化，就可以使得他們心悅誠服。
閣臣們認為，只要大明做好自己，使得禮制規范在各朝貢國得到擴散和內化，那么自然就會對這些國家的行為產生影響，一方面制約他們的行為不“違禮”，另一方面引導他們的行為以更加“合禮”。使得這些藩屬國認同大明，從而保土安民，上奉天道，尊事中國。
朱載坖認為，這種辦法也許在之前是行得通的，但是現在時代變化了啊，這些西夷哪講什么禮儀？人家憑借的就是堅船利炮，哪里跟你講什么禮儀道德，就是干就完了，大明在南洋的藩屬國已經不剩下幾個了，再搞下去，大明的羽翼被剪除了之后，他們就要對大明下手了，所以朱載坖認為，必須要設立專門的機構，管理這些藩屬，同時對于這些藩屬，也不能再放任自流了。
首先要對付的就是朝鮮，朱載坖在和閣臣們的商量之后，決定對于朝鮮要狠狠的敲打了，朱載坖再度給朝鮮下達詔書，在詔書中，朱載坖要朝鮮回憶當年李成桂向大明承諾的慎封疆之守，事大以禮、事大以誠的諾言，并且要求朝鮮立即和倭國斷絕一切聯系，否則后果自負。
同時朱載坖正式要求內閣和吏部、禮部、兵部等衙門商量，首先將大明各個衙門中有關藩屬事務的機構，將他們的執掌列明，為組建一個專管藩屬的衙門做準備。
經過吏部的匯總，和朝貢藩屬有關的衙門除了禮部主客司之外，還有部儀制司、鴻臚寺、兵部、四夷館、戶部、光祿寺等衙門，禮部儀制司掌諸禮文、宗封、貢舉、學校之事，有關這些藩屬進奏的文書等，格式是否正確，是需要儀制司來先行審核的。
而鴻臚寺掌朝儀、賓客等相關事宜，在這些藩屬的朝貢過程中也要起到很重要的作用，外夷朝貢、接受賞賜時皆到鴻臚寺演練朝見禮儀。再者，外夷朝貢、受賞皆由鴻臚寺引見，如外夷進貢方物時，鴻臚寺官將其引至御前，臚寺主要負責朝貢禮儀和轉呈保單、奏本之事。
兵部涉及的主要是會同館隸屬問題與夷情處置兩個方面，會同館原本是兵部車駕司管轄的，是接待外國和邊疆民族貢使的場所，同時是大明與朝貢使團進行經濟貿易活動的場所，還是大明與朝貢者開展外交活動的主要場所。現在已經移交給主客司管理了，還有就是一旦有夷情發生，兵部作為總管軍務的部門，是要對此事發表建議的，尤其是在涉及到用兵的問題上。</p>