現在的情況就是，有關藩屬、朝貢的相關事務，分散在朝廷的各個衙門中，對于處理藩屬事務是極為不利的，就以對于藩屬的賞賜為例，就需要主客司與戶部、內府等其他機構一起辦理才行。
戶部與內府是給賜物品的頒發機構，主客司是給賜的執行機構。在這些機構合作順利的時候尚且無事，一旦大明的這些官僚機構扯起皮來，那就是曠日持久了，這種情況并不是沒有出現過，所以朱載坖認為，要在朝廷專門設立一個部院機構，負責管理這些藩屬事務。
對于朱載坖的意思，禮部表示反對，禮部反對的原因很簡單，就是認為這樣對侵奪禮部的權力，在禮部看來，一旦按照朱載坖的想法，設立專司負責管理藩屬事務，那就等于實際剝奪了禮部管理外交的權力。
但是朱載坖認為并非如此，外交是外交，藩屬是藩屬，兩碼事情，禮部仍舊負責外交事務，但是將藩屬的管理單獨設立一個機構，朱載坖連名字都想好了，就叫理藩院，專門負責對這些藩屬的管理。
就像朝鮮人自己說的，能做大明的狗就是最大的榮幸啊，不像有的狗跑來跑去都不知道他的主人是誰。既然是有主的狗，就得拴上鏈子，要不然萬一被人家給當野狗打了怎么說理去。
朱載坖認為，管理藩屬，事關重大，理藩院的品級也不能太低，與六部都察院一樣為正二品衙門，關鍵的就是理藩院的執掌問題，主要是理藩院和禮部的職權區分問題。
朱載坖召集閣部重臣商量此事，禮部尚書趙貞吉對此是有些不滿的，雖然朱載坖已經下達決心要設立理藩院了，但是趙貞吉還是認為可以爭取一下，將理藩院變成禮部的一個下屬機構，趙貞吉認為，理藩院所執掌的，本來就是之前禮部主客司的部分職能，即便是成立了理藩院，理藩院的很多事務也是和禮部分不開的。
這點倒是獲得了朱載坖的部分贊同，理藩院和禮部確實是有密不可分的關系，但是朱載坖和趙貞吉的想法并不一樣，朱載坖的意思是逐漸將禮部的外交職能向理藩院轉移，最終將理藩院變成專門的外事衙門，所以朱載坖說道：“大宗伯的話確實是有些道理，理藩院和禮部，在很多事務上是有重合之處，兩個衙門很多時候是要協同辦公的，但是事涉藩屬，還是要重其體例以示朝廷之重視。”
朱載坖認為，理藩院的長官以禮部尚書銜掌院事，同時和其他六部一樣，下設兩位侍郎協助掌院處理政務，其下是各司，負責處理具體政務，這才是重點，涉及到理藩院的具體執掌。
首先就是從其他衙門劃轉理藩院的部門，原屬禮部的會同館、還有主客司的部分人員、鴻臚寺等都要轉隸理藩院，除此之外，就是理藩院本衙下設的各司，經過朱載坖和重臣們商量，理藩院下設稽勛司、賓客司、柔遠司、理刑司，稽勛司負責頒授印信，管理這些藩屬的王位、服色等。
賓客司負責接待藩屬的使者的，柔遠司負責制定對這些藩屬的賞賜，理刑司負責處理這些藩屬對大明不恭順或者說背叛大明等行為。
除此之外，朱載坖還下令在理藩院下設同文館，負責負責翻譯人才的培養，同時管理國書、詔書和藩屬奏疏的翻譯。
其中最重要的就是理刑司了，對于藩屬的各種違制、違法行為，都要由理刑司郎中召集理刑司官員們會商之后，根據情節的輕重，上呈掌院，情節較輕的，直接由理藩院報請皇帝之后處分，可以予以申斥、暫停朝貢、減少貢使、加征關稅等懲處措施。
而如果說事涉謀反、謀逆、謀叛等情節嚴重的不法事，甚至是需要用兵征討的，那就要由理藩院掌院尚書和禮部尚書一起具折上奏，在經內閣召集兵部等衙門，會商之后，上呈皇帝懲處。
現在關鍵的就是誰來擔任這個禮部尚書掌理藩院事了，趙貞吉、高拱推薦的是南京刑部左侍郎洪朝選，洪朝選是嘉靖二十年進士，在現在的官場也算是老資格了，歷任戶部主事、郎中，吏部郎中，四川按察副使，廣西右參政，山西左參政，太仆寺少卿，都察院右僉都御史、右到都御史，刑部右侍郎、南京刑部左侍郎，履歷豐富，洪朝選的官聲很好，生平有學行政事之稱，居官清廉，以名節自砥礪，致身卿貳，而家貧如故。
而楊博則是舉薦原廣西兵備僉事茅坤為理藩院尚書，茅坤的資歷比之洪朝選要深厚一些，是嘉靖十七年進士，而且茅坤曾經是胡宗憲幕府中的核心成員，精通軍務，也處理過這些藩屬蠻夷之事，態度強硬，是處理這些藩屬的合適人選，但是茅坤原任官職太低，即便是起復，也沒有直接起復禮部尚書的道理，這是很多人反對的原因。
但是朱載坖認為，朝廷選官，首先考慮的是能否勝任，而不是資歷是否合適，朱載坖于是決定，起復茅坤為吏部左侍郎兼理藩院左侍郎，署院事，趙貞吉以禮部尚書兼掌院事。
處理了此事之后，朱載坖和臣子們開始討論朝鮮的事情，朱載坖已經派人對于朝鮮予以申斥了，但是朝廷的大軍巡邊還需要些時候，朝鮮也上疏辯解了。
朱載坖將朝鮮的上疏給諸位重臣們看，朝鮮主要是解釋朝鮮軍隊跨過鴨綠江的事情，朝鮮人認為是女真人挑釁在先，朝鮮軍隊奮起反擊，只是由于主將立功心切所以才導致越江征討，希望大明予以原諒，而對于大明所指責的和倭國往來的事情，朝鮮人矢口否認，聲稱斷無此事。
朱載坖說道：“朕看朝鮮，是不知道天威為何物了！”
朝鮮的這種辯解顯然不能令朱載坖滿意，尤其是跨過鴨綠江這種人，朝鮮必須要給大明一個交代。</p>