朱載坖命令衛尉寺和錦衣親軍對這次京操班軍士卒的事件進行調查，但是外廷官員并沒有就此罷休，不少的官員仍舊在給朱載坖上疏，極言練兵軍務處的不可行，認為京操班軍之所以出現問題，都是因為練兵軍務處的問題。
河南道御史溫純、兵部主事蕭大亨、御史李植等人都紛紛上疏，極言練兵軍務處在此事中處置失當，導致嘩變，對于這種說法，朱載坖并不認同，雖然這次的事情很惡劣，但是朱載坖很清楚這些人目的，他們真正的目的是想要給朱載坖壓力，將練兵軍務處廢除，這是絕不可能的，朱載坖不會干這樣的事情。
對于上疏的臣子，朱載坖予以處分，溫純、蕭大亨罰俸降調外任，李植等人降調哈密、緬甸縣令，以觀后效。
同時陸繹等人也很快將參與嘩變的士卒和有責任的軍官名單上奏朱載坖，錦衣親軍和衛尉寺擬三等，第一等是帶頭鬧事的士卒，衛尉寺擬斬立決，第二等是脅從鬧事的士卒，衛尉寺擬絞立決、流放三千里不等，第三等是負有管束軍隊責任的相關軍官，衛尉寺擬罷官等處分。
朱載坖當即否決了衛尉寺擬定的刑罰，又搞這種只誅首惡，脅從不問的把戲，對于這些士卒已經沒有任何威懾力了，朱載坖這次不準備就這么輕輕放過這些人了，朱載坖當即御批，所涉案犯不分情節，不問職務，一體斬決，以彰朕嚴軍法，明軍紀之意也！
朱載坖的御批到了衛尉寺之后，衛尉卿趙錦、刑部尚書趙文華、左都御史葛守禮等人紛紛上疏勸諫朱載坖不要殺人太多，容易引起軍心不穩，畢竟朝廷一向的態度就是只誅首惡，不問脅從，這次朱載坖大規模的殺戮鬧事的軍士，還是沒有過的事情。
朱載坖當即批答這些重臣們奏疏，之前為什么朝廷采取只誅首惡的辦法，那是因為朝廷之前確實是有錯在先，之前為什么兵變頻發，主要是因為官軍長期缺餉、士兵待遇被剝奪以及軍官貪腐，這些士卒嘩變，朝廷是有很大責任的，所以朝廷采取相對溫和的處理辦法。
但是從朱載坖即位以來，對于軍餉的保障力度前所未有，不僅保障軍餉足額按時發放，還提升了軍餉中本色的比例，想辦法提高士卒的待遇，就拿這次的事情來說，朝廷并沒有任何對不起士卒們的地方，朱載坖甚至提前發給餉銀，嚴令地方州府保障軍需，到了京師之后命令京通倉及時調撥糧食，朱載坖自問對于士卒們還是不錯的。
但是他們猶不滿足，動輒鼓噪鬧事，朱載坖決不能忍，朱載坖親自擬定詔書，要求練兵軍務處傳諭三軍，朱載坖在上諭中說道：“說與天下士卒們知道，朕治軍以法，今日之亂由士卒之驕，而士卒之驕由朝廷威令之廢，朕斷不能容，元惡不除，無以警后，是朕為申軍法，明軍紀，務使國法大伸，惡逆殄滅，毋得更事姑息，貽禍后方，犯事人等，不分官校，一體斬決，以彰軍法之威也！”
朱載坖當即傳諭趙錦等人，賜天子劍持節假節鉞，召集三軍觀刑，將涉事的近千人一體斬決，以明朝廷軍法軍紀。
同時朱載坖召集練兵軍務處的大臣們，制定大明的軍隊條例和修訂軍紀、軍法，大明在建立之初，也曾經有一支軍紀嚴明的軍隊，太祖在北伐的時候就告誡中山王徐達道：“毋殺人，毋攜婦女，毋燒房屋，違者依軍法斬。”開國的名將如中山王徐達、岐陽王李文忠等人也都是治軍嚴格的人。
太祖皇帝就曾經說過：“用兵必嚴號令，使賞罰明，賞罰既明，摧堅撫順，易為成功。”
成祖皇帝也是嫻于軍務的，他深知兵眾而不知律，必為寇所乘，所以治軍一樣很嚴格，但是隨著天下承平日久，軍紀松懈，各級將校率先放縱自己，士卒們連基本的溫飽都不能滿足，自然談不上什么軍紀了，朱載坖即位以來，一直致力于保障士卒的待遇，現在就要是嚴肅軍紀，恩威并施的時候了，朱載坖可不想養出一幫五代的驕兵悍將來。
所以朱載坖要求練兵軍務處制定通行全軍的軍紀條例，不僅僅要制定詳細的條令條例，更要使得士卒們牢記條例，遵守條例，朱載坖對于新的條例，提出了三個意見，第一，確保士兵人人知我之令。即讓每位士兵熟悉軍紀條款，通過發放并抽查來加深記憶，犯小過者背誦條款可獲減罰。第二，同士兵闡明守紀之重要，告誡士兵軍隊旨在保護百姓，百姓養育之恩應銘記，危難之時應挺身而出，而非背信棄義，否則天理不容。第三，堅決執行紀律。有違犯紀律的，無論官爵大小，甚至是皇親國戚，一律嚴懲。
朱載坖還特意指出，主要參考戚繼光在薊鎮新軍中實行的軍法，制定簡明通俗的條令條例。
而對于京操班軍，在狠狠殺了一批刺頭之后，朱載坖也給予了安撫，朱載坖從內承運庫撥銀，給當日沒有參與的士卒每人賞銀錢一兩，然后從國子武學抽調軍官到京操班軍中擔任基層軍官，鍛煉他們的帶兵能力，朱載坖深知，帶兵的要義是不能讓士卒們閑下來，一旦士卒們閑下來，就很容易出事情。
所以朱載坖命令馬芳等人，在休整完畢之后，將京操班軍組織起來，立即展開訓練，務必要認真操練，不得練習他們無用花哨之藝，要重點訓練單兵武藝和協同作戰能力，同時使士卒明金鼓、知號令，提高班操京軍的反應能力。
而戚繼光也向朱載坖上疏，再次提及家丁的問題，雖然朱載坖對于家丁已經做了很多限制，但是戚繼光在奏疏中說：“各鎮又專恃家丁殺賊，所部卒亦不練，以此御虜，固宜其不恪也。”
現在九邊將帥仍然很重視家丁，這對于大明官軍來說是極為不利的。</p>