對于家丁問題，朱載坖之前也做過一些限制，但是現在看來家丁的弊端已經是暴露無疑，再不立即禁止，恐怕官軍的戰斗力會受到極大的影響。
戚繼光在奏疏中稱：“近來將官只收拾家丁三、二百名，遂將營伍之眾絕不問理，逃者不補，補者不練，無怪乎軍容之日弱也。”
朱載坖將戚繼光的奏疏下練兵軍務處，要求各位參贊軍務大臣們就戚繼光的奏疏發表意見，兵部尚書汪道昆率先上疏，支持戚繼光的建議，要求在官軍中將家丁廢除，不允許將領豢養家丁，汪道昆在奏疏中說道：“操練之檄何月不行，操練之事何日不說？乃諸鎮將自一二蓄養內丁外，皆視營兵為無用而不屑操。不惟不操也，且使為內丁廝役，誠如是，雖使岳家軍到今日，亦將逃亡乞丐不暇而奚暇能軍。幸語諸鎮將以視內丁之心視營兵，則無不強也，以收拾內丁之心操練營兵，則無不可戰也。”
汪道昆認為，家丁的存在，會影響官軍整體的戰斗力，應當予以整頓。
協理京營戎政兵部左侍郎王崇古也上疏認為：“樹奇勛多藉家蓄之兵，蓄家兵必由私殖之厚。”家丁制度實際是建立在對衛所和朝廷官軍的吸血上的，所以要堅決予以廢除。
不過對于是否廢除家丁，馬芳、李成梁等人是有異議的，因為他們之所以能夠建功立業，就是依靠家丁的，馬芳、李成梁等人的作戰風格就是以小股精騎為主，由于家丁數量少，精于訓練，戰馬等裝備充足，其機動性非常強，能夠承擔遠出搗穴的任務，邊將只要對家丁這一精銳統率得法、運用得當，那么建功立業就會比較容易。
所以馬芳、李成梁等人都認為家丁還是有用處的，最重要的就是保衛自身安全，不管是在面臨嘩變還是臨敵應戰中，家丁和將領都是共同進退的，馬芳之所以能夠駕馭宣大的驕兵悍將，也就是依靠他麾下的馬家軍，所以他們認為家丁一時半會兒還不能夠廢除。
不過內閣的幾位輔臣并沒有就此發表看法，朱載坖于是派人去詢問高拱等人的意見，高拱張居正等人隨后以內閣的名義向朱載坖上疏，陳述了自己的想法，內閣的看法是，家丁最大的作用就是保衛將帥，同時承擔在戰場上督戰、率先沖鋒，激勵士氣等職責，故而在嘉靖朝，家丁是很盛行的，但是到了現在，家丁制度所帶來的弊端已經是非常明顯了。
內閣認為，所謂家丁，說到底就是集中大部分的財力和物力訓練出的一支精悍的機動部隊。將領依賴家丁，就會造成兩個惡果，第一就是戚繼光所言的官軍訓練不足的問題。第二則是家丁和將領建立起牢固的從屬關系，甚至是世代依從，這樣的軍隊，極易形成藩鎮，這才是對于朝廷來說最為要命的事情。
高拱等人在奏疏中說道：“長此以往，家丁非朝廷經制之兵，實將帥之私兵也。非朝廷之幸事。”
內閣的擔憂并非沒有道理，事實上，后來大明的武將跋扈、不遵號令，與家丁的關系是極為密切的，因為這些家丁只聽從將帥的命令，對于朝廷的命令是根本無所謂，同時家丁還和另外一個朱載坖極度反感的東西有關，就是將門。
將帥為了控制家丁這一部分精兵，采取了帶有宗族色彩的形式，把這些親軍的將官當作義子、義孫，主帥既是最高指揮官，同時也具有家長身份。還可以保證自己的子孫可以憑借血緣關系繼續指揮這些家丁們，長此以往，就出現所謂將門群體。
所謂將門，就是父子、祖孫世代為將，這并非是因為他們可以通過血緣遺傳先祖的勇武和韜略，要是真的如此的話，那魏國公、英國公、成國公、臨淮侯才是大明現在的一流武將了，實則是因為家丁制在維系將門，將門世家的子弟雖說也有軍事才能出眾的，如劉顯和劉綎父子，李成梁和李如松父子，但大部分資質平平，他們之所以能得到朝廷的任用，完全就是因為武將家族掌握了一支精銳的家丁部隊，這些家丁只聽命于家主，朝廷根本指揮不動。
這長此以往，家丁被牢牢地掌握在武將手中，私兵化傾向就愈加明顯，這才是內閣真正擔心的事情。
朱載坖也認為這是最值得警惕的，也正是因為如此，家丁制度必須要予以廢除，官軍乃是朝廷的經制之兵，是百姓用民脂民膏養出來的，而不是將帥的私兵。同時官軍要重新回到大兵團作戰的路上來，各級將領要切實掌握部隊，善待士卒，嚴明軍紀才行。
所以朱載坖再次召集軍務會議的時候，就明確告知所有的參贊軍務大臣，朱載坖已經決定，明確廢除家丁制度，各級軍官不允許豢養家丁，更不允許攜帶家丁隨任，雖然要廢黜家丁，但是將領的人身安全問題也必須要重視。
這也是馬芳、李成梁等人之前不同意廢除家丁制度的重要原因，因為現在將領威懾眾軍、控制大軍，多要倚仗這些家丁，一旦在出現嘩變的話，那將領們依靠什么來彈壓士卒呢？
朱載坖在和一眾參贊軍務大臣們商量之后，決定在每朕設立中軍，中軍親衛除了安置之前的將領家丁之外，就是從錦衣親軍中調派校尉，負責在軍中維持軍紀，在鎮撫官的領導下負責軍紀的維持，每鎮派駐錦衣千戶一名，充鎮撫官，配置相應的錦衣校尉，負責軍紀軍法，各營派駐錦衣百戶一名，充鎮撫，負責處理營內的違反軍紀軍法之事。
同時各鎮的鎮撫官還負責保護主將安全，以天子親兵身份彈壓士卒，一旦出現由于鎮撫及中軍失職，導致大將罹難的事情，中軍鎮撫，以違反軍法處斬。這樣一來使得朝廷的耳目直接抵達軍中，也便于朝廷控制各邊鎮。</p>