朱載坖對于王祖嫡的上疏顯然是極為憤怒的，對于朱載坖來說，王祖嫡這種上疏當然是要嚴厲懲處的，在朱載坖要求在京師的大臣們批駁王祖嫡的奏疏之后，隨后朱載坖就要求議罪了。
海瑞連上三疏，要求將王祖嫡下三法司，朱載坖當然明白海瑞的意思，隨后就同意了海瑞的的申請，將王祖嫡收系于都察院獄，海瑞隨后上疏，要求三法司會審王祖嫡，議罪判處。
海瑞的意思是盡快的將此事按下去，免得此事繼續發酵，海瑞當然是一片誠心，不過朱載坖顯然是要借機大做文章的，就是要打擊這些對建文君臣仍然抱有同情的人，朱載坖知道現在士林之中很有一股同情建文君臣的風潮，甚至試圖為建文君臣翻案。
他們主要是仁宗當年一道上諭，仁宗當時主要是認為建文逆犯都已經伏法，所有的正犯都正法了，現在時過境遷，仍然有大量的人被牽連流放，這些人中很多并沒有參與齊泰、黃子澄等逆犯的謀逆行為，仁宗認為將這些人仍舊流放，實在是過于殘酷了，所以下了一道詔書，要求加恩于他們。
仁宗的詔書原文是：“朕聞建文奸臣齊、黃等外親全家謫戍邊者，有田在鄉悉荒廢。令兵部每家存一丁于戍所，余放歸為民。”
同時仁宗也專門解釋過自己為什么這么做，仁宗認為，建文朝的‘奸臣’正犯早就給殺光了，其女家眷們被弄到教坊司去做妓女，男性被發配給軍中功臣武將當奴隸，好多人都被折磨而死，現在要是還有存活下來的，朕登基即位詔中已經宣布大赦天下了，他們也應該被赦免寬宥。
所以本質是仁宗的詔書是赦罪而非翻案詔書，但是卻被某些別有用心的人宣傳為翻案，并且以此為由大肆宣傳所謂仁宗為建文舊臣翻案，其實用腦子想想就知道，仁宗可是親身參與靖難之役的人，怎么可能為齊泰、黃子澄等人翻案，只不過時過境遷，當年的那些罪臣早就被成祖處置干凈了。
到了仁宗時，剩下的不過是旁系后輩，根本掀不起什么大浪來了，所以仁宗才予以赦免的，朱載坖認為現在還打著什么仁宗為方孝孺后代翻案的說法，那就是矯詔，對仁宗本意的曲解，要予以嚴懲。
朱載坖并沒有立即處置王祖嫡，只是令三法司會審王祖嫡，看他們審出個什么東西，而朱載坖則是與內閣、禮部、翰林院商議，加強對于大明出版的管理，禮部要設立專門衙門，與地方官府一道，負責對于出版印刷予以管理，凡事出版違禁文字的，不僅作者以謀逆論處，連出版商、刻字工等一律連坐，嚴懲不待，當然也要加強對于版權的保護，不準隨意盜版。
尤其是事涉靖難、成祖等大明歷史上的敏感事件的，凡是與朝廷表述不一致的，一律予以毀禁，不允許在市面上流傳。而三法司針對王祖嫡的審理結果也送到朱載坖的案頭。
三法司經過會審之后，認為王祖嫡出位妄言，謗訕君上，應當予以罷官奪職，并且流三千里的處罰。看似對于他的處理不可謂不重了，但是朱載坖很清楚，這種處罰只不過是高高舉起，輕輕放下罷了，只要這些官員們的功名還在，起復就不是問題，就當出去旅游罷了。
朱載坖認為這樣他們太舒服了，對于這些官員們，罵了皇帝或者是說是因為上疏言事被貶謫，似乎是一件極為榮耀的事情，尤其是從正德、嘉靖以來，科道言官對于皇帝、內閣的決定一向是必以為反才行，仿佛不跟皇帝作對就不是直臣一樣了。
朱載坖即位之后，對于這種情況也采取了嚴厲打擊的辦法，雖然也收到了一些成效，但是朱載坖畢竟不是太祖、成祖，可以動輒殺戮數以萬計的臣子，朱載坖也很清楚，嚴厲打擊固然有效果，但是這是治標不治本的辦法，殺人固然能夠震懾大部分的臣子，但是對于一些鐵頭娃是沒有的。
朱載坖很清楚，殺人雖然是立竿見影的辦法，但是誅心才是朱載坖現在要做的事情。
朱載坖召集內閣輔臣，部院大臣，進來朝審，要將王祖嫡一案當作典型來處理，朱載坖說道：“朕知道，和王祖嫡一樣心懷怨望，甚至腹誹成祖的大有人在，朕就是要讓他們看看，心懷怨望的下場！”
朱載坖擺明了是要重處王祖嫡，刑部尚書洪朝選說道：“陛下，王祖嫡固然是罪大惡極，但是畢竟只是口頭怨望，大肆株連的話，與法不合啊！”
海瑞、孫丕揚等人也是這么認為的，王祖嫡雖然在上疏中有心懷怨望，甚至誹謗成祖的意思，但是終歸是言論，以言罪人，是容易被人詬病的。
海瑞也說道：“陛下，殺戮太重并非好事，王祖嫡就是夷滅其三族，不足以彰其惡，但殺一王祖嫡何其容易，外間之編排，就是太祖、成祖這般雄主，尚且受困于此，陛下三思啊！”
李春芳也出來勸說朱載坖，朱載坖自己也很清楚，這些文人最可怕的就是他們手中的筆，比錦衣衛手里的刀還可怕，可以顛倒黑白，混淆忠奸，所以朱載坖一直都很清楚，誅心遠比殺人重要。
朱載坖拿著三法司會審的結果問道：“那卿等認為，這樣王祖嫡就會感恩于朕嗎？”
這下輪到這幫重臣們無話可說了，王祖嫡怎么可能感念朱載坖不殺之恩，朱載坖將他從翰苑菁華，儲相之尊打落凡塵，他會感恩朱載坖不殺之恩嗎？他只會對朱載坖恨之入骨，用自己的筆把朱載坖寫成一個無道昏君。
朱載坖笑著問道：“朕想知道，他將來著書立作，把朕寫成什么？荒淫無道，小蜜蜂？還是暴虐殘忍？”
臣子們啞口無言，其實一些遭受貶謫的臣子留下的文字中有這種怨望之言是很正常的，并不是特例。</p>