除了要處理這些上疏的官員，還有翰林院的長官們也要予以處分，王祖嫡作為翰林院的屬官，翰林院的長官們平時就沒有教導好，也要受到處分，同時一人生病，全家吃藥，翰林院風氣不正，全體官員一律受罰。
朱載坖下詔，翰林學士掌院事陳思遠革職留任，罰俸半年以觀后效，翰林院的全體官員罰俸一月，其余上疏申救王祖嫡官員所在衙門的正印也都遭到懲處。
朱載坖在詔書中明確說明了一點，從正德嘉靖以來，朝廷體統不存，小臣放肆妄言，部院重臣受制于所謂輿論，不敢對這些小臣予以處分，朱載坖認為這是極為可笑的事情，朝廷體統不存，大臣威嚴掃地，朱載坖明確在詔書中說明，小臣肆意攀咬，或者充當朋黨鷹犬的，一經發現，追毀出身以來文字，三代不允許參加科舉。
即便是科道言官，上疏參劾，也必須言之有物，風聞言事，必將受到懲罰。
同時朱載坖升海瑞為左都御史，從一個舉人成為執掌大明風憲的左都御史，海瑞成為英宗朝之后第一個以舉人身份躋身正二品部院大臣的人，海瑞上任之后，就向朱載坖上疏了。
海瑞向朱載坖上了一份很長的奏疏，里面是海瑞對于朝廷監察工作的辦法，之前張居正已經上疏要求實行考成法，朱載坖也將張居正的奏疏下部院和內閣商量，海瑞認為考成法是應該實施的，但是要讓都察院實施考成法，還需要對都察院予以改革。
首先是監察御史的人數，現有的十三道御史顯然不足以對于大明各地各衙門進行監察，海瑞首先請求增加監察御史的數量，從熟悉政務的州縣官員中考選御史，補充進入都察院。還有就是現在都察院要審計的賬目實在是太多了，需要大量的算學人才，海瑞請求將國子監算學科畢業的生員優先補入都察院審計司中。
然后就是對都察院權力的擴張，海瑞認為，朱載坖現在不允許科道御史風聞言事，要求御史劾奏官員必須要言之有物，這是正確的，但是御史們要監察地方官府和朝廷的眾多官員，沒有足夠的權力顯然是不行的，所以海瑞請求朱載坖賦予御史們權力，尤其是對掌握證據之后對地方官員采取措施的權力，還有調閱各衙門賬目的權力。
最后海瑞要求實行考成法，同時針對各部院各職務制定考成標準，依照考成的結果來決定官員的升遷罷黜。
朱載坖收到海瑞的奏疏之后，御批道：“此議可行，著內閣與各部院商議。”
然后朱載坖先是處理大明國史的問題，陳以勤和潘晟、王世貞向朱載坖列了一個詳細的國史大綱，將大明國史在編撰過程中的一些重要問題要說明，當然朱載坖最關心的就是靖難和大禮議部分，陳以勤等人詳細向朱載坖說明了國史的編撰思路。
就靖難而言，陳以勤等人基本上是以奉天靖難紀作為對于靖難時期各種事情的記述原則，這點朱載坖是認同的，不過在靖難的原因上，朱載坖和陳以勤等人有一點區別，以往的說法都是少帝昏聵，要大肆屠滅藩王，成祖不得已以太祖祖制起兵靖難，一匡天下。
朱載坖則認為要將少帝在太祖駕崩之后種種不合禮法的舉動都要寫進去，還有齊泰、黃子澄、方孝孺等人的丑態也都寫進去，朱載坖認為少帝不是沒有忠良，他是有而不能用，盛庸、平安、鐵鉉、瞿能、徐輝祖，哪個不是忠臣良將？但凡少帝能夠信重他們，何至于斯？
所以成祖為什么靖難？是因為當時的朝廷已經是昏君佞臣，國事日非了，不僅成祖本人的安危存亡在一線之間，太祖所創立的大明基業也在一線之間了，所以成祖才奉太祖之遺意，起兵靖難，非為朱家一姓之尊榮，實為大明千秋之基業也！
朱載坖認為，是要對部分少帝臣子寄予同情，但是不是同情齊泰、黃子澄、方孝孺等人，他們是禍國亂首，真正值得同情的是盛庸、平安、鐵鉉、瞿能、徐輝祖等人，他們忠臣良將不能得遇明主，令人扼腕嘆息。這才是值得同情的。將少帝與其親信的昏聵和這些忠臣良將有志不能申，有才不能用兩相比較，才能明白成祖靖難之意。
至于世宗睿宗的世系問題，朱載坖認為在嘉靖朝已經有過很明確的討論了，朱載坖只重申一點，世宗是奉武宗皇帝遺詔繼位的，武宗遺詔是怎么說的？
遺詔原文是：“皇考孝宗敬皇帝親弟,興獻王長子厚熜聰明仁孝,德器夙成,倫序當立,已遵奉祖訓兄終弟及之文,告于宗廟,請于慈壽皇太后與內外文武群臣合謀同辭,即日遣官迎取來京,嗣皇帝位。”
也就是說世宗是以兄終弟及繼位的，也就是說，孝宗一脈到武宗已經絕嗣了，睿宗、世宗是繼承的憲宗的法統，這本來是毋庸諱言的，但是怎奈當時朝廷有奸臣，想要行司馬懿之事，世宗不得已奮祖宗之余烈，幸賴朝廷忠良如張璁、桂萼、顧鼎臣等人的幫助，得正大禮，以靖天下。
在國史的編撰中，要重點說明世宗的不得已，若是奸謀深遠，危及大明，世宗何必以此天下所共知之事，再三申明，實在是當時的朝堂，奸黨橫行，社稷有累卵之危，百姓有倒懸之苦。
而陳以勤等人也提出了一個建議，就是景泰帝蒙憲宗上諭，已經恢復帝號和謚號，但是尚未給予廟號，眼下要編撰國史，景泰皇帝雖有帝號，而無廟號，就在皇帝中顯得很特別，所以陳以勤承認請求朱載坖給景泰皇帝上廟號。
反正即便是上了廟號，景泰皇帝也只能到祧廟中和英宗肩并肩，并不影響宗廟的實際順序，朱載坖于是命令內閣和禮部商量此事，若是可行，上奏朱載坖圣裁。</p>