朱載坖在收到徐渭奏疏之后，立即召見了內閣輔臣，練兵軍務處的參贊軍務大臣、戶部、兵部、禮部、理藩院的堂官，朱載坖將徐渭的奏疏給諸位重臣們看過之后，就要商量應該怎么處理此事了。
如果織田信長死了，對于倭國的政局來說將會是一次天翻地覆的改變，大明朝廷必須要做好準備，張居正的看法很簡單，必須將倭國王室給控制住，一旦倭國王室被一些有心人給控制了的，對于朝廷來說，就將會十分的被動，對于朝廷來說，應該想辦法將倭國王室給控制住，以免落入他人之手。
這個看法朱載坖認為確實是很有道理的，萬一倭國有曹操這樣的人物，控制倭國國王，然后和大明作對，那就麻煩了，所以必須要將倭國王室予以控制住。
但是問題是現在官軍在倭國的位置是越后、甲斐兩國，距離倭國王室所在的京都還是有一些距離的，朝廷不可能無緣無故的就向倭國京都派兵的，這是會引起倭國內部對于大明的反感的，這點也是不得不考慮的，畢竟在名義上倭國還是大明的屬國，要是大明無端出兵，去控制王室，恐怕不太好說的過去。
戚繼光認為，應當集結在倭國的精騎，屯兵于離倭國京都最近的地方，一旦倭國有變，立即發兵京都，以備不測，具體的情況，由安東都護府自己隨機掌握，朱載坖也同意了這個方案，要求安東都護府集結精騎，準備應對倭國可能出現的內亂，同時尋機奪取石見銀山。
朱載坖在處理倭國的事情之后，開始思考內廷的事情了，自從黃錦以司禮監掌印兼提督東廠以來，司禮監的權力極大，遠遠超過了御馬監，所以在黃錦去位之后，朱載坖沒有任命馮保為司禮監掌印，而是令他以司禮監秉筆的身份提督東廠，司禮監掌印空缺，內廷的太監們為此事明爭暗斗，但是朱載坖一直沒有反應，但是現在朱載坖準備整頓內廷了，因為馮保執掌東廠時間已經不短了。
朱載坖于是命令，將原司禮監秉筆，南京內守備太監劉忠調回京師，擔任提督東廠，馮保升任司禮監掌印，成為名副其實的內相，內官少監陳矩，調任御馬監太監，御用監太監騰祥升任司禮監秉筆，尚膳監太監孟沖調御用監太監，對于朱載坖突如其來的調整內廷，很多官員有些看不懂。
但是熟知內情的人確實看出了一點端倪，朱載坖這次任命馮保衛司禮監掌印，看似是將馮保予以提拔了，但是實際上馮保雖然成為了內相，但是喪失了提督東廠的大權，東廠由朱載坖在裕王府的貼身太監劉忠管理，這其中的奧妙就很微妙了。
很多人認為是錦衣親軍都指揮使陸繹打了馮保的小報告，因為陸繹一直想恢復其父陸炳在世時錦衣衛的強勢，當年陸炳任緹帥的時候，錦衣衛遠遠強于東廠，陸繹擔任緹帥之后，也一直大力整頓錦衣親軍內部，和東廠在很多事情上起了沖突，陸繹和馮保的關系是極為緊張的。
所以很多人認為這些馮保北明升暗降，應該就是陸繹出手的，畢竟陸家深受兩代帝王信任，陸炳就極受世宗皇帝信任，陸繹更是朱載坖的潛邸舊臣，陸繹向朱載坖打小報告，把馮保搬走，這種事情是很正常的。
事實上，這種猜測也是有道理，一直以來，陸繹和馮保都在互相攻訐，兩人都經常打對方的小報告，但是朱載坖認為這沒什么大不了的，廠衛之間的斗爭并不是壞事，但是朱載坖這次之所以突然將馮保從東廠的位置上調走，主要是因為錦衣親軍發現了馮保和張居正之間的關系，他們兩人最后有些走的過于近了，尤其是馮保還掌握著東廠這樣的特務機構，朱載坖就不得不加以防備和敲打了。
所以朱載坖果斷采取措施，將馮保從提督東廠的位置上調開。
而此時的馮保，面對著太監們的恭維，雖然滿面春風，但是內心并不開心，雖然自己坐上了司禮監掌印的位置，算是名副其實的內相了，但是并沒有和之前的黃錦一樣，以司禮監掌印的身份提督東廠，說明什么，說明朱載坖對他沒有像世宗皇帝信任黃錦那樣的信任，雖然司禮監掌印的地位極高，但是提督東廠也是太監中的實權部門，甚至比之御馬監更加重要。
朱載坖將遠在南京的劉忠調回來擔任提督東廠，說明什么？說明朱載坖對于現在宮內的太監不是很滿意，所以才要啟用潛邸舊臣，劉忠雖然能力一般，但是和朱載坖的關系匪淺，而且和皇太后、皇后的關系也不一般，一旦他回到朱載坖的身邊，對自己的地位是個極大的威脅。
馮保感受到了危機，一直以來，馮保都仗著朱載坖的信重，對于宮內的大太監不屑一顧，他和騰祥、孟沖的關系極差，和李芳的關系也談不上好，而劉忠和滕祥都是同在朱載坖潛邸共事的人，一旦劉忠回來和滕祥聯手，對于馮保來說可就不妙了。
而在自己府邸的張居正，也在緊張的思考此事，他是很了解朱載坖的，朱載坖從不做無目的的事情，突然對于內廷的調整，肯定是有原因的，外間所傳聞的廠衛內斗，張居正認為沒有這么簡單，陸繹和馮保之間的攻訐也不是一天兩天了，為什么朱載坖現在突然處理馮保？
就算是陸繹打的小報告，陸繹向朱載坖告知了什么情況？這才是關鍵的問題。
朱載坖的行為如同在京師的水面上投下一個石子，蕩起的漣漪不斷的向外擴散。
不過馮保面上并沒有什么變化，仍舊在朱載坖身邊伺候，朱載坖決定找個機會敲打他一下，讓他明白有些事情是不能做的。
同時，遵照朱載坖的命令，錦衣親軍將馮保的親信，在馮保和張居正之間牽線搭橋的錦衣親軍指揮僉事徐爵下南鎮撫司嚴審。</p>