按照朱載坖的改革，地方有捕快、衙役和巡檢司，就能夠足夠應對地方的一些盜賊流寇了，只要不是特別大的流寇叛軍，地方應該是有足夠的力量來處理這些事情的。
而朝廷駐各地的衛所官軍和鎮協野戰官軍則有其他的任務，衛所官軍主要是屯墾和作為鎮協官軍的預備役，還有從中選拔京操班軍作為常備軍和地方的城防兵力，這些衛所官軍平時由都指揮使負責指揮，對轄區內的城防負責。
而提督、總兵麾下的野戰官軍則是負責抵御外敵，征戰四方的，由提督、總兵官負責訓練指揮，這些官軍地方官府是無權調動、指揮的，只有被朝廷特賜王命旗牌、令箭的督撫大員才能夠憑借上諭、詔書指揮相應的官軍在指定的區域作戰，對于地方官府的命令，他們不能接受。
朱載坖同時嚴格軍法，擅調衛所官軍和鎮協官軍百人者，以謀反論處，杜絕地方官府過分掌握武力，在地方出現大規模民變、叛亂的時候，由地方官府向督撫請求之后，督撫可以使用王命旗牌或者令箭等信物，依照職權調動官軍平叛，但是同時必須向練兵軍務處奏報備案，不準擅自調動鎮協官軍，在用衛所官軍能夠解決問題的時候，不得調動鎮協官軍。
這樣的話，朝廷就將地方兵權予以削奪，而對于京營和各地的官軍，由朝廷予以統一調度，兵部負責清查員額，配置軍器，編制軍餉、軍餉等事項，而練兵軍務處則負責監察、接收軍器并且監察質量，督導并監察訓練，保障官軍的戰斗力。
同時將衛所的訓練、管理、調動等日常事務都劃歸五軍都督府管理，以加強五軍都督府的權力，對于衛所體制，朱載坖也在和重臣們商量了之后還是決定對大明的衛所體制予以重大改革。
大明初年，衛所是官軍的絕對主力，自京師達于郡縣，皆立衛所。外統之都司，內統于五軍都督府，而上下十二衛為天子親軍者不與焉。征伐則命將充總兵官，調衛所軍領之，既旋，則將上民所佩印，官軍各回衛所。作為官軍的主力，衛所官軍在大明統一天下，征討北虜的過程中立下了赫赫戰功。
但是現在的衛所官軍已經早就不是當年的百戰雄師了，屯田多被軍官吞蝕，軍士破產逃亡，所存無幾，且缺乏戰斗訓練，僅供地主、軍官役使，軍器缺乏，要想全面整頓，朱載坖認為是不可能的，而且也沒有必要，現在朝廷的征戰主力已經是職業制的鎮協官軍了，他們主要承擔野戰任務，衛所官軍的重要性就相對下降了。
按照舊制，軍士都是世襲的，單獨編戶籍，叫作軍戶。凡各地衛、所皆實行屯田，以保證軍餉的供應。軍士分為屯田與守城的兩部分，屯田者專事耕墾，供應軍糧；守城者專務防守操練。軍士守城與屯種的比例大致是邊地三分守城、七分屯種，內地二分守城、八分屯種。
現在衛所一般不再承擔野戰的任務了，朱載坖認為現在衛所的當務之急應該是首先恢復起來，也就是：“清查隱占，均平糧額，開墾拋荒最為目前急務。”
由兵部、五軍都督府、衛尉寺領頭，對于衛所的軍屯予以清理，同時將部分沒有的土地的流民充為軍戶，編入衛所之中，分給土地，發給農具，令其開墾土地，之前朱載坖就將軍戶的籽粒降到和當地的田賦一樣的水平，同時籽粒的征收由地方官府負責，剝奪了這些世襲衛所軍官盤剝軍戶的主要途徑。
同時統一規劃，現在天下都司為21個、留守司2個、內外衛493個、千戶所359個，每衛抽調一千人作為脫產軍士，作為地方都司的主要兵力，負責鎮守城池、班操上京，和鎮協官軍享受一樣的待遇，這樣天下的衛所官軍實際的脫產軍士就是四十九萬三千人，除了兩京十六萬班操京軍之外，剩余的軍士負責駐守駐守各府州縣，用以守衛城池、邊堡、海防等。
衛所軍士和鎮協官軍一樣是朝廷的正規軍，所享受的待遇一致，軍器等也基本一致，除了衛所官軍中的騎兵和重炮編配的很少之外，在其他方面，衛所官軍和朝廷的鎮協官軍都享受一樣的待遇，但是經費來源不同，朝廷的鎮協官軍是有朝廷直接保障軍餉和軍糧、裝備的。
但是衛所官軍的保障來源就相對比較多了，主要是朝廷保障軍器裝備，軍糧軍餉方面，則是由衛所的屯田籽粒和地方財政共同保證，但是沿邊的省份如山西等，尤其地方財力不足，而沿邊衛所眾多，可以由朝廷予以接濟，這樣可以減輕朝廷的負擔。
同時對于士卒，要予以優待，凡是參軍的士卒，不管其是軍戶還是民戶，免除其家二十畝的賦稅和各種差役折色，作為優待士卒的條件，經過改革之后，衛所的作用發生了重大的變化，由原來朝廷的的征戰主力變成了城防和預備的工作，當鎮協官軍缺員的時候，可以優先從衛所中招募軍士，家有三丁的，必須出一丁服役，這就是現在軍戶和百姓的主要區別。
軍戶可以無償從朝廷手中獲取耕地，朝廷還會發放農具等物資，但是就要承擔服役的義務，同時對于衛所的設置也要予以調整，有些衛所要遷移，衛所要主要配置在交通要道、沿邊沿海、重要城市等地方，同時保障軍戶必須能夠分到土地，是衛所制度得以存續下去的重要原因。
之所以朱載坖不遺余力的開疆拓土，就是緩和日益尖銳的人地矛盾，將這些衛所從內地遷移到邊疆去，一來以兵屯墾，加強朝廷對于新收復的土地的控制能力，二來就是保障衛所有足夠的土地以安置軍戶，從而保證官軍的兵源。
這樣一來，衛所和鎮協各司其職，互為表里，既保證朝廷官軍有較強的戰斗力，又保證朝廷對于軍隊的絕對控制。</p>