朱載坖命令廠衛在兩京和重要的城市搜捕這些山人，同時刑部和巡檢總署也要嚴密緝捕，命令各地的巡檢司也要對于這些亂晃的山人予以嚴厲懲處，凡是沒有路引、戶帖的，一律當作流民處理。
同時命令禮部還有各提督學政，清理各地的生員、舉子，對于這些生員，要嚴厲檢查，尤其是那些取得了功名，既不繼續參加考試，又沒有正當職業的，地方官員和提學官要加以重視，對于這些人，提學官要專門組織考試，對于其中學問不達標的，要予以革除功名。
山人之中，除了一些生員舉子之外，還有佛道中人，對于這些人，朱載坖也命令禮部對于這些人加強管束，不要以為有了度牒，就跳出三界外，不在五行中了，要嚴格控制度牒的發放，凡是想要取得度牒的，都必須經過僧錄司、道錄司的考試才行。
對于違規剃度出家的，要嚴厲懲處，還有那些把度牒當成通關文牒的用的，也要嚴厲禁止，命令刑部和巡檢總署，對于那些拿著度牒到處流竄的，也要予以緝捕，嚴審其去向，無法說清的，就照流民處理，發緬甸、哈密、大寧、遼東等處屯墾。
對于曉諭大明文武官吏，不準豢養這些所謂的山人、門客等，一經發現，即以奸黨論處，對于之前州縣官員所聘請的師爺、幕友等人朝廷也要予以清查。之前大明的州縣官員，往往自己聘任師爺或者幕賓，協助自己處理政務，朝廷一般也沒有干預。
不過朱載坖很清楚，長此以往下來，朝廷和地方官府的行政能力會下降，之所以出現師爺，主要還是朝廷的州縣正印行政能力不足和佐貳官的配置不足所導致的。
最開始的時候，大明也在地方各行政機構配置過幕屬官，該官雖能起輔助地方官之用，但官員由朝廷銓選，長官不能自辟，往往還有替朝廷“安插眼線”之嫌，地方官員對之并不信任，影響雙方之間關系。由此導致自正統之后，幕屬官雖有幕職，但常被地方官棄之不用，轉而自聘人員。此外，新任的總督、巡撫或提學道等官巡歷地方時，因不熟地方事務，且未配人員佐治，多自行聘請人員。自行延聘之人普遍，幕賓應運而生。
現在大明的各級衙門中，上自督師，下至州縣，甚至軍鎮，均有聘幕情形。一般的州縣官員，聘兩三個師爺是很正常的事情，縣官最少是要聘請兩房師爺，也就是錢谷和刑名師爺，錢谷師爺負責辦理財稅等事項。因地方征收、解送期限嚴格，逾期后果嚴重，輕則處分，重則被貶，所以正印官對于錢谷師爺一般都比較重視。
除了錢谷之外，就是刑名師爺了，刑名師爺要佐官審案，精通律例、成例、法令、辦案程序及公文程式等。實際上，對于大部分的科甲出身的官員來說，刑名對于他們是很陌生的，他們大多都會將刑名交給師爺辦理，在整個案件中，基本上都是師爺們在辦理。
刑名師爺要負責擬批呈詞，即審查訴狀形式及控告人是否具備訴訟條件；酌定審期，傳集兩造和人證，為官員聽審之前做好準備工作；幕后聽審，即在庭審大堂后垂簾聽審并出具庭審意見；制作司法公文，即發揮專業特長制作判詞、詳文等公文；審核駁詰案件，即復核下級上報的刑案、復審解送的人犯、查核案卷等。
而官員們一般只會象征性的升堂問案，一應事情都是由師爺包辦。
而除了刑名、錢谷師爺之外，一些事務繁雜的地方，或者說州縣正印的能力不濟的情況下的，就不僅僅只需要錢谷和刑名師爺，還需要書啟、掛號、征比等師爺負責協助州縣正印辦理各種的各種事務。
如書啟師爺負責為正印官處理文書工作，草擬公私函件（包括呈文、信件、公告等）及其他應酬文字。書啟師爺除文采較好，長于四六駢文之外，書法圓潤干凈，無錯無漏，快而且好，方為能手。
掛號師爺主要負責管理公文、稽催公事。催辦刑錢之事是其日常工作，在衙門中所起作用類似督辦部門，需選力余于事之人擔任。催督的具體方法是設立“號簿”，將待辦公事編號記載，簡要列出內容、期限及辦理情況，如若期限將至需及時提醒刑、錢師爺，方能使辦公事務得以及時處理、不違時限，衙門公文運轉順暢。有點類似于朝廷負責考成御史。
而征比師爺的考核征收錢糧，其原本輔助錢谷師爺辦公，后因部分州縣錢谷事務繁雜獨立出來。實際上就是錢谷師爺中的一個特殊品種。
一縣之地，正印官就是百事不通，依靠這些師爺也能夠將一縣之事打理的井井有條的。但是這樣做的弊端是很明顯的，師爺們與吏員把持官府，撈取好處的事情屢見不鮮，因為這些師爺們又不是朝廷的官吏，他們只不過是官員們聘請來的幕僚罷了，他們當然是有機會就撈錢。
歸根到底，還是大明的這些科甲出身的官員行政能力太弱，無法承擔起來罷了，還有就是州縣官吏的人數太少，難以處理州縣政務，唐代上州衙門品官二十一人，經制吏一百三十五人，按照唐制，縣諸曹有錄事、司功、司倉、司戶、司法、司士、典獄、市令，兩宋也基本上沿襲了唐制，兩宋的官吏數量更多，而本朝一縣之地，品官只有縣令、縣丞、主簿、典史和朱載坖后面設立的縣尉。
至于經制吏，也比唐宋少的多了，縣衙通常設有六房：吏、戶、禮、兵、刑、工，每房配司吏一人，典吏兩人。小縣的吏員只有幾名，大縣則能達到數十人，還有一些河泊所等不太重要的衙門，可以說本朝的衙門在配置上是最寒酸的了。</p>