老朱所制定的衙門制度，在大明初年，人口較少，財政收入也比較少，州縣官員也確實應該簡約行事，不能照唐宋那樣設立各種衙門，這樣剛剛從元末戰亂的廢墟上建立起來的大明是肯定吃不消的，而且大明的制度上承自前元，而前元之制，本就粗疏，所以本朝的制度也比之唐宋更加粗略。
還有一個重要的問題就是這幫進士出身的正印官的政治能力確實是不行，這其實并非他們的問題，而是朝廷制度的問題，兩宋也是大量取士，但是這些進士出身的官員也能夠熟練的掌握地方政務，并不是因為兩宋的進士比之大明的進士能力強，而是制度問題。
首先，兩宋的地方衙門機構完備，佐貳官齊全，能夠很好的輔助正印官處理政務，其次就是兩宋的進士初授官職不高，一般不會直接讓這些新科進士們擔任正印官，按照兩宋前期的制度，一甲進士不過擔任將作監丞（從八品）、大理評事（正九品）等，有時也可能直接擔任通判諸州等地方官職，但是絕對不可能擔任正印官。
至于二三甲進士，一般就是擔任主簿、縣尉、縣丞等地方佐貳官，積攢資歷，熟悉政務，然后升遷，擔任正印官，仁宗時代規定，自今制科入三等、進士第一人及第，并除大理評事、簽書兩使幕職官廳公事或知縣；代還，升遷為通判；再任滿，可參加試館職。制科入四等、進士第二、第三人，并除兩使幕職官；待還，改授次等京官，送審官院。制科入四等次、進士第四、第五人，并試銜知縣；任滿，送流內銓，與兩使職官。鎖廳人比照此例。
可見兩宋勘磨之嚴，大明在這方面就遠遠不如了。大明一甲前三名直接就能到翰林院當官，按照名次授予翰林編修、翰林修撰等職務，不用經過吏部的銓選程序；二甲、三甲的進士要是通過了朝考，就能當庶吉士，剩下的那些就得歸到吏部的班次里，有的被授予各部主事的職位，有的則被外放到各省當知縣。
總之大明的進士，起點就比之兩宋的進士們強多了，當然，其實在太祖朝就發現了這種任官方法的缺陷，洪武六年，太祖皇帝就曾經抱怨道：“有司所取多后生少年，觀其文詞，若有可為，及試用時，能以所學措諸行事者甚寡。朕以實心求賢，而天下以虛應朕，非朕責實求賢之意也。”
甚至為此曾經停罷過科舉，但是后來官員缺乏，朝廷不得不再次重開科舉，為了提高這些新科進士們的行政能力，大明實行了進士觀政制度，就是將新科進士們分配到朝廷六部實習，以熟悉政務，提升行政能力，按照成祖所言就是：“進士每科大約三百名，分試九卿觀政，每衙門大約三十余人，堂官司僚與之朝夕而試之事，其人端、邪，能、不能若燭照，而數計之。于是會其實以上于天官，天官籍準以為詮注，文學、政事、風節、慈愷，隨所成以授其任，任則必久而不數更，是以無不可用之才，無不可知之人，此易簡之道。”
通過這種觀政制度，朝廷希望提高這些新科進士們的行政能力，使得他們任職之后能夠熟練的掌握執掌一縣之地，但是現在看來，這種措施所起到的作用是很有限的，盡管有觀政制度，但是進士們能夠從中學到的實際行政經驗還是很有限的，尤其是州縣行政，所以這些進士們只能依靠師爺們來處理政務。
此外，朱載坖還認為大明的翰林院選任制度也是有很大的問題，大明的翰林院選拔，只有兩個途徑，其一就是在殿試中取得三鼎甲，直接進入翰林院任職，其二就是在殿試之后，二三甲進士參加朝考，翰林院從中選拔人才，這樣的制度，有些過于古板了。
因為在選入翰林院的進士們，作為庶吉士在其中讀書，但是翰林官的遷轉仍然是非常封閉的，基本上要一直遷轉到翰林侍讀學士之后，加詹事府官職，然后再向六部或者都察院遷轉，雖然朱載坖已經拓寬了翰林官的任官范圍，以翰林院充任六科給事中，并且將一些自身翰林官帶翰林官銜外放地方，熟悉政務，但是總的來說，翰林官員政治經驗缺乏，行政能力低下的問題是始終存在的。
所以朱載坖決心拓寬翰林官的來源，不僅僅從新科進士中選拔人才，還要從低級文官中選拔行政能力強，廉潔奉公、學問優長的官員進入翰林院，使得翰林官的行政能力得以提升，使翰林院真的成為大明的儲才之地。
兩宋的召試館閣制度朱載坖認為可以借鑒，兩宋的館閣，就類似于大明的翰林院，兩宋的宰執重臣，幾乎都是從館閣選任而來或者由館閣貼職的，得館閣職務，在兩宋就是極為榮耀的，但是不同于大明的一考定終身，兩宋的館閣學士來源多樣，除了進士科高等和制科中式之外，召試館閣也是重要的途徑。
故而時人稱道：“制舉無常科，所以待天下之才杰，天子每親策之。然宋之得才，多由進士，而以是科應詔者少。惟召試館職及后來博學宏詞，而得骨鯁文學之士。”兩宋通過召試館閣，選拔培養了一大批的優秀人才，這是朱載坖很欣賞的，因為召試館職在選拔人才的實際成效上，要高于制舉。
所以朱載坖認為，也要效仿兩宋之制，通過考選的方式從低級文官們選拔人才，到翰林院培養，以保障大明高級文官尤其是內閣輔臣的行政能力和水平，這是朱載坖之前最擔心的事情，高拱、張居正這樣的一代人杰去后，誰來繼續當這個首輔，朱載坖認為張四維、申時行不錯，但是張、申二人去后呢？
大明不能總是指望天降奇才，而是要建立起一套完整的人才選拔、培養的制度來。
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