處分了戰敗的劉綎，朱載坖現在要處理的就是就是應該怎么平定楊應龍，朱載坖很清楚，楊家久鎮貴州，在當地還有很有實力的，而且貴州地形復雜，官軍經常所用的列陣而戰在這里沒有優勢，兵部尚書汪道昆也對此事不甚了解。
不過巡撫貴州都御史邢階和巡撫四川都御史葉夢熊也都有奏疏，向朝廷陳述此事，他們認為，大規模調遣官軍，既不現實，也沒有多大的意義，對于朝廷來說，要剿滅楊應龍，最好的辦法就是以夷制夷。
他們主要想調的就是石柱土司和水西土司，播州周邊土司中，石柱土司與播州楊氏土司關系較好，雙方在楊應龍時期互為姻屬。石柱馬氏土司希冀彼此庇護，從而政治聯姻播州楊氏土司，楊應龍也希望和石柱土司交好，從而壯大自己的聲勢，但是從楊應龍公開反叛之后，石柱土司是堅決支持朝廷的，葉夢熊也認為石柱土司可用，請求調石柱土司出兵，剿除楊應龍。
除了石柱土司之外，另外一個大的土司就是水西安氏了，本來水西土司和楊氏的關系并不好，據邢階奏報：“安楊二氏，先世原為難國，安曾求親，楊氏不從。蓋自負為太原詩禮舊家，而安以玀鬼，恥與其為盟。”
但是楊應龍對于水西土司極力予以拉攏，他很清楚，水西土司實力強大，要是水西土司下場的話，他不一定吃得消，所以楊應龍用珠寶厚賄水西安氏，又派人說服安氏，講明土司唇亡齒寒的道理。水西安氏遂既不幫官軍，也不幫播州，按兵不動。準備作壁上觀，好坐收漁翁之利。
邢階在奏疏中認為水西土司也是可以拉攏的，邢階在奏疏中稱：“蓋楊氏與安氏，接壤世姻，聲勢相依倚。楊氏發難之時，天下疑安氏為助。而安氏又與貴州甚近，若安助楊，無論楊不可誅，而貴州省城亦不可保。”他建議對于水西土司予以安撫，水西土司對之前被播州所占的烏江地六百里事耿耿于懷的，朝廷要是答應在平播之后能夠將這烏江地六百里給水西土司的話，至少可以穩住水西土司。
朱載坖沒有立即作出決定，而是派人召兵部尚書薊遼總督譚綸回京師，因為譚綸擔任過四川巡撫，對于當地的土司情況還是相對相對比較了解的，所以朱載坖請譚綸過來，對于邢階的用土地來安撫水西安氏的想法，朱載坖并不想同意，這次朱載坖就是要平定播州的叛亂為有，在西南推動改土歸流。
朱載坖自己也仔細思量了一下此事，同時將之前中南總督殷正茂的奏疏拿出來仔細看了一遍，按照殷正茂的說法，現在的緬甸還算是大體穩定，短期內是不需要朝廷大舉增兵的，而云南最近都相對比較穩定，不管是朝廷官軍還是土司兵可以調動，而朝廷所需要的糧秣，則是要從四川調撥，在西南作戰，對于朝廷來說最痛苦的就是地形了，山高溝深，交通不便始終困擾著朝廷。
等到譚綸從三屯營回到京師的時候，朱載坖大為吃驚，譚綸形容枯槁，之前譚綸多次上疏求去，都被朱載坖以薊遼重任，不可輕忽為由予以拒絕了，朱載坖也確實是找不到人接任薊遼總督，所以只能一直從翰林醫官院派遣翰林醫官為譚綸調治，但是很顯然，譚綸的身體仍然是每況愈下。
朱載坖說道：“卿家何至于此啊！”
譚綸有些虛弱的說道：“陛下召臣之意，臣以知之也！”原本朱載坖希望譚綸出任帥臣，總督方面，但是現在看來譚綸的身體不可能支撐他赴西南任職了，甚至再繼續擔任薊遼總督都不可能了。
譚綸當然也已經知道了楊應龍反叛的事情，譚綸認為，用石柱土司對付楊氏是可以的，石柱土司實力強大，節制九溪十八洞，石柱乃轄東至湖北利川，南接黔江，西界豐都，北鄰忠州。廣230里，袤240里之廣闊地域。用石柱土司之兵對付楊氏是可行的。
至于答應給予安氏土地一事，譚綸認為不能答應，朝廷要推動改土歸流，就不能使得任何土司做大，朝廷要是答應了安氏給予他烏江土司，在平定楊氏之后，勢必使得安氏做大，同時也會使得貴州的土司輕視朝廷，認為朝廷只能依靠土司才能平定楊氏。譚綸認為，調云貴川三省之兵，以四川的糧接濟，以雷霆之勢對楊氏大加撻伐，斬草除根，使得川、黔等地的土司直道天威。
而關于方面之臣的人選問題，譚綸舉薦大理寺卿趙錦，因為趙錦曾經以以右副都御史巡撫貴州，平定貴州龍得鲊叛亂，對于貴州的情況比較熟悉，在貴州當地也頗有威望，所以譚綸舉薦趙錦。
同時譚綸再次請辭，朱載坖有些擔憂的說道：“薊遼股肱之地，公若去之，誰可繼任？”朱載坖當然知道譚綸的身體已經是勉為其難的在支撐了，但是薊遼乃是重地，要是沒有精通軍務的重臣重鎮，朱載坖是實在不放心。
譚綸向朱載坖舉薦了南京工部尚書凌云翼，凌云翼也確實是知兵之臣，從以右副都御史巡撫江西，疏論衛所消耗弊事多得施行。然后擔任南京兵部右侍郎、右僉都御史、總督兩廣軍務，后巡撫廣東，敗海寇林鳳，平兩廣羅旁、河池瑤民起事，在軍務上還是頗有一番作為的。
現在譚綸病重，朱載坖不得不同意了譚綸的請求，調南京工部尚書凌云翼為兵部尚書總督薊遼大寧等處軍務事。譚綸以兵部尚書銜在京師養病。
隨后朱載坖發布命令，升大理寺卿趙錦為兵部左侍郎兼左副都御史，經略貴陽，督川、黔、滇三省之兵，剿除楊應龍，賜天子劍、銀令箭。
任命黔國公沐昌祚為提督滇黔軍務事，掛平蠻將軍印，督云南官軍及土司兵速赴貴陽進剿。
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