朱載坖要修訂翰林官選拔方法的事情，很快就在朝廷中傳開了，對于朱載坖的這個舉動。翰林官員們自然是極為不滿，但是其他的朝廷官員對于朝廷增加翰林官選拔途徑這事反而是極為高興的，之前要想進入翰林院，要么是三鼎甲，要么是朝考，別無其他途徑，對于很多不是累世簪纓家庭出身的官員來說，往往對于朝考的準備不夠充分，家庭因素在朝考中占有很大的比例。
在翰林院中，父子翰林、族兄弟翰林，還有閣臣子弟入翰林的情況都是非常之普遍的，這種情況的發生，使得朱載坖和朝廷官員對于朝考的公平性確實有了一些懷疑，雖然朱載坖沒有說什么，但是這些年以來，閣臣子弟中試然后被選為翰林的事情是越來越多了。
朱載坖對于這些通過朝考選為翰林官的人，實在是不敢抱有希望，所以朱載坖才決定從有經驗的官員中考選翰林官，以為朝廷儲備人才。
對此反應最激烈的就是現在的翰林官了，他們認為三鼎甲入翰林院和經由朝考選拔翰林官乃是祖制，不能夠更易，對于這些看法，朱載坖嗤之以鼻，什么祖制？楊士奇是什么出身，怎么被選入翰林院的，國初之時，翰林官的來源是極為復雜的，像楊士奇這樣經由推薦而不是考試來的人多了去了。
所以談什么祖制？祖制還不需要考試呢，對于這些官員的議論，朱載坖沒有予以理睬，而是要求內閣、吏部詳細制定考選翰林官的制度，同時改變翰林官的培養方式，不僅僅要坐在翰林院中修史，而是要為大明選拔出合格的輔弼人才。
所以朱載坖要求張居正等人制定一套嚴格的培養和考核辦法，在翰林院學習之后，讓這些翰林官們帶著翰林官職到地方、科道、六部去任職，以積累他們的經驗，培養他們的行政能力，貫徹宰相必起于州郡，猛將必發于卒伍的理念。
朱載坖為此事多次和內閣以及部院重臣們商量，最后制定了翰林考選則例，規定翰林院官員的來源、考選方式和培養辦法，除了三鼎甲和朝考考入翰林院之外，科甲出身和制科中式的官員，年四十以下，沒有受過處分，任滿三年正印官，考績優良的，都可以通過翰林院組織的考選考入翰林院。
翰林考選以內閣輔臣和部院重臣為考官，對于參加考試的官員，以策論為主要的考察方式，主要是選拔有行政能力的官員為主。同時庶吉士在翰林院散館之后，不僅僅要留在翰林院中工作，還要輪流到科道、地方、六部任職，積累經驗，對于考績不合格的，要予以黜退，對于翰林官，要嚴加要求，吏部隨時向朱載坖奏明翰林官的情況。
朱載坖要求今年就開始組織第一次的翰林考選，在南北兩京翰林院同時舉行考選。
而正當朱載坖在處理這些事情的時候，貴州急報，楊應龍作亂，這其實早就在朱載坖和重臣們的意料之中了，但是當朱載坖詳細看完了巡撫貴州都御史邢階的奏疏的時候，還是不由得動怒了，這次最終將楊應龍逼反的，居然是劉綎，他擔任貴州鎮副總兵，統帥從緬甸、云南、四川等出抽調來的六千援軍。
劉綎手下有很多其父劉顯的老部將，都是能征慣戰之人，因此劉綎自認為很強大，但是他駕馭不對不得法，放縱手下的士卒劫掠，軍紀敗壞，使得貴州土司對于劉綎很憤怒了，因此楊應龍才認為官軍不足為敵，敢于提前作亂，同時朝廷加強在貴州的軍事存在也使得楊應龍感受到了威脅，故而在多方的作用之下，楊應龍決定提前作亂。
由于劉綎在貴州搞得土司對官軍極為厭惡，不少土司選擇跟隨楊應龍作亂，而劉綎又驕矜自滿，認為自己麾下都是精銳，同時對于張元勛，他也不放在眼中，認為總兵張元勛膽怯，獨自率軍迎戰楊應龍，輕兵冒進，招致大敗，所部六千精銳，只剩兩千余人逃歸，使得楊應龍現在士氣大振，邢階和張元勛只得率兵守衛各州縣，戰局對官軍現在是十分的不利。
朱載坖看完奏疏之后，勃然大怒，雖然劉綎的失敗造成的損失并不大，但是對于整個貴州的官軍士氣大計是非常之沉重的，從朱載坖開始用兵以來，大明還沒有遭受過這么慘重的失敗，而且是本來可以避免的失敗，這使得朱載坖對于劉綎極為不滿。
當即召集閣部重臣商量此事，朱載坖問道：“楊應龍作亂，劉綎戰敗，卿等以為應該如何處置啊？”
張居正認為應該征調西南官軍，從速剿滅楊應龍，同時對于劉綎，張居正認為他還是有一定的軍事能力的，只不過小受挫折，朝廷應該準允其戴罪立功。
朱載坖不認同張居正的觀點，朱載坖認為劉綎戰敗，必須嚴懲，朝廷軍法如山，豈可兒戲？劉綎驕矜自大，招致大敗，數千官軍戰歿，同時間接壯大了楊應龍的實力，而且桀驁不馴，不聽巡撫邢階和總兵張云勛的指揮，如不重懲，不能彰顯朝廷軍法之威。
朱載坖要求將劉綎下衛尉寺嚴審，但是被重臣們給勸住了，并非他劉綎的原因，重臣們主要是考慮到其父劉顯現在正在緬甸作戰，劉顯為朝廷安定緬甸，居功甚偉，要是朝廷重懲劉綎，會使得劉顯寒心的，兵部尚書汪道昆建議，將劉綎罷官送歸其父處。
但是這個建議也被朱載坖否決了，朱載坖認為劉綎還是有些本事的，既然不能將其下衛尉寺，那就將其降三級為播州守備，令其戴罪立功，同時朱載坖親自給劉綎下旨，明確說明這次劉綎本當送法司嚴懲的，但是念在其父效勞經年的面子上，朱載坖準允其戴罪立功，倘若再有不聽節制，喪師戰敗的事情發生，朱載坖必將其身送東市，以正軍法。同時命令劉顯從緬甸、云南再抽調三千精銳，調歸劉綎指揮，讓其戴罪立功。
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