在攻取重慶府不成之后，楊應龍率兵撤回，同時分兵攻打綦江、合川、南川等地，均被官軍擊敗，在確定貴陽無礙之后，各路援軍從川、滇兩個方向進剿。
楊應龍雖然麾下人數不少，但是并沒有占領什么朝廷的重要據點，但是楊應龍所過之處，百姓死傷慘重，經尚在路上的貴州經略趙錦上疏，請求朱載坖曉諭川、黔土司，激勵他們為朝廷效力。
朱載坖下旨：“楊應龍負恩犯順自干天順，誅止首惡更不株連土司，自我朝開設以來因俗而治世效職貢上下相安，何必改土為流，方是朝廷疆宇其，宣諭朕意共鼓忠憤，有能俘應龍以獻即許代其世職，若合謀成功各裂土酬賞。”
朱載坖明確批示批示朝廷待播州土司不薄，你我相處融洽，何故反我朝廷，因而對楊應龍反叛之事十分惱怒，更是拿出播州土地爵位作為誘賞，只要誅殺惡首。
同時從云南等地調入貴州的援兵開始增加，官軍和楊應龍部的兵力對比開始朝著有利于官軍的方向進展了，楊應龍開始從四川撤回播州，對于楊應龍撤兵的舉動，官軍認為楊應龍已經懼怕官軍了，尤其是四川方向的官軍，重慶方面的官軍以石柱土司兵為主，他們和楊應龍本就有些關系，使得葉夢熊不敢對他們完全放心。
即便是楊應龍后撤之后，葉夢熊立即命令土司兵追擊楊應龍，將楊應龍趕回播州區，沒有想到楊應龍突然回師重慶，勒兵犯綦江，城中新募兵不滿三千，賊兵八萬奄至，游擊張良賢戰死，綦江陷。楊應龍盡殺城中人，投尸蔽江，水為赤。
這下輪到巡撫四川都御史葉夢熊抓瞎了，當即命令已經追擊楊應龍的各路四川官軍守衛各州縣，防止為楊應龍所偷襲。然后葉夢熊趕緊向經略趙錦和朝廷匯報此事。
之前朝廷對于平播戰事是非常樂觀了，因為這么多年以來，朝廷用兵基本上都十分的順利，兇狠如北虜，不也得乖乖的向朝廷稱臣納貢嗎？楊應龍不過一個貴州深山里的土司，能夠翻起多大的浪來？再加上朝廷調集官軍、土兵二十多萬，這么強大的兵力，剿滅楊應龍只不過就是時間問題罷了。
但是事情并沒有大臣君臣想的那么順利，現實劉綎戰敗，損兵四千，雖然對于大明來說，并不算多大的損失，但是挫傷了官軍的士氣，現在楊應龍更是屠了綦江，這是分明藐視大明朝廷，還有就是葉夢熊、邢階干什么吃的，不僅沒能剿滅楊應龍，還是得楊應龍能夠陷城屠殺，大明的國威何在？天子的尊嚴何在？
科道御史們紛紛上疏彈劾，從邢階、葉夢熊和川、黔兩省的各級將領，都被科道言官們予以彈劾了，他們要求朱載坖嚴懲邢階、葉夢熊等人，還有劉綎，就是因為之前沒有嚴懲劉綎，才使得官軍將領疏忽懈怠，導致大敗，他們要求嚴懲這些官員，督兵進剿，迅速將楊應龍剿滅。
朱載坖對此事也是極為不滿，朝廷已經動用大軍征繳楊應龍了，雖然朱載坖也知道貴州的客觀條件，官軍不可能快速解決戰斗，但是也不能一直敗績啊，朱載坖認為確實要對前線的官員們體格醒了。
朱載坖于是以上諭的形式對于參加剿除楊應龍的文武官員予以申斥：“楊賊妄自尊大，僭稱尊號，明為我司臣屬之職司，寄天朝之藩籬，暗行此悖逆忘祖，篡立違典之行。朕恭行天討，以申正義，諸路臣僚，當體朕意，合謀協同，督兵進剿，何乃一再矢機，墮我軍威？是天朝無嚴誅之律條，朕非能殺人之主乎？倘若再行失機，喪師失地，朕雖有山海之量，奈國法何？斧鉞之加，悔之何及？”
朱載坖以嚴旨督促官軍進剿，同時對邢階、葉夢熊等負有責任的官員全部革職留任，以觀后效，朱載坖的態度是很明確的，就是如果再有這種事情發生，朱載坖的耐心是有限的。
而經略貴州趙錦經過近兩月的跋涉，終于抵達貴陽府，趙錦一道貴陽府，首先宣讀了朱載坖的上諭，宣讀完畢之后，趙錦對這些文武官員們說道：“楊賊作亂，圣天子憂心西南，我等食君之祿，忠君之事，若再放任楊賊猖獗，天子震怒，國法昭彰，諸位當知矣！”
朱載坖的嚴旨使得這些官員們還是有些擔憂的，朱載坖不是一個特別寬容的人，尤其是對于官員，加以誅戮在隆慶朝并不罕見，所以朱載坖的警告還是很有威懾力的，趙錦宣讀完上諭之后，就詳細詢問現在貴州的情況。
其實現在官軍的形勢已經得到了好轉，并沒有之前那么危急了，劉綎率兵收復了烏江以南的各處據點，現在駐軍養龍坑，與播州土兵隔烏江對峙，四川等處的官軍從北、西兩個方向壓過來，在北方已經將楊應龍逐出了重慶府，正在沿綦江追擊楊應龍。
西面的官軍沿桐梓江過古藺進逼播州，湖廣官軍駐守白泥、龍泉，防止楊應龍東逃，官軍可以說已經從四個方向將楊應龍控制住了，只待聚集起足夠的兵力，就可以大舉進剿，以平定播州。
趙錦沒有這么樂觀，楊應龍準備多時，總不可能沒有底牌的，趙錦問道：“楊賊中戰力最強是哪一部。”
巡撫貴州都御史邢階趕緊說道：“稟趙部堂，楊賊中又三萬苗兵，由其弟楊兆龍統帥，現在正在烏江北岸駐守。”
趙錦想的是如果能夠將這股楊應龍的精銳吃掉的話，對于朝廷之后的進剿就很容易了，因為這些土兵一旦進入大山之中，官軍要想將其全部斬盡殺絕，就很難了，所以最好是誘使他們與官軍大戰一場，一戰擊潰其主力，邢階當然知道這確實是快速解決播州之亂的辦法，但是楊賊狡詐，恐怕很難上當。
趙錦認為楊應龍不上當，朝廷就要想方設法逼他和朝廷決戰。
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