楊應龍親率五萬主力，試圖奪回婁山關的行動被馬孔英所挫敗，只得狼狽逃回海龍囤，楊應龍這個時候再次向趙錦、沐昌祚等人請求投降，表示他愿意歸順大明，但是被趙錦等人予以嚴詞拒絕，朱載坖是有嚴旨的，就是要剿滅楊應龍，同時對于整個西南的土司予以整肅，以加強朝廷對西南的控制力。
所以對于楊應龍的請降，趙錦和沐昌祚都沒有理睬，而是督促官軍加快進剿，將迅速奪取海龍囤，以結束朝廷在貴州的戰事。在這種情況下，沐昌祚傳檄諸軍，加快進度，會師海龍囤。
現在楊應龍逃奔養馬城，同時在此聚集殘兵，準備負隅頑抗，養馬城屬海龍屯外圍軍事設施，建筑規模較大，有城門六座，城墻高達三丈，易守難攻，楊應龍準備據守養馬城，以對抗朝廷，楊應龍的想法很簡單，就是通過養馬城、海龍囤等一系列堅固的工事，遲滯官軍的進攻，使得官軍付出不可承受的傷亡代價，這樣的話官軍最終還是會接受他的請降，大不了損失一些領土人口罷了，楊應龍還是能夠繼續在播州當土皇帝的。
但是官軍肯定不是這么想的，朱載坖嚴旨再三，對于楊應龍是必要剿滅的，這點沐昌祚是很清楚的，所以沐昌祚率軍和劉綎匯合之后，率兵準備攻取養馬城。
劉綎這些日子也沒有閑著，他麾下的八千人中，有五百是裝備了線膛燧發火銃的善射之士，劉綎就利用他們手中的火銃優勢，對于海龍囤和養馬城的苗兵予以射殺，主要是射殺從海龍囤和養馬城出來砍伐木柴的苗兵，將他們封鎖在城內，以防止這些人出城，先截斷他們的消息來源，等待官軍大軍抵達。
同時在劉綎的指揮下，官軍甚至依靠著射程優勢，于清晨、黃昏派遣善射之士射殺城頭的守軍，制造恐慌，也利用官軍攜帶了各種火炮對于海龍囤的城墻進行了打擊，不過海龍囤和養馬城的城墻確實是非常堅固，官軍攜帶的佛郎機和小口徑火炮是很難對這些城墻構成破壞的。
等到沐昌祚、張元勛率領大軍抵達海龍囤與流言會師，官軍現在在海龍囤城下已經有近十萬人，沐昌祚召集眾將，商量此事，現在對于官軍來說，最重要的就是攻破海龍囤，剿除楊應龍，沐昌祚向眾將詢問破城的辦法，大家都看向劉綎，因為他已經在海龍囤多時了，對于附近相關情況也應該是很了解了。
對于海龍囤的情況，劉綎也確實摸得很清楚了，楊應龍久蓄異志，自然是早有準備，他在龍崖屯基礎上擴建城堡、宮室，筑前后12關，在方圓十多里范圍內的山上圍筑堅壁巨壘。建筑物均以千斤巨石砌筑，城門嵌刻關名、城門上營造箭樓、倉庫、兵營、水牢于城中，各關之間石墻相隔。
憑借險峻的山勢，官軍要想進攻，勢必會造成重大傷亡，而且長期圍城之法也行不通，據最近抓到的俘虜稱，海龍囤內有水井，也儲備了大量的糧食，官軍想要以長期圍城來破海龍囤，難度是很大，官軍不可能長期維持大軍在此地的，所以唯一的辦法就是盡快破城，攻克海龍囤。
但是這座楊應龍苦心經營的要塞確實是易守難攻，官軍現在再去調運重炮，顯然是不太可能的，恐怕只能用人命去填，蟻附攻城，直下海龍囤，沐昌祚等人都是經年作戰的老將了，對于這種攻城方式，他們當然知道傷亡會十分之巨大，但是眼下圣諭煌煌，沐昌祚已經顧不上這么多了。
劉綎說道：“軍門，要破此城，恐怕要水火兩法才行。”
在座的都是老將了，當然知道劉綎的意思，攻城確實可以用水火之法，無非就是利用坑道，挖到城墻底下，然后用水將城墻灌塌，或者用木柴以煙熏的方式逼迫守軍放棄城墻。
沐昌祚經過思考之后決定，先強攻養馬城，以震懾楊應龍，吸引楊應龍的注意力，然后官軍在銅柱關、鐵柱關的城墻根底下挖地道，然后灌水，千斤巨石砌的城墻地基被挖松，使得城墻倒塌。
于是沐昌祚親自領兵，率領官軍、土兵砍伐樹木，打造攻城器械，準備攻城，沐昌祚之所以選擇進攻養馬城，一來是展示官軍的實力，震懾海龍囤上的叛軍，同時掩護劉綎在海龍囤的坑道作業，二就是考慮到養馬城內的守軍主要是被馬孔英所擊敗的潰兵，他們士氣不高，官軍正好拿他們試試手。
在沐昌祚的指揮下，六萬余官軍和土兵進攻養馬城，從一開打，沐昌祚所表現出來的態度就是不計傷亡的猛攻，在官軍的佛郎機、火銃、弓弩掩護下，這些土兵用云梯，繩索等物直接攀援而上，準備登城，之前沐昌祚就已經頒布了賞格，先登上城的，賞銀錢一萬元，這些土兵們甘冒矢石，悍不畏死的登城。
官軍只用了四天就將養馬城攻破了，破城之后的官軍，這些叛軍全部誅戮，筑成京官以儆效尤，同時經過修整的馬孔英部也率軍趕到，官軍將海龍囤團團圍住，同時沐昌祚為了掩護劉綎的土工作業，大舉攻城，雖然海龍囤乃播州第一險要，北、東鄰白沙水、南接腰帶溝、西面靠山，囤上囤下高度相差接近一百五十丈，地勢險要，易守難攻，周圍全是懸崖峭壁，只有一條小路可供大軍通行，但是沐昌祚不顧傷亡，猛攻海龍囤。
沐昌祚命令官軍進抵囤下以后筑長圍輪番攻打，楊應龍則督率播州兵以滾木、擂石阻攔官軍攻城。而劉綎則是率領官軍的工兵，日夜不停的挖掘坑道，準備決水灌城。
經過官軍十六日晝夜不停的挖掘，官軍終于引白沙水灌城，使得海龍囤的外圍城墻倒塌，劉綎揮舞大刀，親率官軍精銳破城，將楊應龍部包圍在屯上。
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