同時對于貴州的戰后重建，趙錦也提出了相應的辦法，首先就是要建衛所、屯田、留將領、選官員，以鎮壓叛亂安定地方，在播州設立遵義、平越兩衛，同時設立遵義兵備道，負責原來播州地區的防務、兵備等事宜。
在播州故地實行改土歸流，最重要的就是要實行清丈田畝和朝廷的賦役之法，趙錦在奏疏中稱：“責成新道府深率州縣官,插定疆界，沿丘履畝逐一丈量，分為等則造冊呈報，以定賦法。丈量完后，免兩年科稅，田賦中，一年夏秋二稅、銀力二差、雜費具因收齊外，其余費用充作布政司邊餉。限田制，播州舊民，除原土地外，另給田畝三十，上中下田摻給。荒田，招民承種，納糧當差。楊應龍等人的官田收入官府。”
將楊應龍等人逆犯的田產作為賞賜給有功將士的獎勵，征播將士，愿意留在平越、遵義兩衛的，每人給田五十畝，免征五年，充實遵義、平越兩府的人口。
對于川、黔之爭，趙錦支持貴州，趙錦認為貴州在川、滇、黔三省之中最為弱小，必須要予以扶持，至于葉夢熊所稱的貴州窮困等問題，可以由朝廷撥款支持，朝廷既然要在貴州實行改土歸流和分土世官，就應該加強貴州的實力，同時對于未來的改土歸流和分土世官，趙錦也做了詳細的規劃。
趙錦認為，貴州、四川、云南應當各有側重，貴州的重點是對水東、水西的土司予以管束，而四川則是對于烏斯藏的土司予以控制，云南主要是要保障和緬甸的聯系以及各處銅礦的開采并且控制水路交通，三省各有側重，視其情況進行改土歸流或者分土世官。
趙錦的奏疏中還提到了另外一件事情，就是為了防止這個土司再次作亂，朝廷應該在貴州恢復驛站、興修道路，趙錦在奏疏中說道：“茲者地方底定,道路大通,驛站之設,勢不容已。”
還有一件重要的事情，除了軍事征服以外，還要加強文教，以教化百姓，防止降而復叛，保證地方的安定，趙錦懇請朱載坖支持貴州的文教建設，趙錦在奏疏中說道：“令干戈既戢,文教宜先。第新遭大兵,不惟士人廢沮,抑亦物力未贏,若紛紛建設,徒以恣虛費之竇,開奔冒之門,于宏文雅化無當也。今照府治綱紀,諸邑實為風化之首,白田、黃平舊有學宮,補葺亦易,特師儒久虛耳,當于二府原學各補教授一員,益之訓導二員以聯生儒，用夷變夏，莫要于此！”
朱載坖收到報捷文書和葉夢熊、趙錦等人的奏疏之后，立即召見內閣和部院重臣，首先要解決的事情就是為播州的戰事收尾，要賞賜參戰將士，兵部、戶部擬定賞格，同時將楊應龍尸身和一干逆犯解送京師正法，設置州縣，在播州推行改土歸流。
而現在在播州推行改土歸流，最主要的問題是川黔之爭，葉夢熊把官司都打到朱載坖這里來了，朱載坖當然不能坐視不管了，朱載坖詢問道：“諸位，這次川黔之爭，你們怎么看啊？”
首輔張居正當然是要首先發言的，張居正認為，川黔之爭，對于朝廷來說，主要還是財政的問題，如果將遵義劃給了四川，那么川、黔兩省各自負責一府的重建，兩省都有余力，從節約朝廷資金的角度來講，將遵義府劃給四川，確實是有好處的。
但是從維護地方安定的角度，將遵義、平越兩府八縣都劃給貴州是最合適的，但是這樣的話，貴州一省之力顯然是無法完成這個重建的，朝廷肯定是要資助的，所以這個問題，就看朝廷怎么抉擇了。
其余的內閣輔臣也大多支持將遵義給貴州，畢竟現在朝廷的財政還算充裕，向貴州撥款也不是不行。
朱載坖于是決定將遵義府劃給貴州，所需要的資金，由貴州上報戶部之后予以審核撥給。
接下來就是怎么處理這些土司的問題，這次播州之亂，將川、黔兩省的土司牽連進來不少，朝廷現在要處理此事，自然是要慎重的，之前內閣都擬定了相關的章程。
首先是要進行改土歸流的，楊氏作為這次播州之亂的首逆，自然是要被族誅的，同時原來的播州宣慰司也隨之撤銷，在播州舊地設置遵義、平越兩府，同時還有那些跟隨楊應龍造反作亂的土司，也要予以處分，對于死硬不改的，直接予以剿滅，對于中途反正的，也要予以懲罰，雖然仍舊允許他們世襲職務，但是他們的土地、人口都被朝廷控制，和改土歸流相比，他們僅僅只是保留一個世襲的土官職務罷了。
除了這些造反作亂的土司，還有兩大類土司，第一是積極出兵，幫助朝廷處理楊應龍叛亂的土司，如石柱和云南的各土司，朝廷要予以賞賜，同時加強這些土司頭目的權力，如石柱土司宣慰使馬斗斛，不但要予以加官，還要明發詔書，準允其長子馬千乘繼承石柱土司宣慰使之職，任命馬千乘為宣慰司同知。
而對于直接參戰的土司大小頭目，要按照其功勞的大小，予以賞賜，同時在各宣慰司內部給這些土司的大小頭目授予官職，使得他們在宣慰司內部掌握一定的權力，使其大小相制。
而對于水西安氏這樣的之前首鼠兩端，最后才參與平叛的土司，朝廷也自然是要予以懲罰的，要在他們的領地內設置衛所，部分實施改土歸流，同時分封安氏的其他旁支子弟為宣慰司官員，并且要求安疆臣拿出一部分土地和人口，分給這些心向朝廷的中小土司，增加水西、水東每年向朝廷繳納的賦稅總量，加強對于他們的經濟控制，逐步削弱他們的勢力。
在安置這些小土司的時候，也要將他們打散安置，不能使他們有抱團聚集的可能性。雖然對于他們實行的是分土世官，但是最終的目的還是改土歸流。
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