對于佛郎機的這種舉動，朱載坖自然不會慣著他們，他不顧現在立馬就要過年都要召集閣部重臣和參贊軍務大臣，就是要快速解決此事，佛郎機這是明著挑釁大明，大明要是還沒有反應的話，日后怎么統領南洋諸國，作這些藩屬的宗主國。
朱載坖對于此事的態度是很堅決的，絕對不能給這些西夷好臉色，朱載坖對于這些西夷的貪婪是很清楚的，一旦大明在這件事情上表現出團若，便會被他們視為軟弱，他們就會變本加厲，這是朱載坖所不能容許的，必須要打疼他們才行。
對于朱載坖的想法，練兵軍務處的一眾大將們當然是支持的，佛郎機扣押大明使臣，殺戮大明百姓，這還不予以嚴懲的話，大明的國威何在？番邦屬夷怎么看待大明？這是必須要予以處理的，呂宋本就是大明的屬國，佛郎機無端侵占，大明還沒有找他算這筆賬，現在得寸進尺，得隴望蜀，當然是不能準允的。
勛臣們都建議立即出兵征討，但是閣部重臣們則是建議緩一緩，原因很簡單，現在西南的土司還沒有完全安定下來，明年又要支持李成梁收復青海，徐渭在倭國也有可能有戰事，大明再和佛郎機交惡的話，就是多線作戰了，對于大明并不利。
而且現在事情還沒有完全明朗，這就是佛郎機有意挑釁，還是只是其駐呂宋總督的個人行為，尚且不清楚，即便是要用兵，也要與大明的盟友尼德蘭等一道協調好在海上用兵才行。
朱載坖認為，佛郎機侵占大明屬國在先，已經是極為無禮了，現在又扣押大明使臣、殺戮大明百姓，要是大明再沒有反應的話，恐怕佛郎機就不知道這里做主了，必須要予以嚴厲懲戒，朝廷從嘉靖年間就大興水師，到了今日，也該試試成果了。
至于閣臣們所擔心的事情，朱載坖認為到沒有這么嚴重，首先對佛郎機作戰主要是懲戒性質的，以水師為主，不會調動特別多的官軍主力，其次就是呂宋距離佛郎機萬里之遙，即便是大明收拾了呂宋的佛郎機人，佛郎機要報復大明，恐怕也不是一時半會就能夠來的，何況佛郎機在歐洲的敵人也多了，自己尚且自顧不暇，哪里有機會大舉東顧。
不過張居正等人所建議的與尼德蘭一道行動倒是可以考慮的，尼德蘭希望在東方有一個落腳點作為貿易的中轉港口，之前也為此與大明溝通過，但是朱載坖對于領土問題是十分敏感的，決不允許任何所謂的租借存在，所以尼德蘭人的這個想法一直沒有實現。
不過這次如果和大明聯手的，在恢復呂宋之后，大明可以做呂宋的主，準允尼德蘭在呂宋擁有一個中轉港口，這樣的話應該能夠吸引尼德蘭與大明一道參戰。
朱載坖認為，現在必須讓佛郎機人吃到苦頭才行，命令禮部照會佛郎機人，要求佛郎機就扣押大明使臣和在呂宋島上殺戮大明百姓做個解釋，否則的話，大明就要給佛郎機一個說法了。
朱載坖命令督師南京大學士張四維和呂宋遺民和安置在南京的呂宋王室聯系，要他們上疏大明，請求大明作為宗主國為呂宋主持公道，幫助呂宋復國。同時緬甸水師總兵鄧子龍率領水師前往呂宋，威懾弗朗機人，海關總署和緝私水師、各省水師、北洋、東海、南洋三艦隊，將各自轄區內的所有佛郎機船只予以扣押，中斷和佛郎機的一切貿易往來。
南洋水師提督俞咨皋整頓南洋水師，前出至緬甸，支援緬甸水師，封鎖呂宋島，同時營救被扣押的大明百姓，佛郎機人敢于阻攔的，準允水師便宜行事。
同時召見尼德蘭使臣，要求尼德蘭履行盟友義務，與大明并肩作戰。
對于佛郎機，朱載坖也劃出了明確的底線，佛郎機必須將殺害大明百姓、扣押大明使臣的相關人員交給大明懲辦，并且賠償大明的相關損失，承認大明在南洋的宗主國地位，同意呂宋復國等條件達成之后，大明才能夠和佛郎機再度展開貿易，否則的話，不僅大明不會和佛郎機開展貿易，呂宋島上的一粒香料也不能運出呂宋，任何用呂宋出發的船只都是大明水師的打擊目標。
朱載坖絕對不會和佛郎機妥協的，現在大明水師在噸位、火炮、兵力上都占據優勢，而且又是在家門口作戰，朱載坖當然不會怕他，而且佛郎機這次的行為，也觸及了大明的底線，這是絕對不能容忍的，至于臣子們所擔心的戰爭開支太大等問題，朱載坖認為，水師作為戰略進攻兵種，只有在進攻中才能取得收益，縮在港口里面的存在艦隊才是徒耗錢糧。
朝廷這些出動艦隊，大舉征討呂宋，就是要建立大明在呂宋的絕對主導地位，將整個南洋納入大明的勢力范圍內，同時狠狠的打痛佛郎機，要佛郎機明白，大明不是南美的那些猴子，佛郎機想要在大明的勢力范圍內撒野，就要付出代價。
同時朱載坖很清楚，佛郎機不愿也不敢放棄呂宋，呂宋不僅是從歐洲到大明的重要中轉港口，其所出產的香料等物在歐洲也極為值錢，呂宋為佛郎機所提供的這些香料，使得佛郎機在歐洲大發橫財，要佛郎機放棄呂宋氏絕對不可能的，所以朱載坖就是要用呂宋來逼迫佛郎機就范。
朱載坖的上諭在隆慶十五年的年底發出了，不過由于京師和廣州相距遙遠，即便是急遞，也需要二十一天才能抵達廣州，還不要說相關的兵馬調動等一系列事宜了，這都是需要很長的時間的，沒有一年的光景，是不可能的有個結果的，所以朱載坖并沒有過多的關注此事，而是積極的準備東巡的事宜。
東巡不僅僅是查看遼東的情況，更重要的是對于東北的各番邦屬夷予以震懾，朱載坖就命令朝鮮國王到沈陽來朝見大明皇帝，還有女真等部落首領，也要來朝見。</p>