在外放這些翰林官之后，朝廷還從符合條件的地方和各部院寺監官員中考選了一批翰林官，充任庶吉士，在翰林院學習之后準備外放。
然后就是對六部堂官的調整，原任戶部尚書鄢懋卿以老病請辭，朱載坖予以準允，加鄢懋卿太子太保、光祿大夫，賜馳驛遣錦衣校尉護送回鄉，朱載坖任命王國光為戶部尚書，楊俊民以戶部左侍郎總理鹽政，張學顏加戶部尚書銜總督倉場兼司農寺卿，原任南京戶部尚書宋纁為提督稅務總署，原任右都御史梁夢龍升戶部尚書提督海關總署。
朱載坖對于禮部尚書陸樹聲早就極為不滿了，之前因為譚綸的事情，朱載坖就對他比較反感，所以這次鄢懋卿致仕，朱載坖借機將陸樹聲予以罷免，選任原南京禮部左侍郎徐學謨為禮部尚書。
同時調原提督流外銓選院吏部左侍郎陸光祖回部管事，以原南京右都御史楊巍為吏部左侍郎提督流外銓選院。
宣大總督鄭洛調刑部尚書提督巡檢總署，原兵部左侍郎吳兌加兵部尚書銜總督宣大。
除了六部之外，還有就是閣臣的選任，原任武英殿大學士陳以勤、文淵閣大學士呂調陽，以老病請辭，朱載坖都予以準允，加恩于他們的子孫，尤其是陳以勤之子陳于陛，加翰林學士，兼任國史副總裁，繼續其父修史之事。
這樣一來內閣的人手就不足了，雖然張居正很想當鐵人，但是現在內閣只有三個人，張居正、張四維、潘晟，張四維還出鎮南京，實際上只有兩人辦公，內閣顯然是吃不消的，張居正之前就上疏請求增補閣臣，朱載坖也予以同意了，朱載坖下旨，原翰林學士、右副都御史巡撫順天申時行，改任禮部左侍郎、東閣大學士，入閣預機務。
但是張居正還是認為內閣缺人，現在內閣干活的只有三個人，朱載坖一旦東巡的話，就只剩下兩個人干活，張居正認為最少還是要增補一名閣臣才行。
朱載坖于是下令廷推，廷推禮部左侍郎于慎行和吏部右侍郎余有丁兩人，朱載坖最后圈定余有丁入閣，朱載坖選擇余有丁是有深意的，現在內閣五個人，張四維雖然是次輔，但是出鎮南京，實際在內閣干活的就四個，張居正和他的死黨潘晟，再加上新入閣的兩個同科，嘉靖四十一年的狀元申時行和探花余有丁，不僅僅是新老搭配，更是一種權力制衡。
朱載坖信重張居正，要維護他的首輔尊嚴，但是作為皇帝，同樣要在內閣當然安排自己的人，所以朱載坖選了申時行和余有丁這兩人入閣，他們兩人性格都相對比較溫和，不容易和張居正起沖突，但是做事沉穩，尤其是申時行，還是頗有手腕的。
除了京師之外，對于地方重臣，也要予以調整，原右都御史總督浙直楊繼盛，回朝擔任右都御史，原南直隸巡撫沈煉接任，同時調山東巡撫吳百朋為南直巡撫，曹國公李庭竹病重，罷提督薊遼大寧等處軍務事，回京休養，調原提督宣大軍務黑春擔任提督薊遼大寧軍務，原任大同總兵郭琥升任提督宣大軍務事。
原任宣府鎮總兵，英國公張元功回京，任京衛都指揮使，原京衛都指揮使嚴紹庭，調遼東總兵官，朱載坖經過一連串人事任免，對于朝廷的重要崗位予以輪換，同時還確定了隨駕的人選，首輔張居正、武英殿大學士潘晟、東閣大學士余有丁留守京師，東閣大學士申時行隨駕。
重臣方面，總督倉場戶部尚書張學顏、工部尚書嚴世蕃、吏部左侍郎陸光祖、兵部左侍郎吳兌、右都御史楊繼盛、英國公張元功、蓬萊侯戚繼光、恭順侯吳繼爵、武定侯郭大乾等一干重臣隨駕。
對于朱載坖的決定，太子朱翊釴當然是不太開心，朱載坖出門浪了，他就得坐鎮京師，朱翊釴說道：“父皇坐鎮京師，兒臣代天巡狩也不是不行。”
回答他的是朱載坖的白眼，眼下隆慶十五年已經算是結束了，各衙門都準備封衙休息了，朱載坖也在查閱各部的總結和明年的預算等事項，不是重大事情，這幾日都不會來煩朱載坖的，連平日里最討厭的言官御史都不敢多說什么。
不過隆慶十五年十二月二十八日，一份從廣州來的急遞打破了京師祥和的過節氣氛，這份急遞的是大明派往佛郎機的使節翰林編修蕭良有、宋希堯和禮部祠祭司主事盧洪春從廣州發來的，他們本來是奉命出使佛郎機的，但是在呂宋島被佛郎機人所扣押，船只也被佛郎機人所沒收，蕭良有等人在呂宋當地華人的幫助下才得以逃脫，搭乘尼德蘭船只返回大明，向朱載坖奏報此事。
朱載坖得知消息之后勃然大怒，兩國交戰，尚且不斬來使，大明主動遣使佛郎機，想要釋放善意，沒有想到佛郎機蠻橫至此，全然不把大明當回事。
蕭良有等人也在奏疏說明了此事，佛郎機人之所以扣留他們，是因為他們認為大明和尼德蘭是盟友，可能聯手在海上對付佛郎機，除此之外還有就是蕭良有等人在呂宋得知了佛郎機人屠殺華人的事情，他們擔心大明因此事和佛郎機交惡，所以干脆將蕭良有等人予以扣留。
朱載坖對于此事即極為憤怒的，不僅僅是因為佛郎機人敬酒不吃吃罰酒，大明好意派遣使臣，本想緩解兩國關系的，沒想到佛郎機人絲毫不領情，同時他們在呂宋島上虐待華人，把他們視作奴隸，朱載坖為大明皇帝，怎么可能坐視不理。
朱載坖當即決定立即召集閣部重臣和參贊軍務大臣們，商量此事，在朱載坖看來，這是佛郎機明著不把大明當回事了，大明如果不作出相應的反應，佛郎機就會得寸進尺，扣押使節，殺害大明子民，這是朱載坖所無法容忍的。</p>