在大明臣子們眼中，打仗是一件浪費銀錢的事情，不管是士卒的軍餉賞賜，各種軍器的損耗，還有戰后的軍功，大明每打一場仗下來，總是要消耗不少的錢糧，但是能夠收回的錢糧成本是很少的，這和大明之前進行的主要是反擊蒙古入寇的戰爭還是有很大的關系。
這些蒙古人本就窮困，再加上大明往往是反擊蒙古人入侵，即便是戰勝蒙古人，能夠繳獲的東西也非常有限，無非是些牛馬羊之類的牲畜，對于朝廷來說，肯定是入不敷出的。
但是和佛郎機交戰就不同了，佛郎機擁有海量的金銀礦，肯定是不缺銀子的，而且呂宋對于佛郎機來說十分重要，呂宋的位置首先就是佛郎機不能放棄的，這是佛郎機在東方的一個重要的橋頭堡，佛郎機商人可以在此停泊，休整，然后前往大明交易。
控制了呂宋，對于佛郎機來說就等于控制歐洲到大明航路上的關鍵節點，對于佛郎機來說，是保障佛郎機貿易優勢的重要保障，同時呂宋本身對于佛郎機也是有極為重要的意義，對于佛郎機來說，呂宋及附近所出產的香料對于佛郎機乃至于整個歐洲都是十分重要的，歐洲需要大量的香料，而這些香料主要就產自于南洋，所以朱載坖很清楚，佛郎機不會輕易放棄呂宋的，因為呂宋所出產的大量香料，使得佛郎機掙夠了銀子，他們才不舍得放棄呂宋呢。
只要大明水師能夠完全壓制住佛郎機人，在談判桌上就可以占據主動權，朱載坖認為，要在談判桌上向佛郎機獅子大開口，要佛郎機向大明支付大筆賠款才行，這個事情在之前也并不是沒有發生過，兩宋向遼、西夏、金所支付的歲幣、歲賜，也都是這個意思。
朱載坖顯然就是要向佛郎機要這個銀子，對于大明臣子們來說，似乎有些不太好開口，但是朱載坖已經有人選了，朱載坖只是命令戶部把賬記好就好。
朱載坖專門給水師官兵下達旨意，所有繳獲的佛郎機船只、貨物都由水師各級官兵分潤一半，剩余的物資上繳國庫。但是朱載坖有一個要求，就是不準濫殺，還有就是這些船只都要完完整整的帶回來，這些都是談判的籌碼。
在朱載坖的命令之后，從隆慶十六年開始，大明海關總署就中斷了和佛郎機的貿易，各處大明港口的佛郎機船只、商人當即就被大明海關和緝私水師所扣押，各鎮水師則是在近海緝捕佛郎機商船，南洋、緬甸水師則是直接進逼呂宋島，將呂宋港口予以封鎖，不準任何船只出入。
在得知大明水師前來之后，呂宋的佛郎機人當然很清楚為什么大明水師會出現在呂宋海外。但是令他們有些驚慌的事，不僅僅是大明水師，還有就是尼德蘭的水師也與大明水師聯手了，佛郎機駐呂宋島的總督連忙派人和大明水師溝通，想要談判。
但是俞咨皋和鄧子龍已經提前得到了朱載坖的密旨，先打了再說，給佛郎機人長長記性，所以俞咨皋、鄧子龍在和尼德蘭人匯合之后，隨即指揮官軍水師戰艦炮擊佛郎機在呂宋的總督府所在地馬尼拉，作為佛郎機在呂宋島上的統治中心，佛郎機人在馬尼拉的巴石河南岸建立了城堡和炮臺，同時馬尼拉港口也是佛郎機艦隊的錨地。
面對大明官軍的強勢，佛郎機駐呂宋的水師也還以顏色，但是由于官軍的船只和火炮都遠遠多于佛郎機，同時這些船只被官軍堵在港口之內，射界不佳，俞咨皋、鄧子龍用小船滿載引火物以火船撞擊這些佛郎機船只，試圖使用火攻，官軍將佛郎機人堵死在城堡中。
然后派出小船和士卒上岸，搜尋大明百姓，很快就找到了當地的華僑，從當地華僑口中，俞咨皋、鄧子龍得知了呂宋島上的慘狀，原本呂宋島上有華僑三萬余人，在島上開墾土地，從事工商貿易，大到富商巨賈，小到走街串巷的游商，大多都是大明百姓。
雖然朝廷在南洋的軍事實力逐漸增加，佛郎機人擔心呂宋島上這些華僑日后為大明所用，同時這些佛郎機人垂涎于華僑的財富，故而和當地的土著聯合起來屠殺華僑，佛郎機駐呂宋的總督命令佛郎機軍隊頭目喪心病狂地命令士兵“不要放過任何人，遇到即殺”，“在路上、在別處，都毫不遲疑地遇到即殺，盡量多多地砍殺”。
還有這些當地的土著也參與進來，趁火打劫，搶掠、屠殺華僑。
得知此事的俞咨皋和鄧子龍大怒，一面安排船只將這些百姓送往緬甸，一面將呂宋島上所發生的事情奏聞中南總督殷正茂，請殷正茂代奏朱載坖，同時調遣官軍上呂宋島。
除此之外，俞咨皋指揮官軍水師中抽調部分水手，在水師火力支援下將佛郎機的馬尼拉要塞予以包圍，水師的重炮輪番炮擊馬尼拉要塞，不準接受佛郎機人的投降，同時派遣船只去尋找逃散到呂宋島上各處的華僑，盡可能多的營救這些華僑，路上遇到的土著，一概殺之，這些人也是幫兇。
佛郎機總督向俞咨皋請求談判，被俞咨皋斷然拒絕，這會想起來談判了，你早干什么去了？俞咨皋要求佛郎機人先將殺害大明華僑的兇手交出再說，否則的話，大明和佛郎機沒有什么可談的。
同時，朱載坖給佛郎機國王的詔書也通過尼德蘭人送往歐洲去了，朱載坖的詔書措辭極為嚴厲，在詔書中說道：“大明世守疆土，不欲言兵。然爾國侵我屬國，殺我良民，何可勝言？其或聽信奸徒煽惑執吝，貪保昏迷，不共恃遠．抗拒不聽，資還當斷絕海舶，不得西行。仍聽諸吏兵同其家．愿報仇者，一風張帆千艘并出，鄉音難辨．玉石俱焚。或復聽各貢市諸國二百年忠順者．許其部落驅兵合剿，即以呂宋賜為市舶。提舉有司再請天討，則如播州之白骨在望也。”</p>