朱載坖這次召見陳璘，除了解決大連造船廠船只問題，更重要還有倭國的水師問題，大明已經在倭國站穩了腳跟，并且現在水師也已經駐扎在倭國，但是對于大明來說，倭國現在各大名仍舊保持著一支很大規模的水師，這是朱載坖所不愿意看到的，朱載坖不想讓倭國擁有什么水師，所以朱載坖這詞兒召見陳璘，就是為了此事。
對于朱載坖的問題，陳璘也詳細的向朱載坖介紹了現在倭國水師的情況，由于倭國現在戰亂頻仍，這些倭國大名們也多豢養水師，現在倭國的海商力量主要由警固眾、海賊眾、船手眾三類組成。警固眾為沿海豪族雇傭的護衛船隊，部分由受雇的海賊轉化而來；海賊眾早期多為從事漁業貿易的海島居民，暗行劫掠；船手眾為大名直屬的正規水上部隊。
所謂的警固眾早發源于海邊土豪的雇傭勢力，當時的土豪為了讓自己的船舶不被海賊襲擊，就雇傭擁有武裝的船只作為護衛。雖然警固眾和海賊眾是對立存在的，但是同屬于海上武裝勢力的他們的出身也許完全一樣，有不少警固眾其實就是被豪族、大名雇傭的海賊。
而“船手眾”則相對正式一些，他們完全從屬于某一大名，或就是大名的家臣，作為其水上勢力而存在。倭國的水師雖然人數不少，但是相對于大明水師來說，基本上屬于是土雞瓦狗一般的存在，倭國水師戰船所搭載的火炮等武器都十分落后。
以倭國水師所裝備的主力戰船安宅船為例，船首和船尾設有總矢倉，以厚板為裝甲的大型艦船。在木板裝甲間，開有矢或鐵炮的射擊口，這也是倭國水師最大的戰艦了。
安宅船的船首和船尾皆以盾板為裝甲，設置有弓和鐵炮射擊的狹間（銃眼），前后左右都沒有死角。在靠近敵船以后，還可以以盾板外側接舷，放下船橋登上敵人的船只，開展接舷戰。船底也設立很多單獨的防水隔艙，船體的一部破損浸水后，不會殃及其他部分，船只仍可以繼續作戰。
當時主要以人力劃漿為船只的首要動力，大型的安宅船最多有百名劃漿手。在船上還可以配置大筒（界于鐵炮和大炮之間的大型火藥武器）。這種攻擊力、防御力均很優秀的艦船在倭國被美稱為“海上之城”。
戰國時代是安宅船發展到頂峰的時期。當時最小的安宅船排水量一般有五百石左右，而通常的排水量在一千石到二千石之間。槳數根據船的大小不同，從50到160不等。在船體內的部分占大槳的六分之一左右。船首裝備箱形龜甲型裝甲，大筒安置于正面，便于炮擊。
但是和大明水師的兩千料戰艦相比，安宅船基本就是個玩具，所裝備的大筒威力小，射程近，數量也少，還不夠大明水師戰艦上裝備火炮的零頭的，現在大明水師的主要打擊手段已經是火炮了，傳統的跳幫作戰已經逐漸不是官軍的主要作戰方式了。
但是在倭國水師當中，跳幫作戰仍舊是主要的作戰方式，他們缺乏火炮，也不會鑄造大口徑的火炮，所以陳璘認為，倭人的水師數量雖多，但是絕對不是大明水師的對手。
陳璘認為，倭國水師的船只技術水平極為落后，由于沒有龍骨，使得這種船只遠洋能力為基本0，抗沖擊能力極差，上下合體的結構使得船只重心不穩，抗浪性極差，也無法配備重型火器，而且關鍵是沒有，也太貴。再加上倭國缺少硬木，使得船體非常脆弱，經受不了沖角戰術，這種船只唯一的優勢是機動性較好，近距離接舷能力較強，一旦把水戰轉為耍刀片兒的肉搏戰時，倭國武士優勢才能體現出來了，不過總的來說非常不適合進行海戰。
但是陳璘也指出，在一些佛郎機傳教士的幫助下，如伊達政宗這樣的大名正在仿造佛郎機式帆船，這是大明絕對不能允許，朱載坖當即指令陳璘，回去之后與徐渭商量，找個理由對伊達政宗動手，即便是不能夠將其滅掉，也要徹底斷絕其制造大船的能力。
說完了有關倭國的事情，朱載坖自然就要問道有關大連造船廠的船只問題，大連造船廠所制造的船只價格便宜，民間都很愿意購買，但是水師為什么不愿意接收？
對于朱載坖的這個問題，陳璘也有自己的苦衷，首先是大連船廠所制造的船型老舊，大連船廠善于制造的主要是福船和沙船，也兩種船只在民間確實是很暢銷，而且官軍用大沙船在登萊和遼東之間轉運物資也確實是很好用的，福船、廣船也都是之前官軍水師所長期使用的戰船型號。
但是現在官軍不再喜歡使用福船、廣船作戰了，福船確實是有優點，福船的自重小，而船員少，補給需要的也少，也就是留給貨物的浮力和空間還大，所以載重方面，同噸位情況下，福船的載重肯定是占優的。但是福船的船型并不適合搭載火炮。
福船由于v船底、板材差、肋材少、橫向強度差等原因，無法安裝過大口徑的火炮，也不具備多少抗擊打能力；同時速度低船舷低，打靠幫也是不切實際，所以現在官軍遠洋作戰，多使用的是西洋新式風帆戰艦，并不喜歡福船，一般民間的商人喜歡購買福船。
還有一點就是材料的問題，經過官軍的實戰，用緬甸柚木所打造的戰船，結實耐用，也耐腐蝕，水師上下都很喜歡這種用緬甸柚木所制造的戰船，對于水師來說，戰船的堅固耐用是最重要的，因為戰船在作戰當中不僅僅用火炮對射，有時候還要執行沖撞等戰術，這個時候船只的堅固性就很重要了，陳璘認為大連船廠用松木、杉木所制造的戰船不夠堅固，所以拒絕接收。</p>