朱載坖詢問閣部重臣們，應當怎么處理青海問題，朱載坖的想法很簡單，一是要控制青海，打通去往西藏和西域的道路，安定陜西、甘肅、寧夏三地的后方，為日后大明經略西藏和西域提供條件。
第二就是要在青海牧養戰馬，解決大明的戰馬短缺問題。
對于這個問題，重臣們已經有了一些辦法，之前大明通過設置塞外四衛、西寧兵備道、朵思麻宣慰司等機構，并將當地有勢力的蒙藏世族冊封為官員，試圖以此穩固根基。現在官軍已經將海虜逐出青海，張居正等人認為應當將原有的世襲制徹底廢除，不再向青海地區的蒙藏貴族世家進行冊封。取而代之的，是派遣由中央直屬的大員將領前往駐防，并按照常規將地方行政和武裝納入總督、總兵的領導之下。與此同時，原先的封地和土司也被悉數裁撤，改由中央編制州府，直接統轄青海各地。
也就是說，要對青海實行改土歸流，同時要重新劃分青海的行政區劃，張居正認為：“沿邊番回必屬內地，方是平定西海永遠之良策。”
對于張居正的這個建議，朱載坖也深以為然，青海地域過于廣大，僅設立一省的話，顯然是不足以有效控制青海的，必須要將將青海分割控制，朱載坖認為必須在行政區劃上隔絕藏蒙，防止其串通，不徒開辟疆土，且消蒙古、藏番蠢動之心。為下一步經略西藏打好基礎。
青海的情況是西海地面寬廣，便于芻牧；喀木居民稠密，饒于糗糧，也就是從地理上來說，沿青海湖一帶是草場，便于游牧，可以為朝廷提供戰馬，而青海南部靠近四川的地方則可以種植糧食，對于這些不同的地方，要予以不同的措施予以管理，將青海的部分領土予以劃分，
還有一個重要的問題就是宗教問題，這里是格魯派的傳播的中心，百姓多信奉格魯派，宗教勢力很強大，朝廷既要利用宗教穩定青海的局勢，也要對其加以防范，嚴防宗教勢力過分做大，影響到朝廷對于地方的控制。
在青海，格魯派喇嘛教為蒙藏民族所信奉，尊崇該教派不僅是底層百姓，還有大量的部落首領。青海為格魯派創始人宗喀巴的故鄉，西寧附近寺院林立，僧人眾多，據李成梁之前的奏報：“各寺喇嘛多者二三千名，少者五六百名”。塔爾寺、郭隆寺、祁家寺、郭莽寺等寺院中潛藏盔甲，制備軍械，私設武裝。“更有各處奸徒，干犯法紀，遂逃入喇嘛寺中，地方不能追，官吏不能詰，而喇嘛寺院漸成藏奸匿宄之藪。
這是絕對不能夠容忍的，對于這些寺院要予以限制，不能讓他們成為朝廷控制的地方的障礙。
還有就是要修筑邊墻，禁止蒙古進入河西通道。青海與河西雖以祁連山相隔，但其間隘口眾多，在在相通。朝廷要在這些地方分撥軍士，修筑邊墻堡壘，以隔絕青海和蒙古。同時要用茶馬貿易以牽制這些頭目，不僅僅是蒙古人，這些藏民對于茶葉的需求也是很大的，朝廷要利用好茶葉這個工具。
同時還要增加青海的百姓人數，加強朝廷對于青海的直接管理，定沿邊藏族賦稅額。甘州、涼州、莊浪、河州、西寧、松潘、打箭爐、里塘、巴塘、中甸等地藏族原向寺院繳納賦稅，所受剝削十分沉重，將沿邊藏族改歸附近道廳管轄，其戶數造冊送部存案，由官府收取賦稅。其應納糧草，則照從前納于西海，納于喇嘛者少減其數，以示圣朝寬大之恩。
青海兵多民少，難以就地取給，要增加青海的百姓數量，將直隸、山東、山西、河南、陜西五省軍流人犯發遣青海，由地方官撥給地畝、籽種、耕牛，開墾屯種。三年后按例收取糧草，土地即為永業，用以加強朝廷對青海的控制。
同時對于青海的行政區劃問題，要由青海、四川、云南等沿邊省份共同確定，朱載坖命令李成梁繼續南下，肅清青海南部的反抗勢力，同時朝廷要派遣欽差，實地考察之后確定省界，以近川歸川，近滇歸滇為原則，保障朝廷對于青海的控制，在召索南加措活佛到京師來，共商治理青海之策。
對于青海的事情基本上就是如此處理，除了青海的戰事之外，就是南洋的戰事了，現在俞咨皋已經奪取了馬尼拉，同時從馬尼拉的府庫之中，繳獲了金銀四百余萬兩，這下大明的軍費算是有人報銷了，接下來應該怎么處理此事，是一個問題。
朱載坖認為，先將繳獲的銀子轉運到廣州、上海兩鑄幣廠，將其中的白銀鑄成銀錢，黃金交解內承運庫儲存，同時從內承運庫發銀錢三十萬，犒賞參戰將士，對于佛郎機，大明仍要保持高壓態勢，以逼迫其和大明談判，朱載坖認為，繼續封鎖南洋，不讓佛郎機船只將南洋的香料運回國內，同時對于佛郎機的據點也要予以封鎖。
但是大明并不準備將戰事擴大化，大明的目的是逼迫佛郎機和大明談判，朱載坖決定任命工部尚書嚴世蕃加南京戶部尚書銜，為欽差正使，少府卿兼北洋通商大臣王直加南京戶部左侍郎銜，為欽差副使，赴廣州準備和佛郎機談判，大明的籌碼就是馬尼拉港口和大明說擒獲的佛郎機船只、人員。
至于大明的條件，朱載坖認為主要有幾條，第一，滿剌加和呂宋必須復國，這兩國都是大明的屬國，興滅繼絕，是大明作為宗主的責任，既然滿剌加和呂宋的王室向大明請求出兵，大明就要履行宗主義務，幫助他們復國，這是毋庸置疑的。
第二，就是要賠償大明損失，大明因為佛郎機的不恭順，出動大軍，恭行天討，不僅耗費錢糧，還因此影響了大明的海關關稅，這些損失，都應該由佛郎機人承擔，要想終結戰事，佛郎機人就必須向大明賠償，朱載坖認為，不能少于八百萬兩白銀，否則就是賠本的買賣了。</p>