對于朱載坖要求佛郎機賠款的想法，重臣們還是有些顧慮的，大明乃是天朝上國，按理說用兵作戰，都是恭行天討，從來沒有向戰敗國索要賠款的先例，當然之前大明所征討的對象也不可能給大明以賠款，之前大明所征討的對象，不是北虜就是國內的叛亂，他們哪里有錢向大明賠償呢？
對于這個顧慮，朱載坖不以為然，天朝上國怎么了，天朝上國不也是要銀錢了，無論是官員們的官俸還是水陸兩軍的軍餉，不都是銀錢，朝廷打仗，不能無節制的投入，對于大明來說，對外戰爭必須要考慮成本，否則大明早晚會被戰爭拖垮的，朱載坖要灌輸給臣子們的一個觀念，就是主不可因怒而興師，將不可以慍而致戰，但是在決定和戰的重要關頭，是要將利益考慮進去的。
對于北虜、叛亂等朝廷當然是不惜一切代價予以鎮壓，但是對外的戰爭，尤其是朝廷有主動權的戰爭，自然是要考慮利益問題的，就像這次和佛郎機的戰爭，對于大明來說，是在家門口進行的戰爭，對于佛郎機來說是要遠隔萬里重洋來作戰的。
而且佛郎機在歐洲并非沒有敵人，只要大明能夠把握好度，應該是能夠取得和佛郎機談判的勝利的，朱載坖甚至為此事召見了嚴世蕃，和諸位重臣們一道商量應該怎么應對佛郎機的。
首先就是要逼迫佛郎機就范，朱載坖認為這個可能性還是很大的，佛郎機國王不是傻子，對于現在的情況應該是看的很清楚才是，對于佛郎機來說，能夠對他構成威脅的，不是大明，大明現在是不可能橫跨萬里之外來進攻佛郎機的的，真正對于歐洲構成威脅的，是尼德蘭等后起之秀，而大明也和佛郎機之前所征服的這些國家不同，大明國力強盛，根本不是派遣一支所謂的遠征軍就能夠征服的。
這些朱載坖想佛郎機國王只要不是蠢貨，就應該明白這個道理，這次大明為什么要進攻佛郎機，是因為佛郎機駐呂宋的總督對大明和大明百姓采取不友好的舉動，才使得朱載坖果斷用兵的，如果佛郎機不想失去大明的貨物和南洋的香料的話，就應該坐下來和大明好好談談。
大明手上現在可以打的牌還是不少的，大明水師可以截斷佛郎機商船向歐洲運輸香料的道路，同時佛郎機在南洋的殖民地都在大明水師的打擊范圍之內，只要大明愿意這些殖民地佛郎機一個都保不住，朱載坖給嚴世蕃劃定了底線，第一就是滿剌加不能交給佛郎機，必須由大明直接掌握，但是馬尼拉可以在佛郎機繳納贖城費之后交換給佛郎機，僅限于港口，呂宋必須復國，佛郎機人只能夠在馬尼拉擁有一個港口。
朱載坖很清楚，大明也在在西夷之中搞制衡，不管是尼德蘭還是佛郎機等國家既要合作也要防備，對于大明來說，西夷是絕對要防備的，朱載坖很清楚這一點，所以這次雖然大明是要懲治佛郎機，但是并不是徹底將佛郎機給得罪死，大明還是要借重于佛郎機的。
佛郎機所控制的美洲銀礦，對于大明來說有重要的意義，大明飛速發展的經濟需要這些從美洲的白銀，雖然倭國的黃金白銀數量也不少，但是朱載坖一向秉持著不能把所有雞蛋放在一個籃子中的想法。朱載坖命令嚴世蕃要和佛郎機在簽訂條約的時候同時討論有關大明和佛郎機貿易的事情。
除了解決佛郎機的事情，右都御史楊繼盛就提出一個問題，由于大明和佛郎機的貿易斷絕，大明的各種貨物訂單減少，尤其是茶葉、瓷器等物資，要是朝廷無法及時的解決的話，不僅僅會影響稅收，還會影響大明的問題。
朱載坖認為這確實必須要解決的事情，事實上海上貿易訂單的減少確實已經影響到了大明的經濟，尼德蘭、英吉利等西洋國家確實是希望取代在佛郎機在大明海上貿易中的地位，但是這種事情是很難一下子就完成的，尼德蘭等新興的國家要想取代佛郎機在與大明海上貿易中的地位，還需要很長久的時間，畢竟他們手中的金銀和船只都很有限，需要時間才行。
而現在這種情況下，隨著從佛郎機來的訂單減少，對于大明來說確實是非常不利的事情，朝廷必須迅速采取措施，以保證經濟的平穩，朱載坖在和重臣們商量之后認為，首先是要是增加銷路，不僅僅是跟西洋人做生意，也要增加茶馬互市等交易。
朱載坖認為，由朝廷收購一些物資，用于今年給土默特部的交易中，增加供應給土默特部的茶葉的數量，用以換取大明朝廷所急需的牲畜，同時在薊鎮、大寧等處沿邊口岸增設互市地點和屠宰場等設施，從長蘆鹽場調運大量的鹽道此事，將屠宰的牲畜迅速處理掉，腌制成肉干，配給給水師和官軍作戰時食用。同時用這些皮草制造皮裘等御寒衣物，配給駐守東北、西北、青海等地的官軍，提高他們的御寒能力。
除此之外，還要增加給朝鮮、倭國的貿易，讓他們消化掉這些多余的貨物，還有南洋諸國，都要成為大明商品的市場。
同時朱載坖命令用從馬尼拉繳獲的這筆金銀，在大明繼續大興工程，在東南興修道路和修整河道，同時在江西，興建開鑿贛粵運河，將贛江水與北江水用于農田灌溉，同時用運河連通江西、廣西，使得江西的物資能夠更加便捷的運輸到港口。
除此之外還要開展大規模的港口和工場興建的工程，擴建上海、天津等重要港口，同時由朝廷出錢，從東南、山東、河南等地雇傭工匠，遷往遼東等地，開發徐州、遼東和湖廣的煤鐵資源，進一步改善大明的道路交通和鋼鐵生產能力，提高重工業的比重。</p>