朱載坖也下達了自己的上諭，就是兩條腿走路，朝廷要征討安南不是一時半會兒的事情，這些商賈們既然投入了巨資，還是要有所回報的，所以要首先發展臺灣的制糖業，同時由朝廷出資，在蘇松等地開辦朝廷的軍糧工場，為朝廷官軍準備應急干糧，朱載坖要求這些應急干糧要有耐儲存、能飽腹、輕便易攜帶等特點，是為官軍征戰的時候應急食用的口糧，能夠減輕官軍的后勤負擔。
除了普通步卒的糧食，針對水手、騎兵、尖哨等特殊兵種，也要配發相應的口糧，以適應他們的作戰任務，朱載坖很清楚，制造這些口糧，需要大量的糖，這些生意也要交給糖業公司負責采辦。
同時北洋水師也已經轉運第一批倭軍到崇明島了，朱載坖命令東海水師和南洋水師一道協助將這些倭軍士卒轉運到安南去，官軍所擬定的登陸場就在升龍府附近，朱載坖已經和這些倭軍的將領交代了任務，他們到安南去，就是燒殺搶掠的，所得的都是他們自己的，大明朝廷既不會給他們軍餉，也不會干涉他們在安南干什么總之一句話，就是隨意施為，任意而行，只要是安南人，倭軍都可以殺，都可以搶。
為了提高這些倭軍的戰斗力，戚繼光將搜羅了一些官軍淘汰的武器和甲胄，給這些倭軍裝備上，雖然對于官軍來說，這些裝備已經是被淘汰的了，但是對于這些倭人來說，已經是非常不錯的裝備了，官軍淘汰的火繩槍、佛郎機、虎尊炮還要點火式的手榴彈對于他們來說都已經是非常先進的武器了。
不過官軍的甲胄對于倭人來說確實是不太適合，因為太長了，倭人穿起來要拖在地上，非常不便，這次帶兵的是北條家的北條氏康，北條家也算是率先投靠大明的倭國領主，朱載坖還以校閱水師的名義的親自前往崇明島，召見了北條氏康，朱載坖對他只說了幾句話，朱載坖說道：“朕聞安南富庶，爾等能否在安南發財，就看你們自己了。”
朱載坖還命令從蘇松調集了一些糧食給倭軍充作行糧，同時給參戰的倭軍賞賜五元，激勵士氣，朱載坖關心的是這些倭軍能夠給安南造成多大的傷亡，這點是朱載坖所關心的，戚繼光認為綜合目前的情報來藍，安南可戰之兵十五萬還是有的，其中精銳應在八萬左右，這些倭人也算是悍勇之輩，又有官軍的武器裝備支援，同等兵力下安南軍隊未必是倭軍的對手。
但是倭軍的作用遠不止于此，倭人殘暴，大明之所以利用這些倭人，就是要破壞安南的農業生產，安南的統治中心和糧食產區都在紅河三角洲，只要能夠破壞安南的農業生產，尤其是紅河三角洲的農業生產，安南的糧食供應必然出現問題，作為一國之君，朱載坖可太清楚糧食不足會出現什么了，中南半島確實是盛產糧食，但是暹羅、占城等糧食產地都在大明的控制之下，而安南自己的糧食產區一旦被破壞。黎朝的統治必然不穩，到時候就是大明恭行天討的時機了。
對于戚繼光的這個判斷，朱載坖深以為然，倭人的目的就是如此，攪亂整個安南的局勢，雖然在鄭氏的支持之下，黎朝消滅了莫氏，但是并不意味著黎朝在安南就是一家獨大了，現在鄭松權勢炙手可熱，自任“都元帥總國政尚父平安王”，掌握官吏任免、征稅、抽丁、治民等權，地位世襲，人稱“鄭主”，黎皇只負責臨朝聽政及接見使節，但是安南南部的阮氏也有相當的實力。
安南南部則由阮氏家族控制，早在黎莫南北對峙期間，黎朝大臣阮淦之子阮潢因見鄭檢猜忌自己，便自請出鎮順化，阮淦在順化積極經營，爭取人心，到日后發展成“阮主”政權。阮潢協助鄭松掃蕩莫氏勢力，但仍被鄭松所忌，適值朝中官員紛紛征討鄭松，阮潢乃向鄭松詐稱協助討賊，乘機返回順化，派軍把守廣南，控制南方。阮潢又將女兒嫁給鄭松之子鄭梉，結成姻親，尋求和好，但鄭阮對峙之局已形成，安南國內尚未安寧，黎朝就敢挑釁大明。
一旦黎朝顯出疲態，阮氏絕對不會放任這么好的機會的，這點朱載坖是很清楚的，如果安南內斗起來的，對于大明就更是好事了，朱載坖對于安南要采取多種手段，盡可能的減少朝廷征討安南的損失，既然東南的商人向愿意出重金幫助朝廷征討安南，朱載坖也不能坐視。
他一面命令殷正茂等督兵進剿，對于叛軍展開清剿，朱載坖嚴令張元勛等各將不準接受叛軍的投誠，務必將其絞殺，同時從云南而來的援軍在劉綎的指揮下，從元江等地出發，解思明、鎮安兩府之圍，截斷了安南和廣西叛軍聯系的路上通道，將廣西叛軍壓縮在慶遠、柳州等地，準備與諸路官軍匯合之后將叛軍殲滅。
殷正茂向朱載坖奏報，現在叛軍聚集，而潯州地境中萬山盤繞，其中有潯江，發自柳州、慶州，向東繞至潯州，途徑象州、永安、修仁、荔浦、平樂縣等。在潯江附近的山脈均為陡峭的山崖，叛軍準備據險死守，所以殷正茂請求朝廷調撥火炮、火油、毒煙彈等裝備，進剿這些叛軍，朱載坖同意了殷正茂的請求，命令調撥相應的軍器給兩廣官軍，同時給殷正茂嚴令，務必將叛軍一體擒斬。
朱載坖在上諭中說道：“自憲廟以來，屢叛屢剿，殊難教化，朕必申天討，以加誅戮，使之知國朝法度之威，朝廷令諭之嚴也！凡屬叛逆，不可輕縱，彼輩既不堪教化，朕必令其為齏粉矣！傳檄官軍各部，使之明朕之意，不為大明之編戶，則為大明之京觀也！首逆必斬，夷其九族，脅從梟首，以明朝廷之法也！”</p>