在處理了這些事情之后，朱載坖召集內閣輔臣和太子、部院重臣們，一道商量大明未來的政策走向，這也是朱載坖的為政傳統了，朱載坖一向對于內閣首輔和閣臣不輕易點用，一旦點用，也不輕易更易，基本上還是能夠尊重內閣輔臣的權威，所以朱載坖即位以來所用的首輔，在為政上都表現出了很強的個人色彩。
朱載坖的第一位首輔是徐階，徐閣老以三還為政治主張，強調調和鼎鑊，是幾位首輔中比較溫和的任務，主要是保證了從嘉靖到隆慶政權的平穩過渡，而接替徐階是李春芳，李春芳雖然也以溫和著稱，但是在實際的政務中，也強調要改變官場上的怠惰之風，主張溫和改革，平穩推進。
而高拱、張居正兩位則是強勢首輔，他們都主張大刀闊斧的進行改革，以重振大明的國威，只不過兩者改革抓手不同，高拱主張整頓吏治，治民先治官，也張居正則主張以財稅制度作為主要的改革方向，在他們兩位的主持之下，隆慶新政得以推行，而朱載坖作為皇帝，更多的是處理在新政中出現的問題和反對的聲音，在朱載坖的直接干預之下，對于各個反對新政的利益集團進行了打擊，保障了新政的實施。
現在張居正去位，張四維接任首輔，整個朝廷都在猜測，這位新任首輔的施政策略是怎么樣的，還有就是首輔和次輔之間的關系問題，和張居正、高拱不同，這兩位在擔任首輔期間，由于和朱載坖有相對密切的關系，能夠得到朱載坖的支持，所以在內閣當中是一言九鼎，權威極重。
但是現在張四維這個首輔顯然不具備這一點，對于張四維來說，雖然張四維也是朱載坖的講官出身，但是張四維和朱載坖的關系顯然沒有高拱、張居正好，而次輔申時行，也是實力強勁，不僅僅是狀元出身，而且深受朱載坖的信任，更是太子講官，而且現在是東南官員的領頭羊，在內閣中還是王錫爵為羽翼，對張四維這個首輔構成了極大的威脅。
而張四維強在部院重臣中和地方督撫中晉黨也有很強的實力，現在首輔和次輔之間的矛盾已經是很明顯的了，雖然在朱載坖的壓制之下，他們不敢有過多的動作，但是暗地里的斗爭肯定是少不了的。對于這些事情，朱載坖當然也是心知肚明的，所以這次召集重臣們就是為了解決這個問題。
在張居正擔任首輔的期間，厲行考成法，對于大明的賦稅體制進行了調整，從實物稅變為了大部分都是貨幣稅收，對于朝廷來說，大部分的賦稅都實現了賦役征銀，對于朝廷的收入和開支是一件好事，朱載坖認為對于財政的改革仍然要繼續下去，繼續厲行清丈田畝，同時對于田賦和徭役折銀等要予以適當降低，減輕百姓的負擔，同時加大對于工商業的賦稅征繳，以保障朝廷的開支。
而張四維和申時行的沖突主要在與朝廷的下一步方向，以申時行為代表的東南官員們認為，海關關稅已經是大明財政的重要支柱，所以朝廷的施政重點應該圍繞著海關來展開，要鼓勵出口，獎勵實業，放松對于東南的各項管理，促進經濟發展，才能保證海關關稅的征繳，而以張四維為代表的北方官員們則認為，朝廷一向以東南之財，養天下之兵，所以朝廷要加強對于東南的控制，加強朝廷的控制，強化朝廷的力量，才是正理。
但是申時行等人認為，朝廷過度干涉東南的經濟，并非好事，但是朱載坖顯然不是這么想的，關稅現在對于大明來說確實是很重要，但是朱載坖認為對于日益膨脹的商人集團加以限制也是很重要的，朝廷對于這些商人也要予以管束了。
還有就是朝廷下一步的決策問題，張四維認為北虜、西番等仍舊對大明構成很嚴峻的威脅，朝廷要想辦法維護北方，尤其是西北的邊疆安全，但是很多官員尤其是東南出身的官員們認為朝廷在西北的擴張是沒有收益的，朝廷白花花的銀子投入到這些沙漠、高原上，根本無法收回成本。
朱載坖之所以點用了張四維擔任首輔，就是因為張四維是晉黨出身，而且一向善于迎合上意，張四維已經看出來來，朱載坖對于南方的擴張基本上已經算是告一段落了，大明在南方主要就是將安南予以徹底的消化，這不會導致全國性的戰爭的，而朝廷的重點仍舊在西北，這點從朱載坖干預活佛的選定就可以看出來。
所以張四維上來就主張在西北維護大明的邊境安全，這點也得到了朱載坖的支持，而除此之外，朱載坖提出了就是大規模的基礎設施建設，首先就是道路的建設，朝廷每年要撥出專門的款項，以保證道路的營建，還有就是城市建設，以南北兩京和蘇松等人口密集的大城市作為進行城市建設的樣本，要建立完善的城市管理制度，嚴格衛生制度，防止出現瘟疫。
對于技術的發展也是朱載坖所關注的事情，大明現在已經進入了一個技術瓶頸期，現有的技術已經無法滿足大明的各方面需求了，對于大明來說，要重點推動技術的進步，保證大明在技術競爭中不落后，這才是朱載坖最關心的事情。
所以在未來的幾年中，大明也要專注于內政，盡量發動戰事，但是如果有敢于挑釁大明的，也絕對不能放過。除此之外，就是黎維潭和鄭松等此次南征獻俘，朱載坖命令將他們斬首棄市之后，首級祭祀成祖、仁宗、宣宗，以告慰祖宗在天之靈。
而朱載坖本人，則是正式遷居西苑，日常庶務，交由太子處理，朱載坖本人只負責軍國重事的處理，還有皇太孫的教育。現在皇太孫已經出閣讀書了，除了講官進講之外，朱載坖也要親自教導。</p>