當然，對于當下的大明朝廷來說，最緊迫的問題就是西番和西域的問題，對于由索南加措去世所引起的有關活佛繼承的問題現在還尚未解決，雖然朱載坖已經命令理藩院制定相應的則例了，但是烏斯藏是否能夠接受，還是一個未知數。
朱載坖的態度是很簡單的，就是這是朝廷的決策，由不得西番在這個問題上討價還價，這點是朱載坖的底線，雖然朱載坖現在是希望通過羈縻的手段控制烏斯藏，但是并不排除動用武力，朱載坖當然很清楚官軍現在上雪域高原是很困難的一件事情，但是朱載坖必須展現出強硬的姿態，來逼迫烏斯藏接受朝廷的條件。
所以朱載坖任命襄國公李成梁為征西將軍，前往西寧駐節，同時在西寧校閱三邊官軍，威懾烏斯藏，而令朱載坖和大明朝廷比較頭疼的是西域的問題，之前瓦剌部被達延汗所擊敗，西逃到西域去，原本瓦剌部已經逐漸被削弱了，景泰年間，瓦剌太師也先在紛爭中敗亡，蒙古草原陷入混亂。隨著瓦剌實力衰落，瓦剌首領已無力單獨同大明保持朝貢關系，故而大多是與哈密使臣或小王子伯顏猛可王的使臣同來。
但是朱載坖在北方大舉擴張大明勢力范圍，多次對蒙古出兵，同時收復了河套，消滅了土蠻部，使得大明在北方的勢力范圍得到了大舉擴張，而在這些舉措的背后，是大量的蒙古部落西遷，這些不愿臣服于大明的蒙古部落，都紛紛西遷，如鄂爾多斯部、土蠻部殘余等，他們的西遷都極大的加強了瓦剌部的實力。
原本瓦剌部在西遷到西域之后，面對哈薩克人、吐魯番的維吾爾人等的打擊，瓦剌已經是分崩離析了，從也先被殺之后，瓦剌的實力原本是一降再降，瓦剌在哈密原有的地位被土魯番所取代，雖然瓦剌活動重心移至哈密一帶，也已經無法控制這一地區了。因此為爭奪哈密地面，瓦剌與土魯番的關系是充滿矛盾沖突的，阿黑麻速擅時期，由于瓦剌屢被打敗，并受殘殺，瓦剌人給阿黑麻取了“殺人魔王”的綽號。
為了能夠在西域立足，甚至多次向大明朝廷上疏，愿意誠心內附，但是當時的大明朝廷沒有足夠的能力處理西苑的事情，所以并沒有搭理瓦剌，但是現在大量的蒙古部落西遷，使得瓦剌的力量大幅度增強，現在瓦剌已經壓制了哈薩克人、維吾爾人，消滅了吐魯番，直接對大明的哈密構成了嚴重的威脅，雖然朝廷在哈密安排了重兵駐守，同時加以屯墾，但是瓦剌的多次襲擾使得大明的屯墾屢屢遭到破壞，朝廷現在必須正視瓦剌在西域的威脅了。
朱載坖說道：“自成祖以武定天下，欲威制萬方，遣使四出招徠。由是西域大小諸國莫不稽顙稱臣，獻琛恐后。又北窮沙漠，南極溟海，東西抵日出沒之處，凡舟車可至者，無所不屆。自是，殊方異域鳥言侏人離之使，輻輳闕廷。歲時頒賜，庫藏為虛。而四方奇珍異寶、名禽殊獸進獻上方者，亦日增月益。蓋兼漢、唐之盛而有之，百王所莫并也，余威及于后嗣，朕亦得益也！”
朱載坖的態度是很明確的，就是要考慮在西域用兵了，哈密和關西七衛是朱載坖好不容易才收復的，斷然不能再丟失了，不過朱載坖也很清楚，在西域作戰，所需要的錢糧等的準備必須要非常之充分才行，不過現在河套的屯墾已經有所產出了，朝廷在陜西三邊的軍儲情況有所改善，不過現在重要的是探明西域的情況，為大明出兵做好準備。
同時就是解決烏斯藏的問題，朱載坖命令由三邊總制鄭洛負責和烏斯藏交涉，表明朝廷的態度，大明可以支持格魯派和帕竹政權，但是前提條件是他們接受大明的金瓶掣簽制度，先安定了烏斯藏在說，對于朝廷來說，這是當下的重要事情。
朱載坖將這些事情交給內閣處理，除此之外就是對于工商業的征稅問題，朱載坖很清楚，一涉及到征稅，在大明就容易被扣上與民爭利的帽子，在大明，不僅僅是官員們不敢輕易提加稅的事情，就是堂堂天子，在這個事情上也有謹言慎行，免得被人所詬病。
但是朱載坖不是一般的皇帝，他這次當著太子和閣部重臣們提出了有關工商業征稅的事情，對于商業，大明是一直有征收的，對于朝廷來說，主要是通過鈔關來進行征收的，一些官員們也有過闡述，如原戶部尚書方鈍就曾經說道：“古之圣王均天下之才，以順天下之功，謂士稅其才，農稅其收，工稅其藝。有賤丈夫者計利之心熾，駕輕舟以網四方之利。是以朝廷既設稅課司局以司市厘，又設鈔關以征行商。”
對于商業的征稅，一向是存在的，并且在大明也是能夠接受的，但是對于工場進行征稅，在大明還是第一次，應該怎么征收，確實是一個問題，而且現在對于大明的商稅政策，一直有一些官員持懷疑態度，原吏部尚書張瀚就曾經上疏認為：“取盈于官，不若藏富于民，往代商政旋起旋廢，既有掠奪商賈之嫌，又難脫本輕而末重，末重而不能支之患。”
認為現在的大明商稅制度是有問題的，朱載坖認為，趁此機會，全面討論大明的工商業稅收的問題，由內閣領導戶部、稅務總署等相關衙門制定有關工商業的賦稅則例，規范朝廷對于工商業的榷稅。
對于現在大明的商稅問題，最受人詬病的就是重復征稅的問題，之前就有官員上疏稱：“祖宗立法，商貨征稅，悉有定規，稅其一不稅其二，征于彼不征于此。兩京則有宣課司之設，而府州縣則有稅課局之設，魚課則有河泊所之設，鹽鐵則有場冶之設，至于木竹有工部抽分廠之設，舟船有戶部鈔關之設，其取利于民，極為纖悉而周密矣。”</p>