南方吳國內部的連場動蕩很快就北傳到蘇州城中，來到了孫途這里。
恰好，此時在經過多日的扯皮商議后，大宋朝廷也終于做出了決定，樞密院已傳令江南，讓此地軍馬盡快南下平賊，不得耽擱遷延。
雖然這份軍令措辭甚嚴，也沒有提到赦免孫途以下犯上，擅殺重臣的罪過，但只這一曖昧不明的態度，卻足以讓人徹底安下心來。因為不提便是最好的表示，證明朝廷已不打算再追究此事，至少在南方平定之前，朱勔被殺一事將不被再提及，孫途也能有實無名地率十萬大軍平定方臘賊亂。
當然，問題還是存在的，倘若孫途這回平亂失敗，那等待他的必然是秋后算賬，到時以命相抵都是輕的。而一旦真平定了南方之亂，說不定又會發生兔死狗烹鳥盡弓藏的把戲，這就需要他早做打算了。但無論如何，朝廷的這一決定還是讓蘇州的官軍上下士氣大振，之前的擔憂和顧慮也迅速消散。
這還不算，隨著時間的推移，蘇懋等商人往北邊購買的糧食也終于有兩批陸續送到，這就徹底解決了大軍的后顧之憂——但在之后查驗這些糧草時，大家卻驚訝地發現這兩批糧食里居然有不小的一部分竟是當初囤積在丹陽的軍糧！卻是朱勔讓人賣到北邊，然后在過了一些時日后又被那里的商人提價五成又重新賣還給了宋軍，這可實在是太諷刺了。當然，這也讓將士們對朱勔越發痛恨，若此時他還活著，恐怕會再被憤怒的將士們再打死一次！
軍糧到位，軍心可用，而且這一個多月里大軍在蘇州也并沒有閑著，他們都被孫途逼著辛苦操練。如今這里的十萬大軍雖不敢稱脫胎換骨，但戰力確實比以前要提高了許多，不少將士都摩拳擦掌地想要去和反賊一戰，好立功受賞呢。
于是，當南邊接連發生變故后，孫途就覺著時機已然成熟。當下里，他便迅速下令，派出數路人馬由北向南，攻打還在吳軍控制下的諸多縣府州城。這一回他沒有選擇某處重要的城池用兵，而是直接就把大網給撒了出去，趁著吳軍還在忙于四處滅火，抽不出多少兵力來布防前方的當口，大肆出兵攻打那些不那么的重要的小城池。
雖然這一次孫途并沒有動用最為精銳的山東軍，只把淮南、淮北、京畿、京南等軍馬派出去以戰代練，但效果也算不錯。吳軍本就才草創沒兩年，戰斗力還不如大宋官軍呢，再加上后方不穩，又發生了屠城事件，更是人心惶惶，哪怕有城池可守，依然無力守住。
在近兩個多月的不斷攻伐下，吳軍治下的城池接連失守。這些城池中，有一部分是被宋軍強行攻占下來的，而另一些則是在兵臨城下后就迅速開城投降，宋軍壓根就是兵不血刃便拿下了城池。究其原因，還是在于孫途的那道檄文的影響太大，地方上的那些士紳們早已和吳國離心，而朱勔的死訊一傳開后，他們連最后的一
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點顧忌都沒有了，官軍一到，便立馬投降。
當進入七月時節后，宋軍已把湖州以北的諸多城池全數拿下，可以說連方臘的老巢浙地的半數地盤都已經落到了宋軍之手。這還不算，隨著戰事的進行，宋軍還分出一路人馬來往西殺去，把之前被反軍拿下的歙州也給重新奪了回來。
由此，官軍已不斷進逼，把反賊的地盤不斷壓縮往南，最后幾路人馬更是集結會師，陳兵于湖州城下。
也是直到這個時候，吳國內部才終于徹底平定下來，那些之前作亂的逆軍或是被徹底鎮壓，或是悔悟之下被重新編入軍中。但是吳軍卻也傷了元氣，再加上北方大片領地失守，已讓這個新立的政權處在了岌岌可危的境地。