完成機構調整之后，朱由檢除了在九月七日批準李永貞辭職外，便沒有什么大動作。每日里像以前一樣處理吏部、兵部事務，對其它事情不聞不問。似乎真的不在意魏忠賢和閹黨掌權，對此毫無動作。
不過皇帝不急，卻有他人心急。徐應元急著取代魏忠賢不說，被閹黨大臣打發去南京當通政使的楊所修，也加快和黨羽串聯，準備攻擊閹黨。
九月九日，重陽節，朱由檢又一次召開常朝。
看著減少了很多的常朝官員數量，朱由檢滿意地點了點頭。三百多人在中極殿，總算不顯得那么擁擠。而且六部五寺和都察院六科的官員數量差距不大，能夠相互制衡。這離朱由檢理想的常朝會議相差不遠，讓他非常滿意。
常朝開始之后，首先是吏部上報各部門機構調整的進展。這不是編制上的整合那么簡單，還需要移交公務、搬遷衙署。尤其是五寺分散在京城東西，遠不像承天門前的五府六部那么集中，兵部車駕司和禮部祠祭司、精膳司想要搬遷過去，要做的事情不少。
朱由檢聽著匯報，覺得都搬過去太過麻煩，更何況寺和司曾經互改，直接在五寺下面轄司肯定不行。所以朱由檢斟酌了一會兒，說道：
“衙署能不搬遷的就不搬。”
“朕以為各寺內部，可以設置總署和分署，由正四品少卿或正五品寺丞親掌，在其它地點獨立辦理公務。”
“太常寺可以設置祠祭總署，管理各陵墓、壇廟的祠祭署，以及神樂觀等。”
“設置祭祀總署，確定祭祀規格和祭祀章程，規范各地鄉賢祠、名宦祠、生祠、宗祠等祠堂，以及家廟、文廟、關廟、岳廟、城隍廟、土地廟、山神廟、河神廟、龍王廟、媽祖廟等廟宇，打擊非法祭祀。”
“設置宗教總署，管理道教、佛教，以及從西方新傳過來的宗教。規范宗教場所、宗教章程、宗教典籍、宗教學校、教職人員等方面，監視各宗教的動向，探查打擊不法宗教。”
“改四夷館為翻譯總署，在蒙古、女直、西番、西天、百夷、高昌、緬甸八館之外，增設拉丁語等西語館、南洋館、朝鮮館、日本館等。該總署由禮部和翰林院共管，共同培養通事、翻譯各地典籍。”
調整了太常寺的機構，朱由檢越想越覺得太常寺非常重要，宗教、祭祀在這個時代影響力非常大，翻譯也是十分重要的事情，他打算用這個部門實現一些謀劃，引領思想文化。
所以他同時規定了，有宗教信仰的官員不能在太常寺擔任高級官員，避免干擾祭祀、影響宗教政策。
太仆寺和光祿寺比較簡單，很容易完成調整：
“太仆寺可設置車駕總署，管理車駕事務，原庫房、草場不用改動地點。”
“設立馬政總署，管理各牧監，統計各地行太仆寺和苑馬寺的馬匹數量、戰馬數量、種馬數量，引進優化馬種等。”
“設立茶馬總署，管理各地茶馬司和馬匹貿易。”
“設立郵政總署，管理各地驛站和郵傳事務。”
“光祿寺可以按地點設置分署，為各地提供膳食。”
這樣交待下去，太常寺、太仆寺、光祿寺這些被調整的部門，都有了章程可循，不至于各自為政，鬧出各種事端。