南司房是負責錦衣衛內部的機構，是朱由檢改革衛所制的嘗試。
但是錦衣衛作為皇帝的耳目，怎么可能只需要做好內部管理呢？
在將南鎮撫司改為南司房之后，朱由檢又對錦衣衛最重要的對外機構北鎮撫司進行調整：
“北鎮撫司專理詔獄職責不變，以后改為刑獄司，仍舊獨立辦公。”
“刑獄司設獄政處、理刑處、偵查處、教育處、衛生處等部門，要全面改善形象，不要再酷刑殺人。”
“衛生處負責詔獄的醫療衛生工作，以后詔獄的衛生狀況要不定期檢查。犯人若是死亡，要查清楚原因、追究相關責任。死刑由大理寺復核，不得在詔獄妄殺。”
“教育處負責犯人的文化需求，詔獄的犯人大多是官員，要讓他們接受教育，認識到自己的錯誤。如果有人想寫什么，也可以讓他們寫，審查后再做處理。”
“偵查處負責偵查獄內案件、排查安全隱患，防止有人在獄內作案。如果有犯人提供新證據、新線索，也要即使聯系偵緝總隊進行偵查，酌情優待犯人。”
“理刑處負責刑獄懲罰，盡量使用關禁閉等非肉體懲罰，不得隨意傷殘犯人肢體，不得長時間連續懲罰。衛生處要定期對犯人體檢，查看傷病情況，追究傷病原因。”
“獄政處負責犯人管理，罪犯收押、釋放、探視、移交等等，都歸獄政處負責。”
“最后再設個辦公室，負責刑獄司的公文、檔案、財務等日常事務。”
設置好了部門，朱由檢又吩咐道：
“南司房把這些記下來，人事廳負責詔獄編制調整。讓劉僑盡快上任，對詔獄進行整頓。”
“尤其是要查清詔獄情況，把不該由詔獄羈押的罪犯，全部移交刑部和大理寺，不要一直放在詔獄里。”
“詔獄要全面清理，徹底清查舊案，該殺頭的就殺頭，該流放的就流放，爭取把詔獄完全清空，打掃整修一遍。”
清空詔獄是會被人夸贊為明君的舉措，朱由檢要奪回錦衣衛的控制權，不能不做好形象工作。
戚昌國、李順祖領命，又對北鎮撫司只設置五個處有些不敢相信，詢問道：
“刑獄司下直接設處，應該定為幾品？”
朱由檢明確回應：
“司是正五品，處是正七品，下面是否設科股要看具體需要。”
“司長、處長的品級，可以通過加銜提升。”
這下眾人都明白了，皇帝在把南鎮撫司提升為南司房后，沒有把北鎮撫司同樣提升為北司房，實際是做了降級。
南司房下轄的廳是正六品，刑獄司下轄的處只是正七品。而且南司房提督是指揮，刑獄司是否由指揮提督還不一定，以后可能只是個普通的五品部門。
由此可見，皇帝并不重視詔獄，沒打算用詔獄實現什么目的。
這讓一些錦衣衛官員心中哀嘆，知道碰上了一個不重視詔獄的皇帝。