也有一些人心中高興，知道這樣就不用和文官產生劇烈沖突，能夠平平安安。
朱由檢不管他們怎么想，他是沒打算隨便殺人的。每個官員在他看來都有用處，只要不犯下必死的罪過，流放去海外當軍戶也能產生價值，完全沒必要殺。
詔獄以后的用途，并不是酷刑殺人，而是羈押外廷沒資格處理的官員，回歸最初職能。
相對來說，朱由檢更擔心詔獄的獄卒胡來，敗壞自己形象。
所以他對北鎮撫司做出的安排，主要是改善管理，改善對外形象。不能讓人一提起錦衣衛，就想到北鎮撫司酷刑。
因為這個，他連北鎮撫司的名字都改了，以后就成了刑獄司。
從此以后，錦衣衛要轉變職能，和以前的形象說再見！
除了詔獄之外，錦衣衛最重要的工作就是侍衛。朱由檢簡單分為宮內侍衛司和侍衛總隊、宮外警衛司和警衛總隊，負責不同的護衛工作。以后從勛貴和世官中，挑選信任的人提督。
如此一來，錦衣衛就有了四大總隊：侍衛司侍衛總隊、警衛司警衛總隊、東司房偵緝總隊、西司房巡捕總隊，一共四支武裝。
對這些武裝力量的編制，朱由檢同樣做出調整：
“小旗上面設小隊，再往上設中隊、大隊。每個上級編制下轄三到五個下級編制。”
“每個小旗是十人，小隊三十人左右，中隊百人左右，大隊三百人到五百人。”
“總隊根據需要統轄不同的大隊，如果人數過多、任務過重，可以分出獨立的分隊、支隊。”
“總隊負責行動，各司可根據需要設置辦公室、指揮處、行動處等部門，負責日常管理和行動指揮。”
在這里只是簡單提及，朱由檢打算親手做出調整。畢竟是京城的武裝力量，關系到自己安全，再怎么重視都不為過。
京城巡捕營、五城兵馬司等機構，他也同樣想做出改變。
這些以后再提，接下來就是最重要的機構，也是朱由檢規劃的錦衣衛重點工作方向。他對此早有規劃，此時一口氣說出來：
“設立北司房情報中心，以錦衣衛指揮提督，單獨鑄造關防大印。”
“設置統計司，統計各種數據，例如文武官員數量、每年需要的俸祿數量、稅收數量、糧食產量、百姓戶口數量、百姓所擁有的田畝數量等等，都要統計出來。數據來源包括官府的公開數據和錦衣衛自己搜集的數據，每年編撰統計年鑒，經過保密處理后發行。”
“設置保密司，負責保密通訊。保密一廳負責秘密通訊，例如銀章密奏在宮外的傳遞，在各驛站規劃好傳遞路線，劃分保密級別和加急級別，以及緊急情報需要采用的飛鴿傳書等方式；保密二廳負責朝堂公文保密，為朝堂公文劃分不同的保密級別，監督官員執行；保密三廳負責密碼暗語的制定和破譯；保密四廳負責錦衣衛內部工作保密；保密五廳負責衛所情況、軍隊編制等軍事機密保密；保密六廳負責審查民間書籍、文字，向相關部門提議收繳涉密文書，避免被內外敵人獲取。”
“設置軍事情報司簡稱軍情司，負責軍事情報。軍情司要配合保密司做好軍事保密，并監督各地衛所、軍隊動向，防止有人非法調動軍隊。文武官員和勛貴涉及軍事的，軍情司也可監督。軍情司下設測繪廳、輿圖室，專門繪制地圖，包括地形、地貌、歷年氣候，以及軍隊駐扎地點、駐防關隘、己方和敵方可行軍的路線，水運、海運航道，歷年水文信息等；戰略情報廳，負責根據情報分析敵人戰略意圖和可能戰斗方向，掩蓋己方戰略意圖，做好戰略欺騙；戰術情報廳，分析敵人戰術、己方戰術，針對性提出建議；戰役情報廳，搜集戰役戰斗信息，分析具體交戰情況，核實軍功；裝備情報廳，分析敵人裝備、己方裝備，提出裝備建議；邊防情報廳，負責邊疆防御情報，分析外敵和可能產生的外敵，交給對外情報機構。”
“設置對外情報司簡稱外情司，專門針對外敵，搜集外敵的一切信息。目前主要針對后金、草原、朝鮮以及長城沿線，收集他們的人口、錢糧、物價、地理等公開信息，以及軍隊編制、士兵數量、高層將領、軍隊調動、后勤狀況等機密信息。同時負責收集西域、南洋和海外各國的公開情報，以后還要派出武官出使。”
“設置對內情報司簡稱內情司，專門針對內敵，搜集各地民亂、叛亂等內部敵人信息，搜集有實力叛亂的土司、地方大族、流民聚集點信息，防止他們造反。涉及到謀逆造反的案件，內情司都可以參與，其他部門配合。如果有謀逆案件未察覺，內情司要擔責。”
“設置官員貴族情報司簡稱官情司，專門針對官員貴族等有品級的人員。尤其是正三品以上文官和總兵以上武將，他們的同族、同鄉、同年、親戚、好友等關系網絡，都要探查出來。各地藩王宗室動向、勛貴動向和關系網絡，也由官情司負責。以公開信息為主，必要時可派出間諜，查探機密信息。”
“設置秘密情報司簡稱密諜司，負責秘密情報。密諜一廳負責培訓間諜人員，配合各部門需要安插專業間諜。密諜二廳負責自主安插間諜，長時間靜默、只負責重大情報。密諜三廳負責在敵人內部秘密發展間諜，做好策反工作。密諜四廳負責間諜工作改進，采用單線聯絡、加密通訊等方法，盡量保障諜報人員安全，確保不會因為間諜人員背叛，對諜報工作造成重大損失。”