整頓遼東將門事關重大，朱由檢擔心有人泄密，讓低品級的官員和內侍退出去，只留下幾個記錄的起居注。
又讓參加會議的錦衣衛百戶、遼東衛尉署都尉駱養性巡視武英殿周圍，朱由檢囑咐孫承宗道：
“孫卿去遼東督師，第一件事就是清理遼東擁兵自重的議和派——”
“不能讓他們養寇自重，拿著朝廷的餉銀，一直和后金僵持下去。”
想到祖大壽歷史上在大明和后金之間反復橫跳，朱由檢覺得此人一定和后金有聯系，說不定還有什么秘密協議，又說道：
“袁崇煥遣僧吊祭、借機議和的事情，遼東一定有人配合，而且和建虜存在聯系。”
“孫卿要把這條線挖出來，以此為突破口，整頓遼東將門。”
群臣聞言失色，終于明白了皇帝為何讓其他官員退出去。
這分明是懷疑遼東那邊有奸細，所以遼東戰事，才會僵持下去。
就連認為袁崇煥辱國非計的袁可立，也沒有想到這一層，立即向皇帝道：
“陛下不當隨意懷疑大臣！”
“若是傳揚出去，遼東局面危矣！”
朱由檢擺了擺手，說道：
“若是有人通敵，暴露出來是好事。”
“若是沒有人通敵，遼東不會因為朕幾句話生亂。”
“不過這件事到底是機密，剛剛聽到的官員，不要傳揚出去。”
“前些日子武清侯的事情你們也應該知道，如果再次泄密，朕就只能讓錦衣衛保密司一直跟著你們。”
因為常參會議決定泄露的事情，皇帝派錦衣衛以保密司的名義盤查與會群臣。在場的大臣基本都被問到過。想到那件事情，仍舊心有余悸。
好在最終宮里面排查出泄露消息的宦官，他們才沒有一直擔著嫌疑。不過他們對錦衣衛保密司，還是有了認識——
這個在錦衣衛北司房情報中心僅次于統計司的衙門，第一次顯露在大明官員面前。以后隨著保密司的完善，它的權力將逐步展現。
把這件事定為機密，朱由檢警告官員不要泄密，不能像沒參加會議的人提起。又向被喚來殿里的錦衣衛指揮僉事、東北鎮撫使張道浚道：
“你去遼東要做的第一件事，就是切斷遼東將門和建虜的聯系。”
“當年魏良卿因為武長春案，冒寧遠功封爵。這件事雖然荒誕，卻顯示建虜招降了不少漢人，他們借著以前的關系，和大明不少人有聯系——”
“甚至可以說，建虜在大明有一個情報網絡。”
對此非常肯定，朱由檢知道后來建虜數次入關，一定有不少人配合，囑咐張道浚道：
“這個情報網絡，很可能是武長春的岳父、叛賊李永芳執掌。”
“此賊曾說動不少人反叛，遼東很多城池就是那些人配合著丟失的。”
“張指揮的父親張銓，就是因此在遼陽遇難。”
“到了遼東要好好調查，不能放過任何一點嫌疑。”
“以后伱這個東北鎮撫使的對手，就是那個李永芳。”
給張道浚安排了任務，還特意點明他的父親就是因此遇難。張道浚聽得眼睛都紅了，向皇帝保證一定會揪出后金奸細。
提到武長春的案子，朱由檢又向房壯麗和袁可立道：
“吏部和兵部要加強官員背景調查，不要什么人都任命官職。”
“所有官員都要有完整檔案，而且要有認識他們的證明人。”
“先從朝堂上官員開始，審查閹黨時建立檔案。”
“以后檔案不清晰、有過失、有嫌疑的官員，不得接觸機密。”
“錦衣衛統計司、保密司、官情司，參與檔案管理。”
順手給吏部和兵部加了職責，又把錦衣衛派進去，朱由檢向孫承宗道：
“遼東中低級軍官暫且不說，營級參將以上，都要有完整的檔案。”
“這些將領之中，按籍貫出身統計，出身關內的不能低于一半。”
“所謂的以遼人守遼土，不能變成以遼將守遼土，用遼餉養肥遼東將門。”
孫承宗面帶苦澀，說道：