經過今天的事情，他已經下決心分化文官集團，不讓他們形成整體意志。在士人中聲望很高、有可能整合文官集團的東林黨，自然被他防備。
對東林黨人朱由檢只打算單個起復，讓他們威脅被留用的閹黨，卻又無法掌控朝堂。
所以朱由檢打算起復的是能做事的東林黨人，對于積極參與黨爭的東林黨干將，還有那些東林黨核心人員，他是不打算起復的。
懷著這個想法，朱由檢首先排除了很多東林黨人推薦的孫慎行。因為這個人是紅丸案的發起者，如今被謫戍寧夏邊衛。
朱由檢雖然打算為移宮案翻案，但是對紅丸案和梃擊案，還沒有決定如何處理。在紅丸案被重新定性前，這樣的人不適合起復。
以孫慎行正在被問罪為由，朱由檢沒有起復他。但是為了顯示自己寬宏，朱由檢赦免了孫慎行的遣戍，讓他回京待審。
然后是王圖，這個人和葉向高一樣，已經在家中過世了。只是消息還沒有傳到朝廷，很多官員不知。
已經去世的人，如何能夠被起復？所以這個人的名字，同樣也被劃掉。
接連聽到兩位東林黨大臣去世，這讓朱由檢感慨，東林黨的核心真的快死完了。這個聲名赫赫的黨派，遠沒有以前的聲威。
作為萬歷天啟年間黨爭的主力，東林黨在后世一些人看來不是黨派，甚至提出了“東林非黨論”，認為它沒有嚴密的組織體系，稱不上現代政黨。
但在朱由檢看來，東林黨別管是不是后世定義的政黨，它都明顯是黨派，不但有相對統一的政治理念，還有排斥異己的政治行為。這個黨派的口號非常光明正大，吸引了不少士人加入。在黨同伐異方面做過的事情也不少，完全是一個政治集團，有光明也有黑暗。
甚至，在在認真分析東林黨后，朱由檢發現它的理念和組織非常接近后世的政黨。這是一個介于朋黨和政黨之間，轉型中的黨派。
當前東林黨的人員，大多是那些志同道合的東林黨骨干，通過私人關系聯系起來的。和傳統朋黨非常相似，卻通過共同的理念，超越了地域觀念。
所以東林黨要比傳統朋黨強得多，它用共同理念超越地域觀念，聯合了更多的人。把以地域劃分的齊黨、楚黨、浙黨打得潰不成軍，逼得一部分人依附魏忠賢，組成同樣超越地域的閹黨，用不講規矩的非正常手段，把東林黨打倒。
在這個黨爭過程中，東林黨損失慘重。北直隸的趙南星、孫承宗，南直隸的高攀龍、左光斗、繆昌期、顧大章、孫慎行、錢謙益，浙江的朱國禎、魏大中、黃尊素，江西的鄒元標、劉一燝、李邦華，福建的葉向高，河南的喬允升，山東的劉策，山西的韓爌，陜西的馮從吾、王之寀、王圖，湖廣的周嘉謨、楊漣……
這些人或是被殺、或是問罪、或是革職、或是削籍，直接打斷了東林黨在各地的發展。把有可能發展出地方支部的東林黨，打得七零八落。
而且在閹黨塑造的恐怖氛圍下，很少有新人加入東林黨。可以說東林黨的發展勢頭已經被攔腰截斷，再不是以前那個一呼百應、在大明各地都有人附和的東林黨。
同時，在這些骨干死亡后，東林黨脫胎于朋黨、組織不完善的缺點也體現出來。
尤其是顧憲成、高攀龍、葉向高這些東林黨核心人員的死亡，讓很多通過他們形成的關系，再也形不成體系。東林黨已經變得松散，沒有人能整合它。
所以朱由檢才敢啟用東林黨人，打算把散亂的東林黨成員召回來一些，用以平衡朝局。免得自己留任的閹黨在審查結束后重新壯大，沒有人制衡他們。
對死人一向很寬容，朱由檢在知道王圖已經逝世后，當即把被削籍的王圖恢復原官致仕，等他的死訊傳來，朝廷再加恩恤。
這讓東林黨的官員都覺得皇帝仁慈，有人嘗試著提出，應該把趙南星起復，或者回京待審。
對趙南星朱由檢就很慎重了，因為這個人稱得上東林黨的核心人員之一，有可能整合東林黨——
甚至可以說，在顧憲成、高攀龍、李三才、葉向高、鄒元標這些人都去世后，趙南星是唯一能整合東林黨的人。
劉一燝、韓爌、孫承宗這三位大學士，在東林黨的地位，都比不上趙南星。