丁魁楚被任命為左通政，加從三品參政銜。這對于他來說，同樣也是升遷。
右通政的職位，朱由檢任命通政使管右參議事楊紹震升任，同樣加從三品參政銜。
左參議的職位，朱由檢起復左通政管左參議事韓國藩擔任，加正四品參事銜。此人是南京鷹揚衛籍，世襲鷹揚衛百戶。之前因為推升不合閹黨心意，被削籍追奪誥命。朱由檢聽到他的出身后，當即下旨起復，繼續擔任左參議。
至于通政司右參議，被朱由檢點了陳子壯的父親陳熙昌擔任。此人之前擔任吏科都給事中，如今吏科都給事中是陳爾翼，自然無法讓陳熙昌復任。所以朱由檢任命他擔任右參議，同樣加正四品參事銜——
都給事中名義上正七品，但是在很多人看來，卻是相當于四五品，以前通常有寺丞、少卿甚至正卿加銜。朱由檢任命他擔任右參議，并不算是超遷。
如此，通政司從四品參議以上官員，都被補充完整，一共七名官員。
這么多高級官員，當然不能讓他們吃干飯。朱由檢想著通政司的職責，下令道：
“通政司設司務廳，由通政使親管，負責通政司日常事務。”
“另設公文處，負責接受各類奏疏，把奏疏編號、存檔、分類、分級，決定初步處理意見。”
“公文處由左參政親掌，注意保密事項，錦衣衛保密司派人跟進，并負責軍情機密和銀章密奏事宜。”
“設置章奏處，掌管官員奏疏，由左通政親掌。”
“設置陳情處，掌管民眾陳情建言、伸訴冤枉、以及孝子節婦等事，由右通政親掌。”
“設置參駁處，所有被參駁的文書，都要存檔備案。由左參議親掌，和通政使一同商議是否應該參駁。參駁的理由要明確，告知上疏者文書為何被參駁，要怎樣修改才能封進。”
“設置謄抄處，負責謄黃、抄寫等事，以及存檔奏疏管理，由右參議親掌。”
“這些廳和處是否設置主事、知事等官吏，由通政使決定，和吏部一起商議。”
給通政司做好分工，并且讓保密司插了一手，朱由檢讓呂圖南挑選幾個中書舍人兼職，提前把幾個處建起來，試運行磨合一下。
中間如果出現紕漏，他這個通政使想法解決。通政司自己解決不了，就寫奏疏上奏。
呂圖南聽到通政司補充了這么多官員，還設立了這么多機構。心中既是歡喜，還有一點失落。
歡喜的是通政司官員多了，在朝堂上說話的聲音自然就大，失落的是他這個通政使不再是隨心所欲，任意決定通政司的事務。
以后機密奏疏，要和左參政、尤其是錦衣衛派出的官員商議；官員奏疏，要和掌管章奏處的左通政商議；民眾奏疏，要和掌管陳情處的右通政商議。
參駁也不能隨心所欲，把別人的奏疏不予封進。可以說他的權力處處受限，不像以前任意。
但這終究是完善通政司的機構，提高通政司地位。呂圖南向皇帝表示，一定做好這件事。
朱由檢把通政司的機構完善了一遍，又去處理大明通訊社的事情。這是他心中規劃的輿論平臺，提高朝廷權威和分化官員的工具，當然不能因為通政司的不重視就放棄。
所以他直接向群臣道：
“民間有圖書、報紙發行發行經驗的，諸位知道多少？”
“可以推選幾個人，到大明通訊社擔任編輯。”
這些編輯雖然不是官職，呂圖南這樣的九卿看不上。但是對沒有出身的讀書人來說，已經是很好的職位了。