中，小智和小豪、小春來到以前小春和櫻木所長一起來的森林里露營，但是由于誤解，小智和小豪之間的友情遇到了一些問題。
在小春的開導下，小智最后和小豪解除了誤會。洛奇亞出現后，小智和小豪向洛奇亞發出了團體戰，小智的皮卡丘、路卡利歐，以及小豪的敲音猴、閃焰王牌和千面避役，一起挑戰洛奇亞。盡管大家配合默契，無奈洛奇亞實力太過強大，之后小豪試圖收服洛奇亞，但是沒能成功，大家反而差點被洛奇亞的氣旋攻擊吹下懸崖，最后被洛奇亞所救，戰斗中斷。不久后，小智卸任櫻木研究所特別調查員身份，和小豪、小春道別，之后和皮卡丘一起踏上了新的旅程，期間與巴大蝶重逢，以及派出路卡利歐和路人訓練家的拉普拉斯對戰。
之后在啟程之風！無盡的道路!!至小智與拉帝歐斯！，小智和皮卡丘在旅途中又經歷了不少事情：在森林中救下受傷的拉帝亞斯；和以前的伙伴小霞爭奪鐵臂槍蝦；和天桐一起將小剛從布莉姆溫施放的幻象中解救出來并化解了誤會；和杰尼龜消防隊一起撲滅了倉庫街的大火，救出被困的寶可夢；和拉普拉斯等寶可夢一起救出被卡在洞穴中的吼吼鯨；幫助詛咒娃娃找回它曾經的訓練家；摧毀火箭隊三人組全員集結捕捉皮卡丘的計劃；幫助拉帝亞斯救出拉帝歐斯，打敗寶可夢獵人。
在彩虹和寶可夢大師！中，回到真新鎮的小智在幫助大木博士尋找走失的小火龍時和小茂重逢，面對小茂所問的“成為冠軍之后距離寶可夢大師還有多遠”這一問題，小智陷入了思考。
和皮卡丘一起躲雨時，小智找到了自己的答案。“成為冠軍并非終點，我依然還是一個挑戰者；我想和全世界的寶可夢成為朋友，這樣一定就是寶可夢大師”，對于何為真正的寶可夢大師，小智給出了這樣的回答。雨過天晴，小智看著眼前的彩虹，露出了笑容，堅定了心中的信念，和皮卡丘約定即使成為寶可夢大師也要一直在一起。
之后，小智換上了花子給的新鞋子，和皮卡丘一起，朝著成為心中向往的寶可夢大師的目標，再次踏上無盡的旅途。至此，以小智和皮卡丘為主角的冒險故事正式告一段落，但他們的冒險仍將繼續下去。
它為了保護常青森林的波波和比比鳥進化成了大比鳥，并打敗烈雀與大嘴雀群。成為了常青森林的波波和比比鳥的隊長，為了繼續保護同伴們，離開小智。在小智成為寶可夢世界錦標賽冠軍后，因波波和比比鳥已經擁有了自保能力，選擇回歸小智隊伍。
已知招式有起風、電光一閃、吹飛和舍身沖撞。