當膽小蟲偷走小智的食物時，皮卡丘奪回了食物。黃昏時，他們聽到了奇怪的叫聲，原來是一只膽小蟲被困在了巖縫里。當小智想不到辦法進去時，皮卡丘找來了阿羅拉的椰蛋樹，用它的長脖子進入了巖縫。皮卡丘使用鐵尾打碎了巖石，救出了膽小的膽小蟲。
在莉莉艾，要好好疼愛皮卡丘哦中，皮卡丘被暫時交換給了莉莉艾。當皮卡丘發現莉莉艾因不敢接觸自己而不敢上車時，它主動挪開了一段距離。
后來在莉莉艾的要求下，皮卡丘和詹姆斯的花舞鳥進行了對戰。在取得勝利后，皮卡丘和克服了心理障礙的莉莉艾激動地抱在一起。而當互換結束后，皮卡丘在莉莉艾指揮下同小智和白滾滾進行一場對戰。在小智與小星云！奇妙的邂逅!!中，皮卡丘在小智的夢中見到了索爾迦雷歐和露奈雅拉以及小星云。但是因為洛托姆圖鑒沒能叫醒他們，皮卡丘和小智一起被火斑喵用尾巴扇臉打醒，它甚至還摔下樓梯撞到了額頭。
之后，皮卡丘在和小智一起去學校的路上察覺到卡璞?鳴鳴的動向，追著它到了森林里，在草叢中找到了小星云。之后，皮卡丘也幫小智他們照顧小星云。經歷一系列事件后，因為露莎米奈被ub01：寄生物帶入究極之洞，小智和同學們一起去拯救她，在閃耀吧，z強力手環！
超全力一擊的千萬伏特!!中，被進化成索爾迦雷歐的小星云帶到究極深海的眾人相繼停下腳步應對露莎米奈的寶可夢們，只剩下皮卡丘和小智面對被虛吾伊德附體的露莎米奈，小智一開始試圖讓皮卡丘攻擊虛吾伊德然后趁機將露莎米奈拉出來，但是沒有奏效，之后莉莉艾及時趕到，喚醒了母親的理智，但隨即虛吾伊德吞噬了露莎米奈，格拉吉歐試圖拖住它，并讓小智使用z招式，這時小智的電z突然發生了變化，他的帽子也落到了皮卡丘頭上，隨后小智和皮卡丘一起使出了千萬伏特，打敗了虛吾伊德使它離開了露莎米奈，接著再次借助小星云的力量，他們安全地回到了日輪祭壇。在洛托姆，停不下來的形態變化！
中，因為洛托姆圖鑒和一只清洗洛托姆相遇引發了混亂，皮卡丘的尾巴被踩到而使出電擊，使得兩只洛托姆弄錯了原本的電器，引發了一系列的混亂事件。最后在寶可夢中心，皮卡丘誤以為洗衣機里的洛托姆要攻擊他們而再次放電，使得兩只洛托姆歸回原位，但洛托姆圖鑒又不小心觸發了皮卡丘的電擊，跑到了寶可夢中心的樓體當中。在末尾寶可問答的花絮中，皮卡丘在走出寶可夢中心大門時察覺到了異樣，再次放電讓洛托姆回到了圖鑒當中。在莉莉艾跳起來！寶可雪橇跳躍大賽!!
中，小智和皮卡丘一起參加寶可雪橇跳躍大賽，一開始他們的飛躍做得很好，但后面卻變得不太順利——練習時小智被皮卡丘的十萬伏特電到，而比賽時他們使出的終極伏特狂雷閃使得雪橇反向飛行。
在超級決戰！皮卡丘vs謎擬丘!!中，小智在超值超市舊址與火箭隊對戰，作為島嶼之王默丹給予的考驗。武藏的謎擬丘與皮卡丘進行激烈對戰，并使用z招式－親密無間大亂揍重創皮卡丘，但讓火箭隊萬萬沒想到的是皮卡丘學會了電網并保護自己，使謎擬丘的z招式不起作用，然后小智的電z再次變成智皮卡z，最終小智和皮卡丘使用z招式－千萬伏特擊敗謎擬丘，并成功通過考驗。
在斬斷疾風的閃電！其名為捷拉奧拉!!中，小智在上學的路上再次遇見卡璞?鳴鳴，于是派出皮卡丘與它對戰，但沒想到在對戰的過程中被傳送至究極大廈，并見到惡食大王。由于小智不小心踢到一塊石頭，石頭發出巨大的聲音，因此被惡食大王發現。