然后它與舞天鵝對戰，雖然它使出強力的十萬伏特，但沒想到舞天鵝竟使用水流環保護自己，使電屬性招式沒有作用，皮卡丘也嘗試使用鐵尾但夠不著。然后它與小智配合，利用吊環跳上空中并使用電光一閃，但最終僅僅攻擊到舞天鵝，隨后舞天鵝使用各種招式把皮卡丘擊落并重創在地，雖然皮卡丘勉強地站了起來，但不久就不支倒下，小智隨即扶起它并贊揚它戰斗得很好，裁判也判皮卡丘失去戰斗能力。
此外，皮卡丘在挫敗火箭隊的“暴風雨計劃”中也表現活躍。它先吸收了雷電云的打雷，使艾莉絲免遭受攻擊。然后它使用巨大化的電球打敗火箭隊及摧毀神殿，成功救出美洛耶塔。皮卡丘使用異常巨大的電球之后在檜垣大會上，小智在預選賽面對勁敵修帝時，派出皮卡丘對戰修帝的君主蛇，在多回合較量后終于一雪前恥打敗了君主蛇，幫助小智成功突圍晉級正賽，也讓修帝的檜垣大會之旅就此結束。
在8進4的比賽上，小智和虎徹相遇，皮卡丘在炒炒豬被大劍鬼打敗后上場，依靠屬性優勢一番相持后接連打敗了大劍鬼和舞天鵝，此后在面對利歐路時暫時被高傲雉雞換下場；但利歐路在戰斗中進化成了路卡利歐，皮卡丘壓軸上場也沒能阻擋路卡利歐的攻勢，敗下陣來，小智也就此止步檜垣大會八強。不久后，它和小智一行人在帥哥、火箭隊三人組、n、巴貝娜、荷蓮娜的協助下打敗了等離子隊。
雖然它曾經被等離子隊控制并暴走，但小智大喊著它的名字以試圖使其恢復意識，最終小智的心意順利傳達給皮卡丘，使它掙脫了等離子隊的控制，之后和小智一行人合力進行反擊，終于挫敗了等離子隊的陰謀。寶可夢xy之后，皮卡丘隨著小智來到卡洛斯地區，和小智表現出了深厚的感情，迷幻之森……進化的黎明！中顯示，皮卡丘因為小智的離開攻擊威力下降，以至于火箭隊覺得“這么弱的皮卡丘抓了也沒用”而放棄抓捕，但是回到小智身邊后皮卡丘的十萬伏特又恢復了往日的威力。在密阿雷大會決賽上，盡管小智最后沒能戰勝艾嵐，但皮卡丘擊敗了艾嵐的巨金怪和班基拉斯，表現優異。
寶可夢太陽＆月亮皮卡丘在阿羅拉地區是很受歡迎的寶可夢，這也使得小智的皮卡丘每次在外面都經常被人圍觀，不管是小朋友甚至是人高馬大的電視臺保安都會因為皮卡丘的可愛而很喜歡它。但是，皮卡丘在阿羅拉也遇到了一只非常仇恨它的寶可夢——武藏的謎擬丘，它每次見到皮卡丘就會不依不饒地和它打斗，甚至有時候已經完全不理會訓練家的指揮，謎擬丘也因此讓皮卡丘幾度陷入危機。
在阿羅拉！最初的島嶼和最初的寶可夢們!!里，皮卡丘和小智一起來到阿羅拉地區，并且在該集小智收到卡璞?鳴鳴所贈送的z招式手環后，皮卡丘在接下來的守護神卡璞?鳴鳴登場！挑戰我們的z招式!!一集中使出了它的z招式終極伏特狂雷閃。在霸主寶可夢是貓鼬探長！中，它打敗了霸主貓鼬探長。在z招式會成功嗎！挑戰大考驗!!中，它在美樂美樂島的大考驗中打敗了哈拉的鐵掌力士，借此小智成功突破大考驗。
在阿羅拉松餅競跑大賽！中，皮卡丘與諾雅的雷丘爭奪寶可夢松餅競跑的冠軍，但因最后一段被“穿著熊”干擾而發愣，被成也?大木的樹枕尾熊反超，后者獲得冠軍。而皮卡丘和雷丘同時沖過終點而并列亞軍。在阿羅拉偵探洛托姆！消失的純晶之謎!!
中，它跟隨洛托姆圖鑒尋找小智的電z的下落，被洛托姆圖鑒視為助手，被稱為皮卡丘老弟。皮卡丘似乎很懷疑洛托姆圖鑒的假發（或是覺得洛托姆圖鑒的假發很好玩），最終它從假發中找到了電z。在猛烈的電擊特訓！再次挑戰卡璞?鳴鳴!!中，皮卡丘與小智一起來到馬瑪內的家中進行特訓。
在特訓中，小智和皮卡丘釋放了z力量，跑出了非常快的速度，把馬瑪內的轉輪弄壞了，同時也吸引了暗中觀察他們的卡璞?鳴鳴。之后卡璞?鳴鳴用電氣叫出了皮卡丘并與它對戰。在經歷一番苦戰后，小智與皮卡丘再次使出了終極伏特狂雷閃。之后皮卡丘險些摔下懸崖，但被卡璞?鳴鳴救下，對戰也因此中止。在小智與皮卡丘，二人的約定中，皮卡丘與小智來到寶物島探險，兩人分享了食物，并躺在沙灘上回憶起了往事。