然而不論何種內丹，最終都要著手煉神，方能神滿虛空，天人合一，方有資格論及成仙了道。
從這點看，所謂“物分五行，神分五種，丹生其中，仙佛無宗”之語，并無絲毫夸大。
神之五種，陰神，陽神，元神，圣神，玉神。
其中圣神與玉神乃是一虛一實，隱隱相對，乃是形而上的概念性的東西。
圣神乃是比元神更為無跡可尋，超乎一切想象的存在，或可比喻為智慧的源頭與化身，亦即道家說的一個人的靈根、悟性、根器，佛家說的慧根、佛性、正覺，儒家說的圣人之心。
修心煉性到了難以言喻的境界，就可開啟心靈潛能，獲得無上智慧，且這智慧趨向與道合一。
這才是修天元神丹者夢寐以求的功果，圣神在體內為圣胎，在體外為圣神，且無形無質，若能攫取虛空深處的無量宇宙本源，即可化作天元神丹，白日飛升，即身成佛。
與之相對的便是玉神，猶如全身細胞活性的集結靈體，或者說是生命的物質活性、身體意識，即身意。
過去說將在外，君命有所不受，說的是元神練出在外，其體內的整體諧調性不一定就達到了百分之百，具體的每件事情為君不一定能事事親臨決斷。
萬事萬物都是負陰而抱陽的，修命的思路也是依賴這條規律來行為的，將人體中每一個細胞賴以領先的陰面的精華練出身體，即修出一個身外之身，就達到了“外其身則身存”的結果，這個外其身的身就是玉神。
有了玉神，全身的細胞就同如影隨形一樣，其不受君命的任何可能性就受到了限制。
修煉元神玄之又玄，在于修性，練出圣神更是難之又難，可修煉玉神則極其側重修命，過程長，反復多，可卻最為清晰，有的放矢。
一切上乘動功，如內家拳、瑜伽術等等都暗合修玉神的路子，內家拳的拳無拳意無意，出拳猶如本能，且絕對控制身體的境界，即為修出玉神。
玉清丹解正是石之軒據此為雙修對象專門推衍的一門內丹術，專注于修煉玉神，內修清幽之氣，外修玉潔之體，至于配套的動功，正是花間護派尊者的老本行歌舞，融匯了內家太極、無上瑜伽的神妙舞蹈。
而陰神、陽神，則屬修行煉神，即修煉識神、元神到了高深階段，陸續出現的功果表征。
性是神，丹家以元神作藥物，性功修煉是一項凝煉常意識識神，凈化潛意識真意，開發元意識元神的系統工程；
人體的精、氣、神有先天和后天之分，后天的精、氣、神是呼吸氣、交感情、思慮神，屬有形有像、人為的東西；
先天的精、氣、神是無形的、自然本能狀態的、功能性的、超越時空的東西，因而謂之元精、元氣、元神。
世上絕大多數氣功僅止于修煉后天精、氣、神，唯有轉入先天的元精、元氣、元神，才進入丹功階段。
而在煉神的層次上，丹家的要訣是戒定慧，即“止念”。
以虛、寂、恒、誠為法決，先使精神進入恍惚杳冥狀態，不昏沉不雜亂，漸入念中無念之境，凝煉常意識，凈化潛意識，開發元意識”的心靈修煉。
內丹學將常意識稱作識神。
內丹功法在入靜初期一切雜念、游思都屬于識神的活動，通過常意識的自我控制可以凝煉為意念力，集中意念力又能開發深層意識“潛意識”，潛意識是一種非理性的意識，包括個人平常不易覺察的童年記憶和隱藏的、各種人生欲望、心理創傷等，這些潛意識在背后強有力地影響著人們的心理程序，尋常人亦可從夢境、幻覺、靈感、直覺、精神病等心理狀態中破譯出潛意識的原形。
內丹功夫中出現的不良心境、惡劣情緒、各種魔境、幻覺等，很多時候都是潛意識作怪。
內丹功法要凈化潛意識，并通過一定方式如熟讀丹經、牢記師傅、背誦口訣、默念咒語、反復訓練等，將煉丹的程序編碼輸入潛意識之中，使之轉化為真意充當引導煉丹過程的黃婆。