南京一戰，清軍在南京城的守軍全軍覆沒，端重親王愛新覺羅·博洛、其子愛新覺羅·塔爾納、參將張國俊等一干綠營將領都戰死沙場，參將梁化鳳負傷被擒，成為明軍俘虜。
戰后經過一番統計，明軍雖然成功拿下了南京城，卻也是付出了不小的傷亡代價，攻城前攏共有四萬七千余人參與戰事，等兩次攻城結束后，軍中就剩下了近四萬人馬，其中還有數千名需要休養生息的傷員。
作為攻城的主力，蘇言麾下的兵馬無疑是傷亡最多的，進攻儀鳳門的鄭氏水師在陳釗俊率領的水師的艦炮掩護下，兩次戰斗下來僅陣亡了不到千人，張名振麾下的魯王軍也陣亡了兩千多人，不過他們也從清軍尸體上扒下來了許多甲胄，能夠為披甲率不高的兵馬換上。
此外，明軍在占領南京城的武庫后，還繳獲了上萬具甲胄和大量的武器彈藥，蘇言第一時間封鎖了武庫，并對黃安與張名振承諾會根據他們在攻城中的貢獻分發給他們一批武器裝備，后者不擔心蘇言會貪墨他們應得的東西，便欣然接受。
收復南京后的接下來一段時間里，得利于當地官吏的配合與明軍士兵的維穩，南京城迅速從戰后的動蕩中走出來，原本因為戰亂而提高的糧價也在蘇言的強制要求下降低到了戰前的水平，南京百姓的生活也回歸了平靜。
對他們而言，除了頭上的辮子沒有了，只剩下光溜溜的頭皮，又穿回了漢人服飾外，日常生活里幾乎沒有太大的變化——哦不對，南京城內的一些兜售帽子頭巾的商販倒是大賺了一筆，在辮子被割斷后，為了個人美觀，百姓紛紛戴上了帽子纏著頭巾，將自己的光頭遮住。
十八日當天下午，在幾名違背軍紀的在菜市口公開處決的同時，蘇言率領著衛隊來到了朝陽門外的明孝陵，祭拜曾經驅逐韃虜恢復中華的明太祖朱元璋。
因為戰亂緣故，清廷在明孝陵設立的護衛早已人去樓空，偌大的明孝陵內空無一人，顯得很是空曠，蘇言鄭重地在太祖皇帝的牌位前祭拜了一番。
隨后，他看著牌位后面掛著的朱元璋畫像，低聲道：「太祖皇帝，晚輩繼承您驅逐韃虜之遺愿，自福建一隅起兵，收復南京，未來還當繼續征伐天下，將韃虜徹底逐出中原。
屆時，晚輩當親自提韃酋首級，再來孝陵祭奠。」
說完，蘇言向牌位拜了一拜，轉身離開了明孝陵，離開之前，蘇言還囑咐跟在他身旁的陳瑛，讓陳瑛從神機營內調集一隊擲彈兵到明孝陵內駐扎，專門負責孝陵的守衛工作。
離開明孝陵，從朝陽門回到南京城內時，滿城的清理工作已經開始，幸存的旗人們在明軍將士的看押下與懲戒營一同將一具具尸體抬到車上，等待運到城外去集中燒毀。
蘇言準備將這滿城的城墻拆除，城中的房屋全部推倒重建，恢復明初時的布置——在清軍占領南京之前，滿城的位置上還是南京的五府五部，即五軍都督府、吏部、戶部、禮部、兵部和工部，刑部與大理寺、都察院都設立在太平門外，因此并沒有被清廷拆除，只是被廢棄了而已。
刑部、大理寺與都察院的衙門大概是在攻城戰中被清軍射出的炮彈誤傷了，衙門建筑有著多處損壞，只需稍作修繕便能重新投入使用。
只是，在蘇言稱帝或是將永歷皇帝迎回南京之前，這五府六部都暫時只能吃灰了。
為了不落人口實，蘇言并沒有入住皇城，而是住在了總督部院辦公，在他回到總督部院后不久，外面的衛兵就前來通報稱，定西侯張名振與水師提督黃安前來拜見。
蘇言想都沒想，便命人將張名振和黃安一同帶到了自己所在的書房，后兩者一進入書房就一同行禮問候，蘇言注意到，他們雖然是身著常服，可還是能夠看出臉上的倦色，明顯
就是戰后一直到現在都沒有休息。