1661年八月，一個來自土魯番西部的噩耗傳遍整個葉爾羌汗國，也震驚了其國內所有的貴族和軍民。
七月二十六日，阿不都拉哈汗率領的汗國大軍討伐入侵的準噶爾部軍隊，兩軍在鐵門關西北處的戈壁灘交戰，戰斗持續了一天一夜，最終葉爾羌軍隊大敗，阿不都拉哈汗在蒙古騎兵的追擊中被亂箭射殺，身首異處。
準噶爾臺吉僧格為了報十幾年前的那場慘敗之仇，將阿不都拉哈汗的頭顱割下，居然殘忍的將他的顱骨制成酒器，外表鑲嵌白銀，在隨后的慶功酒宴上當眾使用可汗牌酒器暢飲。
消息傳開，整個葉爾羌汗國一片嘩然，而隨著越來越多潰兵從戰場上生還，逃入附近的城市，這場災難性的會戰的更多細節也逐漸浮現在眾人的視野之中。
在這場會戰中，準噶爾部以駝城大破葉爾羌汗國，在葉爾羌軍隊動搖之際，戰場上幾乎沒有太大傷亡的來自東方的漢人軍隊最先撤離戰場，隨著漢人軍隊的撤離，就好似一個導火索一般，整個葉爾羌軍隊隨即產生了潰敗的浪潮。
眼見葉爾羌軍隊潰敗，僧格當即下令騎兵出擊，如排山倒海一般沖向混亂的葉爾羌軍隊，葉爾羌軍隊隨即大敗，阿不都拉哈汗一邊咒罵著背叛他的漢人，一邊帶著衛隊撤離，但他很快被蒙古騎兵追上，并以亂箭射殺。
這些細節被披露后，漢人一下子成為了葉爾羌汗國內部的眾矢之的，從戰場上最先撤離的周軍一路向東而去，意圖先返回瓜州將定居在那一帶的親屬一同帶上。
然而他們的回家旅程非常艱難，在戰場上的細節被披露后，沿途的葉爾羌軍隊都開始自發的襲擊阻截周軍，周軍不愿將寶貴的時間浪費在和那些葉爾羌軍隊交戰上面，因此他們在擊退襲擊的敵人后仍然繼續前進。
另一邊，阿不都拉哈汗戰死后，本就不穩的葉爾羌汗國內部開始出現更大的分歧，阿不都拉哈汗長子在白山派和卓的擁護下繼承可汗之位，號尤勒巴爾斯汗，白山派的權勢因此得到膨脹增長。
白山派的壯大引起了黑山派的不滿，在失去了可汗的制衡后，黑山派和卓決定以武力對抗權勢滔天的白山派，領導葉爾羌、葉城黑山派起義，擁立阿不都拉哈汗之弟為汗，號伊思瑪業勒汗。
至此，在阿不都拉哈汗戰死后的短短不到兩個月時間內，葉爾羌汗國迅速分裂成兩個部分，分別由尤勒巴爾斯汗與伊思瑪業勒汗統治。
白山派與黑山派雖然同為綠教，但其支持的教義不同，視對方為邪惡的異教徒，仇恨無法彌合，雙方因此絲毫不顧及還在土魯番肆虐的準噶爾部和攻打苦峪的夏軍，相互攻伐，讓葉爾羌汗國的實力在內戰中不斷消耗。
葉爾羌汗國分裂的同時，準噶爾部也攜大勝之軍攻克土魯番城，僧格琿臺吉的威望一時間迅速攀升，而在前線，在得知阿不都拉哈汗戰死，土魯番城又被準噶爾部攻破的消息，土魯番阿奇木下令停止抵抗，開城向夏軍投降。
夏軍占領苦峪城后，并沒有立即停止攻勢，而是繼續向西前進，在周軍趕來之前就先行占領了瓜、沙二州，將定居在這一片的漢人盡數收服，并生擒了吳應期的妻妾和孩子們。
當這一消息傳到吳應期耳中時，他險些氣瘋，軍中將士也因為家屬落入敵手而軍心動搖起來。