諸將陸續到達建業，孫策一一召見，與樞密院祭酒朱儁、軍師祭酒沮授、軍情祭酒郭嘉等人一起，反復討論，對并州平定后的防務進行了調整。
中軍以虎賁營、羽林營和三都護組成：
虎賁營分左右兩營：左營武衛將軍許禇，右營武猛將軍典韋，各領步卒虎賁千人。
羽林營分兩營：由羽林左監龐德，羽林右監秦牧，各領騎士千人。
中都護朱治，統中軍步騎十營，總兵力五萬余人，駐建業。下轄十將軍，中領軍黃忠，前將軍朱桓，左將軍呂范，右將軍紀靈，后將軍張燕，各領步卒五千人。虎騎將軍張遼，豹騎將軍張飛，驍騎將軍程普，突騎將軍文丑，越騎將軍韓當，各領騎兵五千人。
左都護孫尚香，設四營，直屬兵力兩萬人，駐關中，節制高順、呂蒙及白波、黑山諸將。
右都護孫翊，設四營，直屬兵力兩萬人，駐零陵，節制李通、蔣欽及原汝南黃巾諸將。
邊軍設五大都督：安南大都督太史慈，安北大都督沈友，安東大都督甘寧，安西大都督魯肅，西域大都督周瑜，各率步騎或水師，直屬兵力萬人，戰時別遣將領配合，酌情增減。
內郡設十二營，各設戰區督一人，各將五千人。分別為牛渚督徐琨，南海督黃蓋，江陵督婁圭，襄陽督徐晃，漢中督徐庶，黎陽督朱靈，玉門督劉寵，武威督牛輔，朔方督公孫度，云中督馬超，白狼督公孫續，度遼督閻行。
另設海外四督：夷州督麋芳，渤海督步騭，朱崖督王凌，朝鮮督董襲。
除了諸將防區進行調整外，孫策又對政區進了大刀闊斧的調整，對轄區過大，無法進行有效治理的州郡進地分割，增設八州、二十一郡，交州一分為三，增設廣州、安南，荊州分為南北，長江以南稱楚州，零陵、武陵、桂陽皆予分割，揚州增設福建、廬陵二郡。涼州、幽州也不例外，因地制宜，進行分割。
尚未收復的益州也進行了分割，長江以南分出貴州，范圍最大的牂柯、漢昌、巴郡各分割為三四個郡。
防區調整要換防，更換兵符，政區調整要增設官員，更換印綬，一系列的事情忙得首相府、樞密院焦頭爛額，每個人都在奔跑，趕時間，無數公文在各部門之間流轉，無數消息在眾人之間傳來傳去，掀起一陣陣的歡呼或者唏噓之聲。
這其中最讓人惋惜的就是黃忠。作為最早追隨孫策的重要將領，他本該躋身五大都督之一，奈何進攻漢中不利，遲遲沒能攻入漢中腹地，他先后被魯肅、沈友超越，無緣五大都督。孫策將他調入中軍，位列十將第一，僅次于中都護的中領軍，仍然難免議論。
雖然黃忠本人很坦然，沒有一句怨言。
調整官爵，總有人滿意，有人不滿意，孫策要進行了解、安撫，盡可能化解矛盾，避免發生沖突，讓人笑話，甚至埋下隱患。這些都要花費極大的心力、體力，連續幾日下來，他說得口干舌燥，嗓子都啞了。
臘月中，所有的事情終于搞定，一切準備就緒，只等著登基大典。
臘月十八日，以華歆為首的各地名士及上計吏聯署，上勸進書。
臘月二十日，以太尉吳景、首相張纮、計相虞翻、御史大夫鐘繇為首的百官上書勸進。