第二日，接到信息，經清軍和江南溝通后，對方已同意他們過江，登上江舟，蕭永藻和查慎行由揚州上船，然后沿長江而上直達南京。當船駛出揚州入長江后，早就有等候的明軍水師迎了上來，先確定座船所載的人后，由明軍水師派出兩艘戰艦護送，逆流而上。
如今的長江這段已全部被明軍水師所控制，一路行來四處可見游弋江面的明軍水師戰艦。站見甲板上，眺望著那一艘艘戰艦，還有那戰艦上武裝的大炮，蕭永藻和查慎行不由得深為憂慮，在南下之前他們早就聽說反賊水師實力強大，可想象卻遠不如親眼所見來得真實。
據說，這僅是反賊水師的一小部分，反賊水師在南京、崇明、寧波、臺州還有臺灣等地的水師力量更為強大，除此之外還擁有近千艘海貿商船。和這些相比，大清的水師根本就拿不出臺面，在這種情況下就算江北兵力充裕，想要打過江南去也極其困難。
一路之上，他們兩人都暗暗觀察著明軍水師的情況，越往南京心中越是震驚。等二日行船抵達南京城時，當看見碼頭上停泊的近百艘戰艦時，心中的驚愕更甚。
南京之戰已過去兩個多月，如不是就近才能看出有些城墻上有著交戰的煙火痕跡和后來修補的顏色差異話，如今的南京城似乎依舊如同往日那樣繁華。不！也許繁華更甚些。
蕭永藻和查慎行之前都來過南京多次，那時候這里還叫江寧。對于這地方并不陌生，可現在的南京城相比以前不僅更繁華，而且還多了一些說不清的新氣象，進了城中，原本以為軍中肅穆的感覺并沒有，相反四處井井有條，來往的商販和百姓如同往常，人流也比以前更多，從那些人的臉上他們也未見到什么愁苦的模樣，反而許多人都帶著笑容。
進了城后越往里走更是熱鬧，除時時能見到三五成隊的明軍在城中巡邏外，南京依舊是繁花似錦的大城，這讓蕭永藻和查慎行頗感意外。
入城，自有專人接應，并把他們連同隨從安置在原兩江總督府附近的一處宅院。到了地方，向他們講述了一些城中需知的事宜，并要求出入必須提前報備，由明軍方面派專人監督陪同，其余倒也沒什么過分之舉，這讓本就有面臨苛刻和刁難準備的蕭永藻和查慎行倒是放心了不少。
“這南賊看起來不簡單呀。”進了院子，等明軍的陪同人員離開后，蕭永藻這才忍不住嘆了一句。
查慎行默默點頭，從船行長江到入城來看，南賊的確不簡單。蕭永藻和查慎行都是有見識的人，不可能看不出來這南京城的變化，尤其是在大戰后僅僅兩個多月的時間內整個南京就恢復了往日的生機，而且似還有更甚，如果沒些能力是根本就辦不到的。
“據說寧波現在熱鬧的緊，自去年起南賊就占了寧波，如今已一年多了，也不知道寧波那邊究竟是什么樣子。”查慎行想了想道。
蕭永藻凝神細想了下，卻未說話。查慎行又道：“入城之時，我聽聞南賊已行科舉之事，似乎開科就在近日，如南賊這次科舉成，將來必成我大清之心腹大患。”