這些叛亂發生后不久，島原地方的天主教徒就與農民相結合，農民們以友好的態度接待天主教徒。教徒們燒去所有的日本佛寺，建筑起一所新的教堂，供奉圣母瑪利亞像，兵士都掮著繪有十字架的旗幟。
他們說：戰斗不問勝敗，一切為了上帝的光榮，為了獻身于上帝，他們又在各鄉村中，大聲高呼：成千成萬的天主教徒和傳教士們，過去曾經無辜遭受慘刑，已到了復仇的時候，并宣稱他們都已決心為自己的信仰而殉身。
參加的人數，每天都有增加。有四十三個天主教徒，他們企圖放火焚燒島原城，并殺死那些多在城內的貴族。
因此，他們故意說了些假的好話，混進了城內。可是，仍舊引起城內被圍者的懷疑。四十三人中的一個，被捕受刑，說出了準備乘機放火殺死被圍者的計劃，于是，四十三人都被斬首，并將這些頭顱用長竿挑起，放在城墻上讓城外的天主教徒能夠看到。
農民們最終占據了島原城。
島原地方的兵士把守著各處要道，正在等候著幕府的命令。如果展開戰爭，可能要演成大規模的流血。這里的各方面，對于這事的今后發展，正有著種種的推測與傳說。
幕府將軍閣下已經派出親信將領蒞臨九州，他集結了九州地方大約十余萬正規軍將島原城團團圍住，根據從島原城拼死逃出來報信的教徒的說法，城里尚有民眾四萬多，其中青壯只有一萬三千人，而其中的武士兼天主教徒只有一半，剩下來的都是可憐的、瘦弱的農民。
幕府將軍對光輝的天主教有著實在無法理解的排斥，據說起源來自以前的大將軍豐臣秀吉，他好色無度，身邊已經有了三百多美女，還看上了來自九州的一位信仰天主教的女教徒。
上帝保佑這名教徒，她抗拒了強大的豐臣秀吉，還拿出上帝光輝籠罩下的勇氣怒斥他，‘教徒都是一夫一妻制！’，您瞧，多么偉大的人格和勇氣啊，這位豐臣秀吉大將軍閣下下面可是有幾十萬大軍的！
興許是起源于此，從這位大將軍時代開始就開始排斥天主教了。
后來，如今的德川家上位后，由于信仰他天主教的各位領主從西班牙、葡萄牙等天主教國家那里得到了火炮、火銃、先進的造船技術，深居江戶的將軍頓時感到不安了，于是下令除了荷蘭人以外其它所有的天主教國家的船只不得進入日本。
這還不算，日本本國大量的天主教徒被驅逐到北海道、南洋各地。
荷蘭人，尊敬的大汗，那是一個沒有信仰，一切唯利是圖的國家，如今能壟斷對日本的貿易，日本國所有的要求他都會答應的。
不幸的是，島原城的教徒在聯系我的同時，也聯系了荷蘭人。在可憐的他們的眼里，凡是從南面過來的‘高鼻深目’者都是虔誠的教徒。
尊敬的大汗，我以上帝的名義起誓，荷蘭人絕對不是什么虔誠的教徒，而是離經叛教者，在歐洲大陸，人人得而誅之。
依著貪婪的本性，他們一定會站在日本政府一邊的，這樣一來，島原城的教徒危矣，百姓危矣。
在這東方，能拯救他們的也只有大汗您了，我知曉您并不是天主教徒，不過您也并沒有反對不是？
日本人，與朝鮮人相比，更是種植水稻的好手，若是能將他們拯救出來，可為您偉大的國度增添至少一萬戶農戶，其中的武士更是能成為為您馳騁疆場的勇士。
大汗，作為遠東地區的教監，我不忍見到教民陷入這種悲慘的境地，看在我等教士在瀚海大學傾注了一切的情形下，請你伸出援助之手。
我，上帝的忠實信徒，您忠誠的子民，鄭重承諾，一旦此事成行，將會有更多精通自然學科的教士來到瀚海國，同樣會有更多的能工巧匠來到您治下的偉大國度。
畢方濟