徐敷奏對王業泰感激涕零，對王業泰接下來的動作自然全盤支持。而有了徐敷奏的支持，王業泰設立管理機構的舉措再無任何阻礙。
經過仔細考慮之后，王業泰宣布在平遼總兵府下設立軍械司、庫大使、典農司、海務司、商務司等機構職位。
軍械司顧名思義，負責全軍一應軍械維修管理制造事務。兵精糧足方能作戰，軍械司的作用不可謂不重要。王業泰任命陳玉階為軍械司主事，主管全軍軍械事宜。
陳玉階原是工部軍器局大使，正九品的文官，因得罪上司被發配到了旅順軍中聽用，而徐敷奏陳有時等對陳玉階這個犯官也并不重視，在這里陳玉階過得一直不如意。王業泰知道陳玉階的身份之后，派人把他找來聊過一次，發現陳玉階對軍械特別是火器方面的造詣很深，便決定把軍械這一塊交給他，旅順城內工匠有一百多，這些工匠統歸軍械司管理，不僅負責軍械打制維修，還要負責各種民用器具的制作。
庫大使負責管理全軍糧食以及各種物質的倉庫，責任十分重大，經過慎重考慮之后，王業泰讓心腹管事葛洪兼職庫大使，負責管理全軍一應物資。
典農司則負責農事，雖然旅順所在的遼南半島山地多平地少，但還是有些地方可以種植些糧食的。旅順孤懸海外，糧食各種物質供應全靠朝廷，而要想發展壯大必須有自給自足的能力。遼南半島現在荒無人煙，原有的土地全部荒蕪，這些土地開墾一下還是能產些糧食彌補軍需的。
而旅順城中有好多老弱男丁和青壯婦女，這些人打仗不行，用以種田起碼能夠自己養活自己。經過考慮之后，王業泰便設立典農司，任命當過里長的常有田為主事，負責帶領部分老弱進行耕種，現在已經進入春天，正好可以開墾播種，旅順城外平地雖然不多，但全部開墾的話也有幾千畝田地，一年至少能夠產幾千擔糧食。王業泰已經下令軍械司打制犁鏵鋤頭各種農具，并派人往山東購買耕牛。
海務司顧名思義則和大海有關，旅順三面都是大海，海中的各種資源豐富無比，海鹽，海魚，利用好的話光是大海養活數十萬軍民全無任何問題。毛文龍時的東江軍如此困頓，就是身在寶山而不自知，不知道利用大海的緣故。
海務司的任務有兩個，一是制鹽，再就是打魚。遼南海岸蜿蜒曲折，可以開辟出大量的鹽田。當然，對現在的大明來說，最大的鹽場還是在兩淮，采用的卻多是落后的煮鹽工藝，所以鹽民又稱灶戶。旅順既然臨海，為何不能制鹽？采用曬鹽法，只要開始挖好鹽田，根本不需要太多人手，年產數十萬斤海鹽還是沒有問題的。至于曬鹽工藝，并不是多復雜，王業泰自然知道，而山東沿海也有好些鹽場現在采用曬鹽工藝。
海鹽可以自己食用，多余的可以販賣換取錢糧。而大海中除了鹽以外，更是有著無窮無盡的魚類資源。渤海是淺海，海中魚類資源豐富無比，只要有人有船，光是打魚養活旅順這數千人便不成問題。
在王業泰的規劃中，海務司將會是總兵府下轄最大一個部門，也是總兵府最重要的一個部門，而海務司主事的人選暫時由葛洪的副手，同樣出身于新建伯府的王慶擔任。王慶雖然才二十多歲，但卻在伯爵府開設的商鋪中當了近十年伙計并且已經出師，能寫會算可塑性很強。其伯爵府家生子的身份，更讓王業泰用著放心。
而商務司顧名思義負責經商事宜，負責和各地的商人聯系，賣掉旅順的特產，從各地換來各種旅順急缺的物質。不過目前旅順各項事務還未步上正規，也不需要什么貿易，所以商務司暫時還在籌劃中，其主事趙直現在作為王慶的副手在海務司幫忙。
軍械司、庫大使、典農司、海務司、商務司這些民事部門設立以后，旅順城管理部門的架子算是搭建了起來然后便是重中之重的軍隊設置了。
旅順軍隊雖然有七千，卻老弱病殘都有，建制混亂無比。王業泰下令，從全軍中挑選精銳組建戰兵營。挑選的辦法很簡單，年齡在十八到三十五歲之間，身體強壯沒有疾病，身高在五尺（一米六）以上。