崇禎年間，各地大旱連年，旱災造成糧食大幅度減產，國民體質嚴重下降，衛生條件極度惡化，連老鼠都因旱災產生鼠疫菌發生大量繁殖。
饑荒中的饑民啃樹皮，吃觀音土，還有的人開始偷吃老鼠藏在洞里的食物，吃成片死在路邊的老鼠，橫掃全國的鼠疫大爆發終于開始了。
崇禎十四年始，大名府瘟疫大行，人死十之五六，歲大兇；廣平府大饑疫，人相食；
京師大疫，天津大疫，河南全省大疫，開封府陽武縣死者十九，滅絕者無數，榮陽，民死不隔戶，三月路無人行.....
隨著李自成在河南戰事的爆發，南下逃難的饑民越來越多，其中不乏有感染鼠疫之人，隨之帶到江南。
還有常年行商走到的商賈，都使得疫情還在進一步加劇，開始在江南爆發，有朝染夕死者，日每不下數百人，當地排門逐戶，無一保全。
“浙江溫州官員吳彥升赴任時，二個仆人有一仆人忽然病亡，他命另一仆人去棺材店買棺材，久久不見回來，原來那位仆人竟然死在棺材店里......”
“松江府一官員前一刻還和同僚喝茶打恭時，后一刻就不起而殞了......”
“新婚夫妻于婚禮后，久坐帳中未出，家人起帳觀之，驚見夫妻二人死于床頭......”
乾清宮中，吳忠面色煞白地讀著《皇明時報》，聲音越來越小。
朱慈烺同樣聽的心驚肉跳的，只有鼠疫才能有如此烈性威力啊，真是可怕！
他接過《皇明時報》，看著上面報道著各地匯總而來的情況，其中最令人恐懼的莫不于兩個小偷的詭異之死。
報道上說：一戶地主全家死絕，兩名小偷打算發一筆橫財，二人約定作案，一人在屋檐上接應，一個下到房中將偷來的東西遞上來。
結果下面的人遞著包突然猝死了，而上面的人在接的時候也染上鼠疫斃命，被人發現之時，這兩個小偷手里還攥著偷來的包袱......
（以上故事皆取自一個化名為“花村看行侍者”的明代遺民所記載，記錄在他的回憶錄《花村談往》中。）
從這些報道中，朱慈烺感覺民間對鼠疫的重視程度依舊很低，都到這種地步了，居然還敢集會？參加婚喪？
思索良久，朱慈烺當機立斷，不僅限于長江沿岸地方，江南各省全面封城、封路，落實到地方里甲制，禁止一切聚會，包括婚喪和走親串門！
南京城中也處于戒嚴狀態，南京紫禁城更是規定：朝臣家有時疾，染易三人以上者，身雖無病，百日不得入宮！
政策在落實，官府亦在行動，按照大明制度，在瘟疫爆發時，官府需在當地建有專門的醫療場所，朝廷安排相應的醫官對患瘟疫的百姓進行治療。
而且在明朝，醫官已經懂得佩戴口罩遮面來降低被患者感染的機率，雖然不知道這玩意到底有沒有用。
也有用艾草煙熏屋子，說是驅邪，其實從現在醫學角度看，就是用艾草燃熏所產生的特殊物質來殺死病菌，從而達到預防的目的。
不過病毒并非病菌，能預防但不能根除，針對治療情況，吳又可與福建一位名醫搞出了“刺血法”，也就是放血療法，治療鼠疫頗有奇效。
“刺血法”的原理在于通過對人體穴位進行反射刺激，促使淋巴細胞短時間內激增，從而徹底摧毀潛藏的病毒釋放源，說白了就是用極端方法“激活”人體的免疫機制。
這種厲害的急性換染病，大多需要靠人體的免疫系統來自愈，即便是后世，冠狀病毒依然如此，用藥只是增加免疫系統，并非抗病毒的治療。
各地醫療場所，每天排隊上門求診者多達萬人，由于鼠疫對部分特定人群具有極高致死率，能夠堅持下來得到救治的患者都屬于體質比較強的。
皇太子令旨通過八百里加急傳往江南各省，再三嚴令各地官員務必重視落實，若有陽奉陰違，執行不力者，全家流放東番。