聽了方從哲的話皇帝心里一陣煩悶，哪還有心情看奏折，本來內閣就剩下這么一個獨苗了，再致仕這朝中就真的無人管了。
皇帝將打開一半的奏折重重的合上直接丟給方從哲道，“卿子既因牽連被參，著司法從公理問，方今國事殷繁，內閣之事重大，還要倚靠中涵，豈能因子之事引咎求去？朕待中涵信任有加，中涵應該體諒朕的苦衷，休要再提此事，速回內閣理政成就一段君臣相交的佳話，莫要再有托辭。”
“老臣謝圣上隆恩，結草銜環無以為報圣上恩遇之萬一，定當為皇上、為大明鞠躬盡瘁死而后已。”方從哲叩頭謝恩，然后拿起幾份奏折退下。
待方從哲退下后，萬歷皇帝召了王安，他豈能看不出方世鴻的罪責定不如方從哲說的那般輕巧，只是如今內閣無人也只能酌情處理了。
“將朕的話轉告太子，方世鴻案既是受人牽連，著三司酌情處理，切不可牽連其他，影響朝中安定。”萬歷皇帝吩咐王安道。
王安得了指示就去太子府傳話，在王安到太子府之前方從哲就已經差人將三司及順天府的折子遞交過來，他自己并未出面。
此事太子早已知悉，所以接了奏折也并未批閱，想來宮中定會傳來指示，他在等待。
聽了王安的傳話，朱常洛心里已然猜到，他本以為即使不牽連方從哲，但對方世鴻總要做出處罰，但聽王安的意思，甚至連方世鴻都要放過，如此一來怕是要寒了英國公的心了。
太子朱常洛只得按皇帝的意思批了奏折，著三司酌情處理。
此時方世鴻已由順天府移交到了刑部大牢，以及前夜涉事的一干人等。
不過午時，方從哲便打點通了刑部大牢，方府管家帶著酒菜來到了刑部大牢探視。
管家見邊上無人，便吩咐方世鴻道，“此事與你無關，芙蓉只是被那擄上馬的混混看上帶走，才鬧出了人命，你只是受了牽連懂了嗎？到了堂上就只有這一套說辭，切記。”
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方世鴻聽了如小雞啄米般連連點頭，他哪里吃過這種苦，既然外面已經安排好，他心里才踏實下來。
管家將方世鴻安撫好，又來到關押其他人的牢房，借著送酒菜的機會連哄帶嚇的將說辭重復了一遍，其他人又得了好處又可以脫身自然樂得順從，而那名擄了芙蓉的混混在聽聞家眷老小都被保護起來后也只得聽從，何況還有一萬兩銀票，而且得了保證可以不死。
三日后三司審理結束，將結案的奏折交上，朱常洛看了看，方世鴻無罪，罰俸半年，其他從犯判杖刑，首犯判充軍。
朱常洛提起筆批示，“駁回，方世鴻作為尚寶司司丞德行有虧，著督察院綜合考量。”
批示好后朱常洛便著人將奏折發回內閣。
方從哲見了奏折批示，也知道太子這是在借機敲打他，只是皇上已經開恩，若再是在這上面計較就有些不體面了，方從哲也只得認了，折子又回到了三司手中。
督察院見奏折被駁回，再看朱批，便明白了其中的緣由，太子是不愿意就這么放過方世鴻，雖然有皇上授意不可牽扯，但方世鴻的處罰太輕，于是督察院與大理寺、刑部重新上了一份新的結案折子，方世鴻罷免尚寶司司丞一職，從犯人等杖責四十，主犯流放云南。